Basic Information
Symbol
ATF1
RNA Class
mRNA
Alias
activating transcription factor 1
TREB36
EWS-ATF1
FUS/ATF-1
cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-1
cAMP-dependent transcription factor ATF-1
Cyclic AMP-dependent transcription factor ATF-1
Activating transcription factor 1
Protein TREB36
Location (GRCh38)
12:50763710-50821162
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_005171.5
Sequence length
2412 nt
GC Content
0.3636
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-593 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-641.14 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
649.78
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001412960.1 | GGGGUGGCUUUCGCCUCAGAAGCCGCCCUUUGCAGUCGCAGGCGCUAGC… | 2599 nt | 0.3905 |
| NM_001412961.1 | GGGGUGGCUUUCGCCUCAGAAGCCGCCCUUUGCAGUCGCAGGCGCUAGC… | 2619 nt | 0.3902 |
| NM_001412962.1 | GCUUCCGGCCUCCGCGCCUCGGUGCAGAGCUGCGCUGCGCCCUUCCAGU… | 2290 nt | 0.3489 |
| NM_001412963.1 | AUCUCUUCAAGCCGAGCGUGGUAGCGCGCGCCUGUGGUCCCAGCUGCCC… | 2488 nt | 0.3577 |
| NM_001412964.1 | GCUUCCGGCCUCCGCGCCUCGGUGCAGAGCUGCGCUGCGCCCUUCCAGU… | 2255 nt | 0.3459 |
| NM_001412965.1 | GGACGUGCCCCGUGGCCCGGGCGGGGAAGGACGCGGGAACGUGGCGCCG… | 2283 nt | 0.3539 |
| NM_001412966.1 | GGGGUGGCUUUCGCCUCAGAAGCCGCCCUUUGCAGUCGCAGGCGCUAGC… | 2274 nt | 0.3470 |
| NM_001412967.1 | AGUUGGGGCCUGGAUCAGGACGCCUGUCCUGUAACAUAUUUCUGGCGAC… | 2302 nt | 0.3454 |
| NM_001412968.1 | AGUAGCGGCCCUGACUGCCGAGGAAACGGUAGCUUAGGACAGUUGGCUG… | 2229 nt | 0.3544 |
| NM_001412969.1 | AUCUCUUCAAGCCGAGCGUGGUAGCGCGCGCCUGUGGUCCCAGCUGCCC… | 2389 nt | 0.3533 |
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Summary
This gene encodes an activating transcription factor, which belongs to the ATF subfamily and bZIP (basic-region leucine zipper) family. It influences cellular physiologic processes by regulating the expression of downstream target genes, which are related to growth, survival, and other cellular activities. This protein is phosphorylated at serine 63 in its kinase-inducible domain by serine/threonine kinases, cAMP-dependent protein kinase A, calmodulin-dependent protein kinase I/II, mitogen- and stress-activated protein kinase and cyclin-dependent kinase 3 (cdk-3). Its phosphorylation enhances its transactivation and transcriptional activities, and enhances cell transformation. Fusion of this gene and FUS on chromosome 16 or EWSR1 on chromosome 22 induced by translocation generates chimeric proteins in angiomatoid fibrous histiocytoma and clear cell sarcoma. This gene has a pseudogene on chromosome 6. [provided by RefSeq, Aug 2010]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
