Basic Information

Symbol
PTEN
RNA Class
mRNA
Alias
phosphatase and tensin homolog MMAC1 TEP1 PTEN1 mutated in multiple advanced cancers 1 Phosphatidylinositol 3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN 10q23del BZS CWS1 DEC GLM2 MHAM PTENbeta PTENgama MMAC1 phosphatase and tensin homolog deleted on chromosome 10 PTEN variant PTEN-K267Rfs*9 PTEN variant PTEN-L247* PTEN variant PTEN-R234Afs*11 PTENepsilon inositol polyphosphate 3-phosphatase mitochondrial PTENalpha mitochondrial phosphatase and tensin protein alpha phosphatase and tensin-like protein phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase and dual-specificity protein phosphatase PTEN protein tyrosine phosphatase Inositol polyphosphate 3-phosphatase Mutated in multiple advanced cancers 1 Phosphatase and tensin homolog EC 3.1.3.16 EC 3.1.3.48 EC 3.1.3.67 EC 3.1.3.-
Location (GRCh38)
10:87862638-87971930 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_000314.8
BLAST PRIMER
NM_001304717.5
BLAST PRIMER
NM_001304718.2
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_000314.8
Sequence length
8515 nt
GC Content
0.3672

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2197.1 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2367.37 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2232.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_000314.8 GUUCUCUCCUCUCGGAAGCUGCAGCCAUGAUGGAAGUUUGAGAGUUGAG… 8515 nt 0.3672
NM_001304717.5 GUUCUCUCCUCUCGGAAGCUGCAGCCAUGAUGGAAGUUUGAGAGUUGAG… 8514 nt 0.3673
NM_001304718.2 GUUCUCUCCUCUCGGAAGCUGCAGCCAUGAUGGAAGUUUGAGAGUUGAG… 8628 nt 0.3694
Summary

This gene was identified as a tumor suppressor that is mutated in a large number of cancers at high frequency. The protein encoded by this gene is a phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate 3-phosphatase. It contains a tensin like domain as well as a catalytic domain similar to that of the dual specificity protein tyrosine phosphatases. Unlike most of the protein tyrosine phosphatases, this protein preferentially dephosphorylates phosphoinositide substrates. It negatively regulates intracellular levels of phosphatidylinositol-3,4,5-trisphosphate in cells and functions as a tumor suppressor by negatively regulating AKT/PKB signaling pathway. The use of a non-canonical (CUG) upstream initiation site produces a longer isoform that initiates translation with a leucine, and is thought to be preferentially associated with the mitochondrial inner membrane. This longer isoform may help regulate energy metabolism in the mitochondria. A pseudogene of this gene is found on chromosome 9. Alternative splicing and the use of multiple translation start codons results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Feb 2015]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image