Basic Information

Symbol
RORA
RNA Class
mRNA
Alias
RAR related orphan receptor A RZRA ROR1 ROR2 ROR3 NR1F1 ROR-alpha RORalpha RORa1 ROR nuclear receptor subfamily 1 group F member 1 Nuclear receptor ROR-alpha RAR-related orphan nuclear receptor alpha RAR-related orphan receptor A IDDECA RZR-ALPHA nuclear receptor RZR-alpha retinoic acid receptor-related orphan receptor alpha retinoid-related orphan receptor alpha transcription factor RZR-alpha RORA Nuclear receptor RZR-alpha Nuclear receptor subfamily 1 group F member 1 Retinoid-related orphan receptor-alpha
Location (GRCh38)
15:60488284-61229302 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_002943.4
BLAST PRIMER
NM_134260.3
BLAST PRIMER
NM_134261.3
BLAST PRIMER
NM_134262.3
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_134261.3
Sequence length
10827 nt
GC Content
0.3585

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2675.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2895.55 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2809.09
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_002943.4 GAUUCACAGGGCCUCUGAGCAUUAUCCCCCAUACUCCUCCCCAUCAUUC… 10974 nt 0.3582
NM_134260.3 GAUUCACAGGGCCUCUGAGCAUUAUCCCCCAUACUCCUCCCCAUCAUUC… 10998 nt 0.3580
NM_134261.3 GUACCAUAGAGUUGCUCUGAAAACAGAAGAUAGAGGGAGUCUCGGAGCU… 10827 nt 0.3585
NM_134262.3 AGCUGCGGCAGCUGCUGCUGUGGCUCGGGCGGCGGCGGCGCGGCGGCGG… 10687 nt 0.3560
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the NR1 subfamily of nuclear hormone receptors. It can bind as a monomer or as a homodimer to hormone response elements upstream of several genes to enhance the expression of those genes. The encoded protein has been shown to interact with NM23-2, a nucleoside diphosphate kinase involved in organogenesis and differentiation, as well as with NM23-1, the product of a tumor metastasis suppressor candidate gene. Also, it has been shown to aid in the transcriptional regulation of some genes involved in circadian rhythm. Four transcript variants encoding different isoforms have been described for this gene. [provided by RefSeq, Feb 2014]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
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