Basic Information

Symbol
RERE
RNA Class
mRNA
Alias
arginine-glutamic acid dipeptide repeats KIAA0458 ARP ARG DNB1 ATN2 atrophin 2 arginine-glutamic acid dipeptide (RE) repeats ATN1L NEDBEH arginine-glutamic acid dipeptide repeats protein atrophin-1 like protein atrophin-1 related protein Arginine-glutamic acid dipeptide repeats protein Atrophin-1-like protein Atrophin-1-related protein
Location (GRCh38)
1:8352397-8848921 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001042681.2
BLAST PRIMER
NM_001042682.2
BLAST PRIMER
NM_012102.4
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_001042681.2
Sequence length
8009 nt
GC Content
0.5611

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2779.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2919.28 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1953.76
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001042681.2 AGACGCUCGCGAGCAACCCUCCGCGCUCCGGAGCCUCCUCAGCCUCCCG… 8009 nt 0.5611
NM_001042682.2 GCCUUUUGCAGCCGCCCGCGGCCGCGCCGGGCUCUGCGCGCCGCGCUCC… 6453 nt 0.5794
NM_012102.4 AGACGCUCGCGAGCAACCCUCCGCGCUCCGGAGCCUCCUCAGCCUCCCG… 8194 nt 0.5582
Summary

This gene encodes a member of the atrophin family of arginine-glutamic acid (RE) dipeptide repeat-containing proteins. The encoded protein co-localizes with a transcription factor in the nucleus, and its overexpression triggers apoptosis. A similar protein in mouse associates with histone deacetylase and is thought to function as a transcriptional co-repressor during embryonic development. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image