Basic Information
Symbol
RBMS1
RNA Class
mRNA
Alias
RNA binding motif single stranded interacting protein 1
SCR2
MSSP-1
MSSP-2
MSSP-3
YC1
HCC-4
DKFZp564H0764
suppressor of cdc 2 (cdc13) with RNA binding motif 2
c-myc gene single strand binding protein 2
chromosome 2 open reading frame 12
C2orf12
MSSP
RNA-binding motif, single-stranded-interacting protein 1
cervical cancer oncogene 4
single-stranded DNA-binding protein MSSP-1
suppressor of CDC2 with RNA-binding motif 2
MSSP1
Single-stranded DNA-binding protein MSSP-1
Suppressor of CDC2 with RNA-binding motif 2
Location (GRCh38)
2:160272151-160494100
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_016836.4
Sequence length
4286 nt
GC Content
0.4148
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1159.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1248.63 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1176.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_002897.5 | AGAUGCCGCCUGGCACCAAGCGCAGCCGCCGCUGCCGCACUUUCCACUU… | 4277 nt | 0.4148 |
| NM_016836.4 | AGAUGCCGCCUGGCACCAAGCGCAGCCGCCGCUGCCGCACUUUCCACUU… | 4286 nt | 0.4148 |
| NM_016839.2 | CACCAAGCGCAGCCGCCGCUGCCGCACUUUCCACUUGUAUUGAUCACCU… | 2596 nt | 0.4615 |
Summary
This gene encodes a member of a small family of proteins which bind single stranded DNA/RNA. These proteins are characterized by the presence of two sets of ribonucleoprotein consensus sequence (RNP-CS) that contain conserved motifs, RNP1 and RNP2, originally described in RNA binding proteins, and required for DNA binding. These proteins have been implicated in such diverse functions as DNA replication, gene transcription, cell cycle progression and apoptosis. Several transcript variants, resulting from alternative splicing and encoding different isoforms, have been described. A pseudogene for this locus is found on chromosome 12. [provided by RefSeq, Feb 2009]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
