Basic Information

Symbol
RPA2
RNA Class
mRNA
Alias
replication protein A2 replication protein A2 (32kD) replication protein A2, 32kDa REPA2 RP-A p32 RP-A p34 RPA32 replication protein A 32 kDa subunit RF-A protein 2 replication factor A protein 2 replication protein A 34 kDa subunit RPA34 Replication protein A 32 kDa subunit Replication factor A protein 2 Replication protein A 34 kDa subunit
Location (GRCh38)
1:27891524-27914746 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001286076.2
BLAST PRIMER
NM_001297558.1
BLAST PRIMER
NM_001355128.2
BLAST PRIMER
NM_001355129.2
BLAST PRIMER
NM_002946.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_002946.5
Sequence length
1584 nt
GC Content
0.4665

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-502.1 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -530.41 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 301.56
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((..((.(...((((.((((.((((..((.(((...((.((...)).))))).)).)))).))))...))))....).))....)))))..(((((...(((((...((((((.(((((((.(((....((((.((((((((((((((..(((.(((((((((.....(((((....(((......)))..))))))))))))).(.(((.((((((.((((((((((((((((.(((((.((((((((((((((.((((...)))).(((((..(((((((((((...(((((.(((((((.....)))))))..)))))...))..((((.(((.(((((((.(..((....(((((((...((((((((..(((....))).......((((..((....))..)))).(((((.(((((..(((((.((.((((.((.(((.((((((((....((.((((.(((((....))))))))))).((((((...(((((((...(((((((((.(((.(.(.((((((.......)))))).)).))).))))......(((((((......)).)))))....).))))..))))))))))))).))).))))).)))...((((.....((...)).....))))(((((((.(..(((..((........))..)))..)..)))).)..)).)))))).)).)))))..)))))))))).((((....((((.......))))......(((((.((((......)))).)))))....(((((((((((......)))))))).))).........)))).....)))))))).)))))))....))..).)))))))...))).)))).((((((((((((((((......))))))).)).)).))))).(((((.((((.(((.....))).))))...)))))..)))))))))..)))))((((.((.((...........((((....))))...........)))))))).))))))...)).(((((((((((..........(((......))).......)))))))))))))))))..))))).)))))....))))))......))))).).))))).))).).....((((((.(((((((((((..((((((....((.((((......)))).))....))))))((((((.....(((((((.(((.((....(((((((.....))))))).))))).)).))))).....))))))(((((........)))))(((......)))((((((((((.((.(((.(......).))))).)))))))))).......)))))))))))))))))).)))..))))).))))).))))))))..)))))))))).))))))((((((..........))))))..((((((((.....)))).))))....((((....)))))))))...)))))((((((....))))))..(((((......((((((....(((((....))))).....)))))).....)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((..((.(...((((.((((.((((..{{.{{{,..((,{{||..}.))})),)).)))).))))...)))).,..},))....)))))..(((((...(((((...{(((((.(((((({,(((....((((.((((((((((((((..(((.(,(((((((.....))))))).,({(,,,...}}}||||||}}{||||||.,.,,{.||||{|.((((,({{{(({|,,,.|,,{||,{(((({{((.(((.,(({(..(((.(((((.....((((((((,.(((((((.(((((((.....)))))))..)))))..))....))))))))...))))).))).,.)))}))).}).,(((((((((((((..((...((((....(((((..........{.{(.(((((.(((((..(((((.((.((((.((.(((.((((((((....{,.((({,(((((....)))))))))}}.((((((,..{((((((...(((({((((.(((.{.{.((((((.......)))))).,}.))).))))......((((({(,.....)).)))))....},})))..))))))))))))).))).))))).)))...((((.....{{...)),....}}},{{,((((.(..(((..((........))..)))..)..)))).}..}}.)))))).)).)))))..)))))))))).)}.,....((((.......))))......(((((.((((......)))).)))))....(((((((((((......)))))))).)))..,{..(((((((,({...((((((((((((.............,{((((((((,{,......,,}}|({(((((((((......))))))).)).)).....))))))))||((.(((.....))).))),....))))))...)))))),)).)))))))..}}.,,...))))}..))))...))..)))))))..))))))}||...))))},,,.,|.{(((((({{({..........(((,,,,,,|||,{,....}|||||}}}}}||}},,..}},,,.,,,,)}}}}},,,)},}.}})))))),),)))))..})}).}}}}{{((((.(((((((((((..((((((....((.((((......)))).))..,.)))))).,(((({{,.,(((((((.(((.((....(((((((.....))))))).))))}.}).)))))...,{{{{|,.(((((........))))).,....,}})))((((((((((.{(,(((.(......).))))).))))))))))}}))))})))))))))))))))))).)))..))))).))))).))))))))..)))))))))).)))))|((((((.{......}.)))))),.((((((((.....)))).))))...,{(({...,)))))))))...})))){{{{((,,,,|||}}|{,(({{{..,,..(({({{....(((({....})))).....}})))),}},,}}}},....

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001286076.2 AUUCGCGGGAAGGCGUUUGUGGUGCCAGAGAAAAGUAGCCAGAGCGGCG… 1735 nt 0.4559
NM_001297558.1 GUUCUGAUUGGUUGAUUUCUUGCGAUACCGCUCUGCCAGCCCCUUGCUU… 1626 nt 0.4625
NM_001355128.2 AUUCGCGGGAAGGCGUUUGUGGUGCCAGAGAAAAGUAGCCAGAGCGGCG… 1477 nt 0.4563
NM_001355129.2 AUUCGCGGGAAGGCGUUUGUGGUGCCAGAGAAAAGUAGCCAGAGCGGCG… 1596 nt 0.4668
NM_002946.5 AUUCGCGGGAAGGCGUUUGUGGUGCCAGAGAAAAGUAGCCAGAGCGGCG… 1584 nt 0.4665
Summary

This gene encodes a subunit of the heterotrimeric Replication Protein A (RPA) complex, which binds to single-stranded DNA (ssDNA), forming a nucleoprotein complex that plays an important role in DNA metabolism, being involved in DNA replication, repair, recombination, telomere maintenance, and co-ordinating the cellular response to DNA damage through activation of the ataxia telangiectasia and Rad3-related protein (ATR) kinase. The RPA complex protects single-stranded DNA from nucleases, prevents formation of secondary structures that would interfere with repair, and co-ordinates the recruitment and departure of different genome maintenance factors. The heterotrimeric complex has two different modes of ssDNA binding, a low-affinity and high-affinity mode, determined by which oligonucleotide/oligosaccharide-binding (OB) domains of the complex are utilized, and differing in the length of DNA bound. This subunit contains a single OB domain that participates in high-affinity DNA binding and also contains a winged helix domain at its carboxy terminus, which interacts with many genome maintenance protein. Post-translational modifications of the RPA complex also plays a role in co-ordinating different damage response pathways. [provided by RefSeq, Sep 2017]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image