Basic Information
Symbol
PTPRF
RNA Class
mRNA
Alias
protein tyrosine phosphatase receptor type F
leukocyte antigen-related tyrosine phosphatase
leukocyte common antigen related
BNAH2
LAR
receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
LCA-homolog
leukocyte antigen-related (LAR) PTP receptor
protein tyrosine phosphatase, receptor type, F polypeptide
receptor-linked protein-tyrosine phosphatase LAR
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
Leukocyte common antigen related
EC 3.1.3.48
Location (GRCh38)
1:43525086-43626579
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_002840.5
Sequence length
7720 nt
GC Content
0.5939
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3192.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-3316.03 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1905.57
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
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| NM_130440.4 | GGCGGGAGCGGUGGCGGCGGCAGAGGCGGCGGCUCCAGCUUCGGCUCCG… | 7693 nt | 0.5938 |
Summary
The protein encoded by this gene is a member of the protein tyrosine phosphatase (PTP) family. PTPs are known to be signaling molecules that regulate a variety of cellular processes including cell growth, differentiation, mitotic cycle, and oncogenic transformation. This PTP possesses an extracellular region, a single transmembrane region, and two tandem intracytoplasmic catalytic domains, and thus represents a receptor-type PTP. The extracellular region contains three Ig-like domains, and nine non-Ig like domains similar to that of neural-cell adhesion molecule. This PTP was shown to function in the regulation of epithelial cell-cell contacts at adherents junctions, as well as in the control of beta-catenin signaling. An increased expression level of this protein was found in the insulin-responsive tissue of obese, insulin-resistant individuals, and may contribute to the pathogenesis of insulin resistance. Two alternatively spliced transcript variants of this gene, which encode distinct proteins, have been reported. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
