Basic Information

Symbol
RAB13
RNA Class
mRNA
Alias
RAB13, member RAS oncogene family GIG4 ras-related protein Rab-13 RAS-associated protein RAB13 cell growth-inhibiting gene 4 protein growth-inhibiting gene 4 protein Ras-related protein Rab-13 Cell growth-inhibiting gene 4 protein
Location (GRCh38)
1:153981617-153986377 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001272038.2
BLAST PRIMER
NM_002870.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_002870.5
Sequence length
1164 nt
GC Content
0.5129

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-364.3 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -383.82 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 261.37
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((.(((((..(((((.(((((((((.((((((....(((((......((..((((((..(((((((((..(((((..((..((((((..(((((.(((((.((((((..(((.....((((((((...((((.(((.....))).)))).))))))))...((((((((.(((((.(((.((((...((((....))))...............(((((...((((.(((....)))..))))....)))))....)))).)))...)))))....)))))))).......))))))))).).))))....((.((........)).))..))))).))))))..(((((((.((((.(.......((((.(((.((((...(((....)))...))))...)))))))........).)))).))))))).))..))))))))))))))..))))))))......)).)))..((((((...(((((((((((.......))).(((((....)))))(((((((.((.(....).)))))))))((((((.(((..(((((.........)))))..)))..)))))).(((((((((((...((((((.(((((....(((.(((..((..(((...(((.....))))))..)).))).)))....))))).).))))).((.(((......))).)))))))))).)))..))))))))))))))...((((((.........))).))).......)))))).)))))).))).)).......)))....))))).))))).........(((((((((.................................................((((((((((.(((..((.((((.((.(((.((.......(((.((((..((..(((......((((((...((((...((((....((.((.......))))...))))...)))).(((((....)))))...........(.((((.((.((((((((.........)))))))))))))).).)))))).....)))..))...)))).).)).......)).))))).)))).)).))).))....))))))))(((.......))))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{((((,{((((..{((((.(((((((((.((((((..,,{((((,{{{{.((..{((((,..((((((((({{(((((.,({,,((((((,.(((((.(((((.(((((,.,(((.....((((((((...((((.(((.....))).)))).)))))))).{.((((((((.(((((.(((.(((({..((((....))))..,.........,..(((((...((((.(((....)))..))))....)))))..,.}))).))}...)))))....)))))))).,.....))))))))).).))))....,,.,,........}},||,,,)))).))))))..(((((({.((((.(.......((((.(((.((((.,.(((....)))...))))...)))))))........).)))).})))))}.))..))))}))))))|||,..}}}))))..,...,}.,,}..((((((...(((((((((((.......))),(((((....)))))|((((((.,({(...}),,,)))))),{(((((.(((..(((((.........)))))..)))..)))))},({(((((((((...((((((.(((((....(((.(((..{{..(((...(((.....))))))..)).))).)))....))))).).))))).({.(((......))).)))))))))),,))..)))))))))))))),},|||||{..,,,,..,)}).))),}.,...)))})),)))))).))}.))}.,....,))...,))))).))))),,.......(((((((({....,.......,,,.............,,......|............{(((((((,,,{{(,.((.((({{(({{(((({{...({.,{{.((((..,(..(((...,{{(({{((,,.((((...({{{....,..,........))))...))))..,)))).|||{,.,,,})|||{{.........|}|,{,.{(.((((((((.........)))))))))),}},.,|)))))}...,,))).,))...)))).).)).,...}))).))))).)))).)).))).))....))))))))(((.......))))))))))))......

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001272038.2 CUCUUCUUUCUUCAUCUCCUCUGGCUUGGGAAAUAGACAGGAAGAGUCU… 1347 nt 0.4684
NM_002870.5 CUUCCUGGCCUGGGCUCCGUGCCGCUCUGUUUGCCAACCGUCCAGUCCC… 1164 nt 0.5129
Summary

This gene is a member of the Rab family of small G proteins and plays a role in regulating membrane trafficking between trans-Golgi network (TGN) and recycling endosomes (RE). The encoded protein is involved in the assembly of tight junctions, which are components of the apical junctional complex (AJC) of epithelial cells. The AJC plays a role in forming a barrier between luminal contents and the underlying tissue. Additional functions associated with the protein include endocytic recycling of occludin, regulation of epithelial cell scattering, neuronal regeneration and regulation of neurite outgrowth. Alternately spliced transcript variants have been observed for this gene. A pseudogene associated with this gene is located on chromosome 12. [provided by RefSeq, Jan 2013]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image