Basic Information

Symbol
SATB2
RNA Class
mRNA
Alias
SATB homeobox 2 KIAA1034 FLJ21474 SATB family member 2 C2DELq32q33 DEL2Q32Q33 GLSS DNA-binding protein SATB2 SATB2 fusion special AT-rich sequence-binding protein 2 Special AT-rich sequence-binding protein 2
Location (GRCh38)
2:199269484-199471266 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001172509.2
BLAST PRIMER
NM_001172517.1
BLAST PRIMER
NM_015265.4
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_001172509.2
Sequence length
5568 nt
GC Content
0.4558

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1616.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1718.46 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1578.26
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((..(((...(((((((......)))))))(((.((((((((((((.......)))))..((.((((((((((........)))).))))))))((((.((.((..((((((((((.(((((...)))))((((((.(((.((((((((.......(((.((.(((((..((((......))))...))))).)))))(((((..(((.(((.((((((((((((((.((((((((((..((((((.(((((..(((((.......(((((.....)))))))))).........(((((((((((....((((...(((.((((.(((((..(((((.((..((..(((((.((((((((((((.(((((..((((((.................................(((...........))).((((((.(((........))).))))))...))))))))))).)))))....)))).)))...))))))).)).)))))....))))).(((((((......((((...((((.((..........))..))))..))))......))))))).....(((((.((((((((((..((((......))))(((....)))))))...))).))))).))).)))))))..)))))))))))).))).........(((.((((..((((((((...(((.((....)))))...)))..))))).)))).))).))))).)))))).)))))).)))).))..))....)))))))))).))).)))....))))).)))))))).))).))))))....((((.((((((....((((.((((((((((.((((..(..((((.(((.......))).))))..)..)).)).(((..((((((((...((..((..((((.((((.(((....))).))))..))))..))..))))))))))..)))...)))))))))).))))....)))))).)))))))))))))))))).)))))))))))))).(((((((((((((((.(((....(((((((((..((((....(((((.(((.....))).)))))..))))....((((((((((....)))....))))))).........((((((.(.((((.......)))).)))))))...(((...)))...(((((..............))))).............(((((...(((((((((.(.((((((((.....)).)))).((((((.........))))))..(((......)))))..).))))))))).))))).........((((((((.....((((((((((((...((((.............(((((((((((((((((((........(((.........))).....)))))).((..(((......)))..))...((((((((..................(((((..............)))))..(((..(((((.........((.(((((((((((......(((((((.((....((((((..(((........)))(((((..(((((.........))))).))))).....(((((.(((((.....((........))........(((.((((.((.................)))))).))).)))))))))).............(((((.((((....)))).)))))..))))))....)))))))))))))))))))).)).......)))))...)))....(((((........)).))).((((((((((((((.((..(((((((..((((((((.....(((.((((((((((...............)))))......(((((..........)))))..((((((((((((((((.........(((((((((((((((.(((((.((((((...(((.(((((..((((((((((((((((((.((((((((((((((.......((((.(((...(((((....)))......((((........))))((((((.(((.((((((.......((((....(((.((.(((((((....(((((.((....(((...((((((.((.(((((((...((((...)))).............)))))))(((((..(((((((((...((((..((.....))....))))...(((((((((((.(((((.(((.((((..(((.(((((((.(((..(((((((.((..((((.(....).))))...)).))))).))..))).........)))).))).)))..))).).))).....)))))...)))..))))).)))...........)))))).)))..)))))..((((.......)))).......)).)))))).))))).))))).((((((....)))))).((......))...))))))))).)))(((((((...........)))))))......)))).......)))))).))))))).))...(((.(((.(((.......(((((((((((..(((((.(((.....(((.............))).....))).)))))....((.((((......)))))).)))))))))))......))))))..)))))...)))))))......))..)))))))))(((((...))))).((((..(..(......)..).))))..)))..)))......)))))))))))))))...))))).))).......(((((...)))))......((((.((..((.(((...((......)).....))).))..))))))...))))))..)))))((((((.(((...((((((((....((.((((((.((((((((((...((((......(((.........))).....(((((((.((((..........(((....((((......))))....)))............((((((....)))))).....)))).))))))).)))).))))))))))..))))))..))...((((((.(((((((((((((.....)))))))..........))))))...............(((((.((((((....))))....))))))).....))))))))))))))...))).))))))..((((((((((((..(((((((((((((.(((((........))))).))))))))))))).....(((((((((((((((.((((((...(((((.((....((((((((((((((.(((......)))))))))....................))))))))...))..)))))...........(((.((.((((....)))).)).))).(((..(((.(((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((..(((((((((.((.....)).))))..)))))...(((((..(((((((.((((......))))..))).))))..))))).......))))).))))).)))))))).))).......))))))))..))))))))...............(((((....((((((..(((..((((((............))))))..))).))))))...)).))).(((((......)))))))))))).)))..)))...(((((...)))))))))))....)))))))).)..))))))((((((.(((((......)))))))..))))..(((((.(((((((((.((......)).))))))))).)))))......)))))))))))).............(((((((..(((........))).)))))))((.(((.((((((((.(((..((((...((((.(((.....))))))).))))..))).)))))))).))).))..(((.......))))))))))))))............)))).............(((....))))))))).)))))))))))))))))))))))))).)))...........................((((...))))........(((((.......))))).(((((.....((((((...))))))....))))))))).)))))))))))(((((.((((..(..........)..)))).)))))..................))))).............((((((((..((.((((((..(((.(((((((..((((.(((((.((((((..(((...(((((((....(((...))).....)))....))))..)))))))))...))))))))).)))))))..)))..))).))).))..))))))))..))))))))..........(((((((((.(((....(((.....))).....))))))).......)))))(((((((..((.......((((((((((((.((.((((((............((((((................)))))).((((((....(((((.......))))).......))))))....(((((.((((......)))).)))))..)))))).)).)))))))))))))).)))))))...........)))))))..))))))..(((((((......(((......)))(((((....)))))...((((((((..((((.(((((..(((((....)))))...............((((((((((...............))))))))))............((((((((..(((.((.....))...))).)))))))).......((((((....))))))........))))).)))).))))))))))))))).))))....))))))))))))....)))))))).)))))))))....))))).))))).)))))))).............)))..))))...((((((((.(((((....)))))...)))).))))(((.....)))....((((((((((..((..(((((..................)))))..))...........((((((.......))))))((((((..(((((..((((((((....((.((((((.((((.........))))))))))..))....))))))))..))))).....(((((........((((..(((((......)))))....)))).......)))))(((((((((((...(..((((((.((((....)))).))))))..))))))))))))....(((((...((((((((..(((((((((.((((.....(((......)))....)))).))))..........((((((((...))))))))..........)))))..))))))))..))))))))))))))))))))).......................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((({{((.(((((,(,,,,}.}}}}),)))||(((.((((((((({((.,,,.,,|}}|||,((.((((((((((........)))).))))))))((((,{|,,{,,((((((((({.{((((...}}|}|((((((.(((.((((((((.......(((.((.(((((..((((......))))...))))).))))){((((..(((.(((.(((((((((((((,.((((((((((..((((((.(((((..(((((...,,..(((((.....)))))))))).........(((((((((((,...{(((...(((,((((((({{{,,{{{{(,((,,({..{,{{{.{|(||||(((((.(((((..((((((.,{,....................(((.{......).})).,.....{{..((((((.(((........))).)))))),.,))))))})))).)))))....))))},}}...))}||,}.}},|}}}}....)))}},(({,,{{{{{,..{|||,..||{,.,,...{{{,...{{,,||||.,||}},..|,.}}}}}}}{|||{{{{{{,,.((((,,.,.||{{{......})))}}}))),)))))),.,)))))))})})))}.))))})}..)))))))))))).))).,,,,,,..{{|,|||{..((((((((...(((.((....)))))...)))..))))).}}}}.}}).))))).)))))).)))))).)))).))}.,,....)))))))))).))).)))....))))).)))))))).))).)))))),,,,((((.{(((((,,..{(((.((((((((((.{{.{,.{{|{((({({{.......}},.))))}.}..}.,}}}(((..{{{{{{((,|{{(,.,(,.((((,{{{,.{((,,..}}},||}}..})))}|||,|}|}|}))}}}..))},,.)))))))))).))))....)))))}.})))))))))))))},}}.}}))}))))))))).(((((((((((((((.{,,,{.{(((((({(({..(((((..,,,,,.|||}}..,))),))))).}}|||....,,{{{{{,{,,{{{|,|{{,.,}})))}.}}}}}{,.((((((.{.((((.......)))).}))))))..,{({...,||,..{((((...,{{,,,..,{,|||||{,,{.,,.....,{{{{{,.,((({{{{||,{.,{,,,,|,....,||,|,,,.({(((({,,.....,)))))}..{{{,,,,.,|||,|{||,}}}))}}||.}|}}}.....{{,,((((((({..,..((((((((((((..,{(((,,,,||,,|,{,|{{,{{{|{|||||((((((........{{{.........}}}.....)))))).,,,.{((,.....))}..|,.,,||{(((((.{{{{,...,,{,,....(({({.......,......}||||||(((..(((((.......,.{(.(((((((((((......(((((((.((....((((((..(((........))){((((..(((((.........))))).))))}.....((((,{(((((.....((........))........{({.(((,,((.................)))))).))}.)))))))))).............(((((.((((....)))).)))))..))))))....)))))))))))))))))))).)}.,,....)))))...}))....|{|||,.....,,}}.|,{{((((((({((({((((,.{(({{,,...{,,|,|||..}}}|||}|(((,(((((.........,.....)))))))},,,(({{,.,,,,,,,..|||||,.{{{(((((((({{{{||,.|||,,.,||||{{{{{{|{{,{{{|,,,|,,}}}}..|||,{{{{{..(((((((((((((({(({,(({(((((((((((.......((({{(((...{,,((.{{{||.......{(((........))))((((((.(((.((((((.......((((....,,,.((.(((((((....(((((.((....(((...((((((,((.(((((((,,,((({...})))..........,,.)))))))(((((..(((((((((..,((((..({.....))...,}}}|...(((((((((((.(((({.(((.((((..(((.(((((((.(((,,{((((((.((..((((.(....).))))...)).))))).)),.))).........)))),,)).)))..))).).))).....)))))...)))..))))).)))..},,...,..)))))).)))..)))))..((((.{.....))))..,,,..}}.)))))).))))).))))).((((((....)))))).((......))...))))))))).,,,(((((((...,.......)))))))......)))).......)))))).))))))).})...,,,.(({,(((.......(((((((((((..(((((.(((.....(((.............))).....))).)))))....((.((((......)))))).)))))))))))......)))))).}))))}.,,)))))))......))..)))))))))(((((...))))).{{{{..,,,|.,,..}}..},)))),,))),.))),,...,))))))))))))))),..})))).}}}..{((..((((({{.|||||{(((..,.(((((((({{...{{{{....{{{{{{{{(((((..|.{{{........))).}..)))))}...........,|}|.,,,}}}}})).,}}}}.,,},,,)))))}}})),,,.)))))||,,,,((((((((.....(((((((.((((..........(((....((((......))))....)))............((((({....}))))).....)))).)))))))......))))))))..,|}||}}{{{{{{{{..,(((.(((.....))).)))|((((((,.{{...(((.{.((..(((.(((((....,,,,(((.{.......),)}).,,....)))))))).)).))))...}}..))))))}.......,,,,(((((((((((({.((({({((((((({(((((.{{{,...,)))).))))))))))))).....((((({(((((((((.((((((,,.,{,,{.{,.,..(((((((({(((({{(((......)))))))})}|...............||.|})))))),,{|,,,,,}||{|,........{{{.((,({((,.,.))}}|))|))),(((,,{({.(((((((.{{((((({{((((((((((((((((((,((((,{((({.,{((((((((.((.....)).))))..})))}...(((((..(((((((.((((......))))..))).))))..))))).......})))).))))).)))))))).))).......))))))))..))))))}}......,,,,.....{{(((,...((((((..(((..((((((..,....,....))))))..))).))))))...,,}))).(((((......)))))))))))).}))..})}...(((((...)))))))))))....)))))))).)..)))))}(((({{.(((((......)))))}}..))))..{{{{{.{{||||{,{,{{,.{{{{,..,,,))))|,.,,},}.}}}.,))))))))))))..........,.{(((((((..(((........))).)))))))},.((({((((((,(,,,,..,{,,...,||,,|||}}}}}),,))))}))),..,}}.,}}}}}},.)),}))}}||,.}},...|||}}}})))}}},.........,,,}}}},,..|||..,...||}....,}))))))}.))))))))))}))},,,,}))))))},)}}.,,..,.,,,,.......,........,|||},})))}...,,,,}{((((,......)))}|{((((,.{{..,,}}..}}})}.,||{{{{|||,|{{{{{{{.,,,,..,.||||,,|||,}}|}}},,,,|,.|,,,|||.}||||,....,,,{{{,{{....|||||,|,..........((((((((..({.((((((..(((.(((((((..((((.(((((.((((((.,(((...{{(((((....{((,..,}).,...}))....}}}}..)))))))))...))))))))).)))))))..)))..))).))).))..))))))))..||||,,,)}}}.,,,...(((((((((.(((,{{.(((.....))),}}..))))))),......})))),,,,|}|,.})}}..,,}|||||||{{|||}|{}||{{||.,|,..,,,{|||{{(({,.,,...{{{{.,,,,,,||||,({{{{{,|||{(({{.....,.}}}}}..},,,.}}}}}}.|,,{{(((.{(({,,....}}}},})))},,}})))),|},||},,,,,,,},||,,||||||{|,........,||||||,,,||,}}.,((({((({,,,,,.,({{....,,,(((((....)))))...((((((((..((((.(((({,,(((((,...,}}}),,.,,,,,.,,,,..((((((((((..........,....))))))))))......,,,...{(((((((..{{{.{(,,...}}.,,))).)))))))}.......((((((....))))))...,,...})))).)))).)))))))))))}))}.,}}}.},,}))))))))}))...})))))))).}}))))}}}}}.,))),,.))))),))))))}}}},...,,,,,}}|}},,}}}},..||||{{({,{((((....))))),,.)))).}}})||,............,,{{{{{{{{..,,..,{{{{{,....,,,}}}|},,..|||||.,,|{{|,||,...{((((((.......)))))))...,}},,}}}|..,.|||||...,,||||{{(((.{|||.}},,}.,,)}},,,,|||{{||{{|{|,||,}}}.,}}.,,.}}},}}}}}}}}}}}...{{{.{(((((((({{,{.,},,,,.,},{((((.,..{{.((((((((((((......(((((({((({....)))).)))))),..)))))))))))).,,}.))))}.,((((((((.{{{,,,{||.,|||}}}}}.,,.,}},}))))}))),)),.,,,..........((((((((...)))))))).,,......}),)))}))))))))},}))))},,,},.}},||||}||,.........,}.},))......

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001172509.2 GAGUCCGGCUCUGGCUGCUGGCAGAGGCGGCCGAGAGGGGAGAGGCUGG… 5568 nt 0.4558
NM_001172517.1 GAGAGAGAGAGAGAGAGACUGAGAAAGUCGAACUCGAGCUUAGGUAACC… 5326 nt 0.4397
NM_015265.4 AGAGGCGCUUAAGUUACCAAGGGAUUAGGGCUGAUCUCAGGAGAGGUAA… 5301 nt 0.4409
Summary

This gene encodes a DNA binding protein that specifically binds nuclear matrix attachment regions. The encoded protein is involved in transcription regulation and chromatin remodeling. Defects in this gene are associated with isolated cleft palate and cognitive disability. Alternate splicing results in multiple transcript variants that encode the same protein. [provided by RefSeq, Feb 2010]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image