Basic Information
Symbol
RBFOX2
RNA Class
mRNA
Alias
RNA binding fox-1 homolog 2
HNRBP2
FOX-2
HRNBP2
hexaribonucleotide binding protein 2
RNA binding motif protein 9
RNA binding protein, fox-1 homolog (C. elegans) 2
RNA binding protein, fox-1 homolog 2
FOX2
RBM9
RTA
dJ106I20.3
fxh
RNA binding protein fox-1 homolog 2
RNA-binding motif protein 9
fox-1 homolog B
fox-1 homologue
hexaribonucleotide-binding protein 2
repressor of tamoxifen transcriptional activity
Fox-1 homolog B
Hexaribonucleotide-binding protein 2
RNA-binding protein 9
Repressor of tamoxifen transcriptional activity
Location (GRCh38)
22:35738736-36028824
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_001349999.2
Sequence length
7212 nt
GC Content
0.4842
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2429 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-2565.9 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1671.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001349992.2 | AGAAUUCCAGGAAGGAAGAGAGAGUGAUGUCAUCAGAUUCCAUGGACCA… | 6664 nt | 0.4565 |
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| NM_001394110.1 | GGACCGCCCCCUUCCUCCCUCGGCCGGCGUGCUGUGAGGGAGAGUGUGA… | 7116 nt | 0.4836 |
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Summary
This gene is one of several human genes similar to the C. elegans gene Fox-1. This gene encodes an RNA binding protein that is thought to be a key regulator of alternative exon splicing in the nervous system and other cell types. The protein binds to a conserved UGCAUG element found downstream of many alternatively spliced exons and promotes inclusion of the alternative exon in mature transcripts. The protein also interacts with the estrogen receptor 1 transcription factor and regulates estrogen receptor 1 transcriptional activity. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
