Basic Information

Symbol
PITRM1
RNA Class
mRNA
Alias
pitrilysin metallopeptidase 1 MP1 KIAA1104 hMP1 PreP PreP peptidasome presequence protease, mitochondrial pitrilysin metalloproteinase 1 SCAR30 metalloprotease 1 (pitrilysin family) PREP Presequence protease, mitochondrial hPreP Pitrilysin metalloproteinase 1 Metalloprotease 1 EC 3.4.24.- EC 3.4.24
Location (GRCh38)
10:3137728-3172841 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001242307.2
BLAST PRIMER
NM_001242309.1
BLAST PRIMER
NM_001347725.2
BLAST PRIMER
NM_001347726.2
BLAST PRIMER
NM_001347727.2
BLAST PRIMER
NM_001347728.2
BLAST PRIMER
NM_001347729.1
BLAST PRIMER
NM_001347730.1
BLAST PRIMER
NM_014889.4
BLAST PRIMER
NM_014968.1
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_014889.4
Sequence length
3427 nt
GC Content
0.5016

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1057.5 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1119.9 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1104.89
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
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NM_001242309.1 AAGCCCCGCCCCGCGCCCUGCGUCGGGUUAAGAGGGGGUUCCUCGCCAG… 3198 nt 0.5006
NM_001347725.2 GUCAUGCGCAAUGUGGCGCUGCGGCGGGCGGCAGGGCCUGUGUGUGCUG… 3229 nt 0.4989
NM_001347726.2 GUCAUGCGCAAUGUGGCGCUGCGGCGGGCGGCAGGGCCUGUGUGUGCUG… 3185 nt 0.5008
NM_001347727.2 GUCAUGCGCAAUGUGGCGCUGCGGCGGGCGGCAGGGCCUGUGUGUGCUG… 3383 nt 0.5034
NM_001347728.2 GUCAUGCGCAAUGUGGCGCUGCGGCGGGCGGCAGGGCCUGUGUGUGCUG… 3422 nt 0.5018
NM_001347729.1 GUGAGACGCUGCGACGGGAGGCGCUCGGCGCGCUGGUACCCGGGAGGGG… 3897 nt 0.5137
NM_001347730.1 GUGAGACGCUGCGACGGGAGGCGCUCGGCGCGCUGGUACCCGGGAGGGG… 3699 nt 0.5120
NM_014889.4 GUCAUGCGCAAUGUGGCGCUGCGGCGGGCGGCAGGGCCUGUGUGUGCUG… 3427 nt 0.5016
NM_014968.1 UGAGACCGUCAGAAGCCUCAUAGACAGAACGAUUGAUGAAGUAGUUGAG… 2579 nt 0.4762
Summary

The protein encoded by this gene is an ATP-dependent metalloprotease that degrades post-cleavage mitochondrial transit peptides. The encoded protein binds zinc and can also degrade amyloid beta A4 protein, suggesting a possible role in Alzheimer's disease. [provided by RefSeq, Dec 2016]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image