Basic Information
Symbol
SDE2
RNA Class
mRNA
Alias
SDE2 telomere maintenance homolog
FLJ35382
chromosome 1 open reading frame 55
SDE2 telomere maintenance homolog (S. pombe)
C1orf55
dJ671D7.1
splicing regulator SDE2
UPF0667 protein C1orf55
protein SDE2 homolog
replication stress response regulator SDE2
Splicing regulator SDE2
Replication stress response regulator SDE2
Location (GRCh38)
1:225982702-225999350
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_152608.4
Sequence length
3987 nt
GC Content
0.4103
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1180.94 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1260.24 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1171.66
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((..((((....(((((((((((((((.(((((((((((.((((((.(.((.(((((.(((....))).))))).)).).)))))).))).))))).(.((((.(((..((((((((((((.(((((((.(((((.........((.(((((((.((.(..((......))....).)).))))))).))........))))).......(((((.....)))))....(((((((...)))))))...)))))))....))))))))))))...))).)))).)...((((.(((..(((((((.(((((.(.........).)))))....))))))).....)))))))))).))))))...........((..(((((...((.......))...))))).))....(((((....(((((((...(.((((.((...)).)))).)..(((((.......))))).)))))))..)))))))))))))).(((....)))..((((..(((((((.((..(((((((((((((.(((((((...(((((((.((((........(((((((....))))))).(((((...((....(((....)))..))...)))))........))))))))..)))((((((((((((((((((......)))))).(((((((((((((....(((((((((((.((((((....))))).).)).....((((.((.(((((((......((((.....)))).((((((((...)))).)))).(((((((.....)))).))).........(((.(((((((((.((....))........((((((..(((((..(((.....)))..))))).)))..))).))))))))).)))....(((((((.(((((((((....((((....))))...))))))))).....((((.(((.((((((((((..((((((((((((....(((((((((((...((((((...((((.((((((((((((((((.((((..((.((((....((((((((((..((..((((((((((..((((((.(((.(((((.(((((((((((((.......(((.(((....))).)))(((((((((((.((((((.(((((..((((((((((((..((((....(((((.(((((((((((((....))).))))....(((((((....)))))))...)))))).....(((((((.(......).)))))))..((.((((((((.((...(((((.((((((((.(((((((..(((((((.((((...........))))..)))))))..))))))).))))))))...(((.(((.((....))))).))).((((......)))).((((((.(((............)))))))))))))).)).))..)))))).))(((((((((.....)))))))))..))))).....))))......)))))))))))).)))))....((((.(((((........))))).))))..)))))).).))))))))))....(((((((...)))))))((((((((..........(((((((((((((.((((...(((....((.(((.....)))..))...)))..)))))))))..))))))))....(((.....)))......)))))))).......)))))......)))))))).))))).))).))))))..))))))))).)...)).....)))))).))))....)))).))..)))).)))(((((((.((((((...))))))..))))))).....................(((((((.....))))))))))))..)))..(((((((((.((....)))).))))))).)))))..)))).)))))).....))))).))))))....))))....((((((((......((......))......))))))))..(((((((.......))))))).)))))))).))))(((.((((((((((((((((((.(........).))))....(((((.....((((((....))))))....))))).)))..))))).)))))).)))..............((((((((...)))))))).........((((((....))))))...)))))).))).)))))))))))....))))).)))).)))))))))))))))))))))))))).(((((((.((.(((((...))))).)).).))))))................(((...............)))...........((((((................))))))........................))))))))))))))))))))))))))))((((((.....(((((((.(((((((((.((((.........)).)).))))..)))))...)))))))..))))))..)))).)))))))))..))))...(((((((.((((((...((((((.......))))))...)))))).)))))))((((((..((((((((.((((((.((((((((((((((((..((((....))))((((((.((((((((((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((((..((((..((......))...........((((((....((..((.....(((((((((((((.((((..((((((((((((.((............................))))))))))....((((((((...))))))))))))....)))).)))).))))...)))))))..))....))))))(((((..(((((((.(((....)))...)))))))))))).....((((.((...........)).))))...))))..))))))))))))))))))))))))))))))).((((((((.((((......))))))))))))....)))).)))))))))))))).)))))).)))))))))))))))).))))))...))))))))..))))))......((((((...........)))))).((((((((((((.......(((.....))).....((..((((...(((((.(((.((((.(((.....((((((((((((...........((((...)))))))))))).....((((.........))))((((((((............)))))))))))).....))))))).))))))))....))))..)).))))))))))))(((((((....)))))))...)))).))))))(((((..((((((...))))))..))))).((((((((((....(((((.(((........))))))))...((((((................................))))))...(((((((......)))))))......((((..((((...(((........)))..)))).))))((.(((((((.....((((...))))..))))))).))((((((((..((((((((...((((((((..(((.........(((((((.((((......(((((....)))))..(((.(((((........))))).)))......(((.(((((((((((...............((((((....))).)))(((((......)))))...(((((((......(((.(((((.(((.(.((....((((.........))))..)).).)))))))).)))....)))))))......))))))).)))))))...)))).))))))))))..))))))))..))))))))..))..))))))..((((((..........)))))).....))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..{{{((({{(,,({,..(((((((((((((((.(((((((((((.((((((.{.((.(((((.(((....))).))))).)).}.)))))).))).))))).(.{(((.(((..((((((((((((.(((((((,(((((.....,...((.(((((((.((.,..{(......}}....}.)).))))))).)}.,,.....))))).......(((((.....))))).,,.(((((((...))))))).,,)))))))....))))))))))))...))).))||,|,{.,{||}|||.,(((({{,.,,{,,,|,,,|{,,..,,}}}}},}..})))}}}.....)))))).))).))))))...........((..(((((...((.......))...))))).))....(((((....(((((((...(.((((.{(...}}.)))).}..(((((.......))))).)))))))..)))))))))))))),||,.}}},))}.{{{({{((((((({((,,{((((((,{{||||||,,{{{,{{{{.{((({||||}}}|....(((((((....))))))).{((((...{{....(((....)))..}}...))))}...{{,,,|||{{|||{{{|{((((((((({{((({((({{{,.,{||||{{({{{,{||{{{{{,..,|||||{|||...||||(({{{.,||||,{,,|,,.,(({((,,((,,.,,|}.}}}}|((((.,{,,},||{((((((({...}))).)))}.|||{{{{,{{{{}}||,||{{{{{..(({(.{{.,,,(({(({{.,(,,((((({{...{{,{((..(((((..(((.....)))..))))).)))..}}}||,,|((((((({((..{(({,(({,((((({{{,{{{{(((({{{.||,,..{||||,|||({,,(.((((.(((.((((((((((..((((((((((((..,.(((((((((((...((((((...,,,,...(((((....))))).,,,|(((({(((((((((((.((((,,..{(({((((((((({,,,,(((({{{{.{{({{.((({({(({((((.......{((,{((....}}}.))}((((((((((,{((((({.((((({.{(((((((((((..{(((,,..(((((.(({,,.,{(((.,.}}}|{{.{{(({{(((((,{{,{{{{,|||||,...{|||{|{.{{.((((((,.({......})))))))..|({((,,..}}}}},,,,.....((((((((.(((((((..(((((((,((((...........)))),.)))))))..))))))).))))))))....}}.}}}.}))},,))))),,}}}},|,..,,,,},||.((((({,(((........,...))))))))).)},}|))}))}}))),)},,,{{{((((((.....,}}}))))}}})))))...,.}}}}......}))))))))))))))))).,,.{(((.(((((,.....,,,)))).)))}.,})))}},).))))))))))..,.{(((((,...})))))}{{{{{{{,..,,.....,{((((((((((((.((((...(((....{{.(((.....)))..}}...)))..)))))))))..))))))),,,||||,|,,,|,...}}}},}))))))),....,.}}))),,,,,.))}})))),))))|,}}}|},,}})}})}.))},}},},.}}}}}}|}}}}})},}}}},|||}|||,,,,}}}}}}))}})})}||}))))))}}}.})..)))).))))))))))}}}}}..........((((((((.....))))))))..((((.(((((((((((((.((....))))}}))))),.})))))))),,.)))))).,...)))))}}))))),...)))|....((((((((......((......))......))))))))..,{{{{{{.......))))))}})))))))).)))}(((.((((((((((({{((,,,.....,,,..,.))},....(((((.....((((((....))))))....))))),)))..))))).)))))).)))..............((((((({...}))))))).........((((((....))))))...)))))).))}.)))).))))))}...)}})),})))))}{{|||,|||||||||||||,||||,((((((({,,.(((((,,{|||||{|,.{{.|{{{,.{{,.{{{{{{{,,,{{((,.,............}||,,......,,.((((((................))))))............,{,,,.,,,,.,|,,,,,,,||||,,,,}))))}|||},,(((((,.,{..(((((((.(((((((((.((({.........)).)).))))..)))))...))))))).}))))))..,))).|}||||||}.,},}}}..||||||,.{{{{||...((((((.......))))))...,}|||},||||..(((((((..((((((((.((((((.((((((((((((((((..((((....))))((((((.((((((((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((.,((......,,,...........||||......{{{(((({(((((,,,...((((((((......((((((((({((..................,,........))))))))))))))))))),,.})))}}).))))))),,..,..,,|.,,,,|||,.,,,,..,{,,|||...))))))|{{({..,((((((.{({....}))...))))))||}}}},||..||||,||.......,)}}}}.)))),..))))..))))))))))))))))))))))))))))))).((((((((.((((......))))))))))))....)))).)))))))))))))).)))))).)))))))))))))))).))))))...))))))))..))))))).,)))}}|||,,,,,},,,.}}),)))}})|}}}))}))}}}}..}}}}.|}.}}}}}}}}|{{({,,((({,.,,,{,..{{{,|.,|,,||.,...|||}|,|||,,,}}}}}}}}.,...))).)))))))))))),}}}},|{{(.,,,.....))}}((((((((............)))))))))))))}..})))))}).)))}}}}}..}}))))}})).},,})},},}}},||,,,})}}))),,..},.}))))}))),))||,||}}|||{{|,}.,))))}..}}}}}.,,(((({,,,.,{.(((((.(((........)))))))),,.|||||{.,.,|,..,,,,,.........}},.))}}}}))}))).,.,{|||||||,,||}}}}}},...,,,,,,|..||||...|||...,,,,,))}.})))).|,|{((.(((((((.,,,.{{{{...})}},,))))))).))}}.....,..,,,,,.,}}}}))|{{((({{,((((({...}}}}}}.|}}}},},...}}}|||}}}}.,||,...},}}},.,,........,||||,{((((((....({{.((((((.,{,,,{{{{..{{{{,.{({{({....))).)))|((((......))))},}}}}|||||,,,.}})))}.|||,.}))))}},,},.||||,}},,,...,}})}},}}}}))))||||{||{{{..,,,}|||{{{||||,|{{|||{,,.,|......},))))))}.,,,,.}}}}}}}}.,)))))))),,}},,,}||||,.{{{{({..........})))))..}}}),})),,,,.
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_152608.4 | AGAGAGGCUUGAGGUUCGGGUAGUCGGUGACAUGGCGGAGGCCGCGGCG… | 3987 nt | 0.4103 |
Summary
Enables damaged DNA binding activity and snoRNA binding activity. Involved in several processes, including cellular response to UV; gene expression; and mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling. Located in several cellular components, including Golgi apparatus; cytosol; and nuclear speck. [provided by Alliance of Genome Resources, Jul 2025]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
