Basic Information
Symbol
RAD23B
RNA Class
mRNA
Alias
RAD23 homolog B, nucleotide excision repair protein
HHR23B
P58
HR23B
XP-C repair complementing protein
XP-C repair complementing complex 58 kDa
RAD23 (S. cerevisiae) homolog B
RAD23 homolog B (S. cerevisiae)
UV excision repair protein RAD23 homolog B
RAD23, yeast homolog of, B
XP-C repair-complementing complex 58 kDa protein
hHR23B
p58
Location (GRCh38)
9:107283137-107332192
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_002874.5
Sequence length
4114 nt
GC Content
0.4251
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1174.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1253 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1041.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001244713.1 | GAUCAGGGGCUUUGGUGUUAAGUAGACCUGAGUUCCAUUUGUGGUUUUG… | 3852 nt | 0.3907 |
| NM_001244724.2 | GCUUAGUUCCCAGAGUUGGUAACCCGAGAAGAUGAGCCUUAAGAAAAAA… | 3777 nt | 0.3926 |
| NM_002874.5 | GAGUCACGAUGAUGGCGGCCACCAUCCUGUGGUGAGCUAGCGGAUUCCC… | 4114 nt | 0.4251 |
Summary
The protein encoded by this gene is one of two human homologs of Saccharomyces cerevisiae Rad23, a protein involved in the nucleotide excision repair (NER). This protein was found to be a component of the protein complex that specifically complements the NER defect of xeroderma pigmentosum group C (XP-c) cell extracts in vitro. This protein was also shown to interact with, and elevate the nucleotide excision activity of 3-methyladenine-DNA glycosylase (MPG), which suggested a role in DNA damage recognition in base excision repair. This protein contains an N-terminal ubiquitin-like domain, which was reported to interact with 26S proteasome, and thus this protein may be involved in the ubiquitin mediated proteolytic pathway in cells. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, Sep 2011]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
