Basic Information

Symbol
PSMD4
RNA Class
mRNA
Alias
proteasome 26S subunit ubiquitin receptor, non-ATPase 4 S5A AF-1 AF Rpn10 proteasome (prosome, macropain) 26S subunit, non-ATPase, 4 proteasome 26S subunit, non-ATPase 4 ASF MCB1 pUB-R5 26S proteasome non-ATPase regulatory subunit 4 26S proteasome regulatory subunit S5A S5a/antisecretory factor protein angiocidin antisecretory factor 1 multiubiquitin chain-binding protein 26S proteasome regulatory subunit RPN10 Antisecretory factor 1 Multiubiquitin chain-binding protein
Location (GRCh38)
1:151254709-151267479 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001330692.2
BLAST PRIMER
NM_002810.4
BLAST PRIMER
NM_153822.2
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_002810.4
Sequence length
1319 nt
GC Content
0.5299

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-468.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -492.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 297.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001330692.2 GUUGUUAGGCCGUCCCGGAGACCCGGUCGGGAGGGAGGAAGGUGGCAAG… 1309 nt 0.5332
NM_002810.4 GUUGUUAGGCCGUCCCGGAGACCCGGUCGGGAGGGAGGAAGGUGGCAAG… 1319 nt 0.5299
NM_153822.2 AAUUGGAGGAGUUGUUGUUAGGCCGUCCCGGAGACCCGGUCGGGAGGGA… 1527 nt 0.5311
Summary

The 26S proteasome is a multicatalytic proteinase complex with a highly ordered structure composed of 2 complexes, a 20S core and a 19S regulator. The 20S core is composed of 4 rings of 28 non-identical subunits; 2 rings are composed of 7 alpha subunits and 2 rings are composed of 7 beta subunits. The 19S regulator is composed of a base, which contains 6 ATPase subunits and 2 non-ATPase subunits, and a lid, which contains up to 10 non-ATPase subunits. Proteasomes are distributed throughout eukaryotic cells at a high concentration and cleave peptides in an ATP/ubiquitin-dependent process in a non-lysosomal pathway. An essential function of a modified proteasome, the immunoproteasome, is the processing of class I MHC peptides. This gene encodes one of the non-ATPase subunits of the 19S regulator lid. Pseudogenes have been identified on chromosomes 10 and 21. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image