Basic Information
Symbol
RTN1
RNA Class
mRNA
Alias
reticulon 1
neuroendocrine-specific protein
NSP
reticulon-1
Reticulon-1
Neuroendocrine-specific protein
Location (GRCh38)
14:59595976-59870796
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_021136.3
Sequence length
3239 nt
GC Content
0.5363
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1149 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1208.07 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
660.54
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001243115.1 | CCCGUCUCCAGGGUAGCACCCUUGGGCAGCCCAGCCAACGCUGUCGCGU… | 1821 nt | 0.4882 |
| NM_001363702.1 | GCAUGCCAUUUCUACCAGCUAUUGACCUGUUGUAUUGGCGGGACAUCAA… | 1353 nt | 0.4294 |
| NM_021136.3 | GUUGCAGCAGAGGCGGCGGCGACGCUGAGACACCGCAGCUUCCCUGAGC… | 3239 nt | 0.5363 |
| NM_206852.3 | AGUCUCUCCGCAGCCGCGCGGCCACUGCGAGCCCAGCCGCAGCAGCCGG… | 1506 nt | 0.4582 |
| NM_206857.1 | CGUGUGUGUGCCUCCGUGGCUCUCCUUCGCUCUGUGGGACGACAGAACC… | 2148 nt | 0.5135 |
Summary
This gene belongs to the family of reticulon encoding genes. Reticulons are associated with the endoplasmic reticulum, and are involved in neuroendocrine secretion or in membrane trafficking in neuroendocrine cells. This gene is considered to be a specific marker for neurological diseases and cancer, and is a potential molecular target for therapy. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jul 2011]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
