Basic Information

Symbol
ARID1A
RNA Class
mRNA
Alias
AT-rich interaction domain 1A B120 P270 C10rf4 BAF250 BAF250a SWI/SNF related, matrix associated, actin dependent regulator of chromatin, subfamily f, member 1 AT rich interactive domain 1A (SWI- like) AT rich interactive domain 1A (SWI-like) BM029 C1orf4 CSS2 ELD MRD14 OSA1 SMARCF1 hELD hOSA1 AT-rich interactive domain-containing protein 1A ARID domain-containing protein 1A BRG1-associated factor 250a OSA1 nuclear protein SWI-like protein SWI/SNF complex protein p270 SWI/SNF-related, matrix-associated, actin-dependent regulator of chromatin subfamily F member 1 brain protein 120 chromatin remodeling factor p250 osa homolog 1 BAF250A BRG1-associated factor 250 Osa homolog 1
Location (GRCh38)
1:26693236-26782104 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_006015.6
BLAST PRIMER
NM_018450.4
BLAST PRIMER
NM_139135.4
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_006015.6
Sequence length
8595 nt
GC Content
0.5752

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3294.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -3437.43 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2200.73
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_006015.6 CUCCUUUCUCCGGCAGCAGAAAGCGGAGAGUCACAGCGGGGCCAGGCCC… 8595 nt 0.5752
NM_018450.4 AAAGCGGAGAGUCACAGCGGGGCCAGGCCCUGGGGAGCGGAGCCUCCAC… 7760 nt 0.5701
NM_139135.4 CUCCUUUCUCCGGCAGCAGAAAGCGGAGAGUCACAGCGGGGCCAGGCCC… 7944 nt 0.5731
Summary

This gene encodes a member of the SWI/SNF family, whose members have helicase and ATPase activities and are thought to regulate transcription of certain genes by altering the chromatin structure around those genes. The encoded protein is part of the large ATP-dependent chromatin remodeling complex SNF/SWI, which is required for transcriptional activation of genes normally repressed by chromatin. It possesses at least two conserved domains that could be important for its function. First, it has a DNA-binding domain that can specifically bind an AT-rich DNA sequence known to be recognized by a SNF/SWI complex at the beta-globin locus. Second, the C-terminus of the protein can stimulate glucocorticoid receptor-dependent transcriptional activation. It is thought that the protein encoded by this gene confers specificity to the SNF/SWI complex and may recruit the complex to its targets through either protein-DNA or protein-protein interactions. Two transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image