Basic Information
Symbol
PTPRC
RNA Class
mRNA
Alias
protein tyrosine phosphatase receptor type C
LCA
T200
GP180
LY5
B220
CD45R
leukocyte-common antigen
glycoprotein 180
CD45
IMD105
L-CA
receptor-type tyrosine-protein phosphatase C
CD45 antigen
T200 glycoprotein
T200 leukocyte common antigen
protein tyrosine phosphatase, receptor type, c polypeptide
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase C
Leukocyte common antigen
EC 3.1.3.48
Location (GRCh38)
1:198629900-198759346
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_002838.5
Sequence length
5357 nt
GC Content
0.3825
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1326.1 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1427.42 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1702.37
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((.(((((((...((((((((((.(.((((((......((((..((((.((((((....)))))).))))...........((((.((((((..((..((((((((((.((((((...((((.....((((((......))))))((((....(((.((.((((((((((((((((...(((..((((((....)))))).))))))))))))........(((......))).............))))))).)).)))))))((((((((((............)))).....(((..........))).......))))))(((((......)))))(((((........))))).(((((.....((((((......))))))....))))).((((((...(((..((((............((((((((.........))))))))...........)))))))...)).)))).....(((((((.......)).)))))((((..(((((...))))).))))....................((((....))))...)))).))))))..)))))......)))))..)).))))))))))..))))(((((((.((((.......(((.(((((((((((.....((((...)))).......))))(((.....................)))......(((((.((..........)).)))))............((((..((((((..(((((((..((........))..)))))((((..(((((((.(((...((((((((((......(((((..(((.((((((((..........................))))))))...(((.....))).((((((.(((((((((((.((.......)).))))......(((((.....)))))(((((.((((....))))))))))))))))))))))...((((((((((((((((.....(((((.......))))).....))))))...........))).))))))).(((((((((((........(((......((((((.....)))))).......)))........))))))).))))....((((((((.(((........))))))))))).(((((((((...............((((.((((.(((...........((((((...((.....))...))))))...........))))))).)))).....((((((((((.(((...((((((((((.((((((.........((((((((((((.....(((......)))..)))))))))))).)))))).)))).....)))))).))).))))))))))..((((((..........))))))...((((((...))))))((.......))..))))))))))))))))).....((((((..(((.....))).))))))))))))))))((.....(.(((((....))))).)....))..(((((((((((((((((..............(((((..(((.(((.(((((((....(((.((((.....)))))))((((..........))))..((((((((......(((.((.....))))).........(((((((((((((((((((....(((....(((..(((.(...((((((((.......))))))))...).))).)))..)))....))))))..(((((.(((((....(((((((((....(((((((..((((((.((.((((((..................((((....(((((.(((.((..(((((....(((((((((((((....((..(.((((((((((((((....((((((((..........(((((..........)))))........)))).)))))))))).)).))))))..((((((...............((((.....((((..((((.(((((...)))))))))........((((((((.((.((.....)).))..))))))))))))....))))...))))))....(((((((((.((((((((....))))))))(((((((((.......(((((...(((......)))...)))))...(((((......(((.(((.....((((((.......)))))).))).))).......))))).((((..((.(((((((((...........((((...........(((((((...((((((........))).(((((((..(((..((....((((....))))...)).)))..)))))))...((((.....))))...........))).....)))))))....)))))))))))))..))..))))...)))))))))..(((.((......)).))).((((((((........(((((.(((((...((((.....))))...)))))..................)))))...(((....))).....((((.(((((..(((...(((((((((((((.(((((....((((((.((.((((...)))).))..))))))....))))))))....)))).)))))))))...))))).))))..)))))))))))))))))...)..))....))))))...))))))))))))..))))))))))...)))).....((((((((.....(((.(((((((.......)))))))..)))(((((((((.(((((.....((...))....))))).)))))))))..((((........))))(((((((.(((((....))..))).))))))).)))))))).(((.(((...))).))))))))).))...)))).))...)))))))..((((((((..((((((....(((((......)))))))))))....))))..(((((((.((.........................)).)))))))(((((.....)))))..(((((((((.(((((((....)))).))).(((((((..((((.(((.....(((((....)))))((((..(((((...((..((((((((((...........((((((((..(((((((...........(((...((((((((((...)))))..)))))..))).)))))))...)))))))).(((((((..(((..((((...))))...))).(((((.(((((....((((.((.(((((.((((((((((((.....(((....)))..))))............((((.((((((((......(((((((.(((.......)))........))))))).....)))))))).))))..(((..((((((((((((......))))...((((.....))))..............))))))))....))).(((((..........)))))....)))))))).))))).))))))))))).)))))..)))))))..))))))))))....))...)))))..))))..))))))))))))))...(((.((((....)))).))).((((((...)))))))))))))))...))))..))))))).))......)))))))))).......)))))))))))))..)).))))))....))))))).))).)))...........)))))..............)))))).))))).)))))).......))).)).)))))..)))).............((((((..(((...)))...)))))).((.(((((((........((((.(((....))).))))..))))))).)))).))))))..))))(((.......)))...))))))).)))..((((((...((((((.(((..(((((((..(((...)))...)))))))...)))))).)))........))))))..............)))).))))))).)))))).).))))))))))(((((((((....)))))))))........(((((....(((((.(((.(((((..((((((.(((((.......((((((........)))))).(((((((((((.((((...)))).)))).))...))))).((((.(((((((((............((((((..........))))))((((((((.((((((.(((((....(((((((((....(((...(((((.((((((((((..(((((((((..............((((((((((......((((((....)))))).((((((....)))))).......(((((((......))))))).......)))))))))))))))))))......))))))).....))).))))))))....)))))))))......)))))...((((........))))...(((.((((((((.(((((((.(((.((..((((((((.......)))))))))))))))))))))))))))).)))......)))))).))))))))..........((((((((((((((.((((.....)))).)).))))..)))))))).....((((((((((.((((....))))...)))))))))).))))).)))).))))...))))).).....)))))....))))).))))))))...)))))....((((((((((.((.....(((((.....((((((((.........)))))))).....))))).............((((((((((((((((..(((((((((...........(((((......)))))..........)))).)))))..)))))))..((((....)))).(((((((((....)))))))))...)))))))))..((((.......))))......((((((........((((.(((((((................)))))))..))))..........))))))(((........)))...........((((((((((((...(((..((((((((...))))))))....)))...(((((.((((.((((....((((...((((.....))))...))))....))))..))))))))).......(((((((...........)))))))........................)))))))))))).......)).)))))))))))))).)))..))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.......(((((.((({(({...{{{{|||(({,(((((,((,....,((((..((((.((((((....}))))).))))....,....{(((((.(,{{((,.((,.((((({(({..,|||.}}}}|||.,.,||{{{{,{{.,,,{|},},}}|||,,..,{,.{{.(({{(({(((((((((...(((..((((((....)))))).)))))))))))).....,,.|,|..,,||)},.,|......{{,.,}})))).)),)}},|||{....}|||,....,........}}.,)))))||..,.,.....|||{|,,...}}}...(((((......)))))(((((........))))).(((((.{...((((((......))))))..,.)))))..,{{||.,,|||,,{{{{.........,..((((((((.........}))))))}...........|||,{{{,,.,,(({{{.}|..|}}}|{||,,|||.,..{|,|{((({,.(((((...))))).,|||{{,,,...,,,{{{,....{(((({{,.||}|...,,,}.}|||}}|||||||,||.{{.,,},..}).}))))))),,.|}},,,{{{,,,.,{{{|{{,.,.,.,.,,{{{.,{(({,,,..,,||,,{|||},{{{,,{,(((((({{{{...{{{{,..{,{{((({{{{.....(((((.((.,........)).))))).....,,,.,,{{((((({{{{||,{((((((,{{{{,.,{((((,,,,{{{{{{{{{.,(((({{{.(((,..((((((((((,{{{{{((({{..,{,,{((({{.({,.((((({{{(((((.........,{{{{,.{{{...}}},,,}}||.((((({,(((((((((((.((.......)).))))......(((((.....)))))|((({,((((....))))))))})))))))))))))...((((((((((((((((.....(((((.......))))).....))))))}.,........))),})))))).(((((((((((.{{,.{{{((((((...,|||||}}}}.,|||||.....},})......}},))))))).))))....((((((((.(((........)))))))))))..,{{{{{,{.........}}}},.|(((.{((||(((...........((((((...((.....))...))))))...........))))))).))),.....((((((((((.(((...((((((((((.((((((.,.......((((((((((((.....(((......)))..)))))))))))).)))))).)))).....)))))).))).))))))))))}}|,||||}}}}}}..,.,}))},...((((((...)))))){(.......}}.,|||,...,))))))))}.....,,,,,,..,,,.....,})}))))),))))))))))...,,..{.(((({....})))}.,...,||..(((({{{{{(((({{{{............,,(((((,,(((.(((,({(((({.,{{,,..|{{{{{{,((((((((.,,....,,.)).))))),.(((((((({{....(((.(({...|)),))},.,,....{{{{{{{{((((,(((((({,{{((.....|||,,|{{.{...((((((((.......))))))))...}.}},.}}}..})),,..})))}}..{{{{{.{{{{,.,},|||||{{{{....|||||||..((((({.{{.((((((.{((({,{{,.,{{{,{{({((,,,,(({((((({.{(,.((((({..,{(({{{((((({(,{,,,{....((((((((((((({...{((((((((...,...,,.(((((..........))))).,,...,,)))).)))))))))).))},)))))..{{{|||||,.....{{{{.,{{{..{(((((,,,..||||,|||,,,..}}}))))},........,(((((((,(({(({,.,.||,||..}})))))}|||,{{.{||||{.((((((|{.((|({,(({({.{(((((((....)))))|||{|{,,||||,,,..,|||||,.....|.,..}})))}.|},},,.}}|||{|}},,},|{{,|||,,,,.((((((.......)))))).}}),))}.......}},,,.{({{{{{,.({(({,((({{{,...,,,.|||,..,,,,...,}|||||{{..}|{{|{|},.},,..}}},{((((((..({{,.{(.{..((((....))}}...)).))),,))))))}.,,|{{{.,,.,)))).,,.}}...},)))....})))}))),...))))),}}},,))).}),))))},).}))))||||||,{{|||||||,......,.,|||||}......||,|}},,.{((((...((((,...,))))...))))}..............,.(((((((.{.(((....))).}.))))))),....))))).,,,{||,|||||||}}|||||.,,.((((({.((,(((,...,}}).})}}))))))..,}),))))))}}}})))).))})))||,,||||||,,,,||}}|||||{{{{{|,||||},}|}{,},.,{{||}|||{,,|||||||||||}..}|||||||}|{{{|,||{{,..,,,,,|)}}}.}}}}|.(((((((.......)))))))..,,.(((((((((.(((((.....,,...,}.,..))))).))))))))),|{(((({{.....|||({((((((.{{,{{,,..}}..})).))))}}},.,||||||.{{{.{{,...})),))},}}|||,||,,,||||,||,,.}|||}}}..,|||{{((..((((((....{((((......))))})))))}....)))),{(((((((.((......................,..)).)))))))||(((,,...}}}}}..,..,|||||.({{((({....}))).))}.(((((((..{(((.(((.....(((((....)))))((((..(((((...((..((((((((({....,,.....{{((({{(,.((((({,...........(((...(((({{(((,...,}}}),,)))))..}}}.}}}})}}...)))))))|{(((((((.(((...})).))}},,..,}))).{((((.(((((....((((.({.(((((.((((((((,({((...,|||({(((,((,({((,..{{(((....,,...,{{({{{{,,,{{{((((({..{((.......)})...,..)))))),}}....}))))|||||||,,.,,})))||||(((,{(((......))))....,{{,...})))),}...,{{{{....,}},))))|||}}}..|||||},.,..,,...))......)))))))).))))).})))))))))).)))))..}}}},,}..})))))))))....))...)))))..))))..)))))))))))))),,}|||.||||}},,}))),|||,{{{|{{...,|}}|)}|)))))},.,,||||,.}}))))).))...,..)))))))}))}}},.,,)))))))))))},..}},))))})....))))))).))),))),..........))}}}..,,,,,,,,,.,,)))}}},)}}))))))))),......))),))),)))}..}}}}.............,{{{{,..|||...,|{{{{{{{{{{..((((((((((.......,{(({(,,{{{.,||.||,...,||}}||||,,,.,))}}}.,)},.|||}..{{..|||,.{|{||.|{{.((((((..(((.{,{({...}})}.)))..)))))}.,}}.)))..)),))))})..))))},)))}}.}}}}})))))|,,{|,............{{(,,..})},..,}}}}|}}||,|||,{(((((((((....)))))))))).,}}).,,{||||||{{{{,||||{,{,,,,.}}}||||||,,......,}}||||||,}}},...||||||,,{{{{(({{(({({({...|||||}}}}.}}},.,}}}},|||{,|,|||||||}}}}}}}},,}}}}}}|}}},,,....}}}},,..{{{{,,,.,||}}..,}}}|.}}}}}},..|}},.})}))},..)))))})))),||||}}||||||||||..{(({(.({{..((((((((((......{(((((....)))))}.((((((....)))))).......(((((((......)))))))....,,.))))))))))))).)))))......,,,...,.|||||||||,,........,}.)))))}}.,.,,,.,,}}...{{{{..,,....}}}}...(((.((((((((,({(((((.{{(.{,.{((((((((.......)))))))))})))))))))))))))))).))).,,...,,,,,...}))}}}}|,........{((((((((({{{{.{(((.....)))).)).)))}..)))))))}.....((((((((((.((({....})))...)))))))))).,,})))))))..,,||||}}}}.....|}}}))}),,..||,.,.}},,|||{{{{{{{{{,..,{{{{{({,{{,{.....,{((({...,.{(((((((.,,......)))))))}.....))))}......,.,,,,.{{(((((((((,{{,,{{{{{,((.(({,,,,|||,,,|||||..,|||}}}}}}},...}}}}}},,,|||||{||||||||,,{{||,,.||||.|(((((((((....))))))))}...,,}})})))},}})}}))),,,)))}}}}}}.{{((((.,......((((.(((((((......,.........)))))))..)))).........,))))))}||},||...,|||...,,{{,...(((((((((((({{{{,{,,({{{((((,,.}}}|||||{...,,.,,,})}||.||||,|{{{,,,.,{((,{.,(((,...,|||,.,.,,,,.,..)))),}))),,})},.}}}...{{{{{{{......,,...}}}}}))..,.,}},..}}}},,........,}))))))))))}}}}}..}}})}}}.,,,..,})).))}..))))).
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001267798.2 | GACAUCAUCACCUAGCAGUUCAUGCAGCUAGCAAGUGGUUUGUUCUUAG… | 1395 nt | 0.4108 |
| NM_002838.5 | GACAUCAUCACCUAGCAGUUCAUGCAGCUAGCAAGUGGUUUGUUCUUAG… | 5357 nt | 0.3825 |
| NM_080921.4 | GACAUCAUCACCUAGCAGUUCAUGCAGCUAGCAAGUGGUUUGUUCUUAG… | 4874 nt | 0.3683 |
| NM_080922.2 | AGUAUUUUUGGAGAAGUUAGUAAAACCGAAUCUGACAUCAUCACCUAGC… | 5186 nt | 0.3785 |
Summary
The protein encoded by this gene is a member of the protein tyrosine phosphatase (PTP) family. PTPs are known to be signaling molecules that regulate a variety of cellular processes including cell growth, differentiation, mitosis, and oncogenic transformation. This PTP contains an extracellular domain, a single transmembrane segment and two tandem intracytoplasmic catalytic domains, and thus is classified as a receptor type PTP. This PTP has been shown to be an essential regulator of T- and B-cell antigen receptor signaling. It functions through either direct interaction with components of the antigen receptor complexes, or by activating various Src family kinases required for the antigen receptor signaling. This PTP also suppresses JAK kinases, and thus functions as a regulator of cytokine receptor signaling. Alternatively spliced transcripts variants of this gene, which encode distinct isoforms, have been reported. [provided by RefSeq, Jun 2012]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
