Basic Information
Symbol
SEMG1
RNA Class
mRNA
Alias
semenogelin 1
CT103
semen coagulating protein
cancer/testis antigen 103
semenogelin I
SEMG
SGI
dJ172H20.2
semenogelin-1
SgI-29
Semenogelin-1
Cancer/testis antigen 103
Semenogelin I
Location (GRCh38)
20:45207033-45210605
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_003007.5
Sequence length
1622 nt
GC Content
0.4118
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-362.1 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-392.89 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
445.26
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......(.(((((((((.(((((((.(.....).))))))).....................))))))))).)((((((..(((((((((....((((((..(((.(((((((((((((..(((((........((((((((..(((....(((((........(((.((((.....((((......((((((..(....)..)))))).(((((...(((....)))...)))))))))..((........)))))).))).((((((......))))))....)))))......((........)).........)))..))))))))......(((((................))))).((((.(((....)))...))))...)))))..)))))))..........(((((((((.((((((((.((((.........((((.((.((((..(((......))))))).))))))((((((.......))))))......((((((((.(((.((((((((((.....(((.(((......)))..((((.((((((.(..................((..........))(((((((((((.((...)).)))))..)))))).............((((((........))))))........((((((..((((.....))))......(((.((((.....................)))).)))))))))).))))))))))..)))....)))))))))).)).).)))))))).)))).)))))))).(((((.............................((((......))))..........(((....)))...................(((((..((((.(((((.......(((((...)))))....(((.(((((......))))).)))...((((............))))..((((..((.....))...)))).......(((...........)))....((....))...(((....)))...................)))))..)))).))))).......(((((...)))))....(((.(((((......))))).)))...((((............))))....)))))..(((((...(((....(((((((.((((((((..((((.(((.(((((...(((((....(((......((.((((......((((....)))).....))))))..(((....)))........)))..))))).))))).)))((((((((.(((.((...............((((((.((.(((((((..((((.(((((((....((........)).......(((((.(((((((.....((((....))))...)))))))..)))))............))))))).)))).))).......)))).)).))))))..)).))).))))))))..))))..)))..))))))).))))))))....)))))...)))))))))......)))))).......)))..)))))).....))))).........))))...))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
......({{,..||,{(((((((((.{.....}.))))))}}}}........{{{{.{{{...,,}))),)}}|((({(.{((({((((({.....((({{{((,...,{,,|||||||..(((,,....|{|.,{{(((,,..|||....,|||{...,,...,{{,||{{.....{{{,......{(((((..,....,,,)))))}.{{{{{...,,,....,}|..,)))}}}))}..}},}},,,,.,.)))),}},.((((((......))))))....}}}}}......,.........}}.....|,..|||..}|))}})},.....{{|||.............,,,|||}}.((((.(((....)))...))))...,,,,,.{||||},,.}}}.||...{{((((({,.((((((((.((((.........((((.((.((((..(((......)))))))})}))))((((((.......))))))......((((((((.{((.((((((((((.....{((..,{......}))..((((.((((((.(.....{{,,,....,..,({.....,,...}}{(((({(((((,{,...,).}))))..}})))).............((((((........))))))........{(((({..((({.....)))).,.,{{(((.{,{{.,,...........,,.,...})))})))))))))).))))))))))..,,,....)))))))))).)).).)))))))).)))).)))))))).||.,,......|,{{,,{{.....,,........((((......))))........}}(((....)))...................(((((.......))))}.......(((({...}))))....{((.(((((......))))).)))...({{{............}}))..({((..(({{.{{|,.,{{{{|,....,,{{..,,,..,,.,.||{....((....))...(((....)))...........,,{,,{,.(((((,,||..,||}|,.......|||||,,.))))),...|||}|||{{......|||}}.}}}..{{{{{,{,,.,.{{,..||||....||}}}}.{{,||,..((({....,,{|||}{(({{{((({..{{.{({,(((((...(((((....(((....,{{(.((((,.....((((....))))...,.})))},.}||,,,..}}........,)))..))))}.))))).}))|,|||||}}}||}||,||||.........{(,{{{,{(({(,,..,.}}|||,,||{||,,..,,||,,......|,,......(((((.(((((((.....((((....))))...)))))))..))))),{{........}))}}}}},})}},}|||,}}.,.)))},})}))}})),,|}},)),))))))))).,)))).)))}})))}}}}.}||,}},,.,,,}}))),..))))))))),..,{{{(||,,,,,},,,})}||})))))}....,},,.....|||{|,,..,,}))))))..
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_003007.5 | AGACAAGGUUUUCCAAGCAAGAUGAAGCCCAACAUCAUCUUUGUACUUU… | 1622 nt | 0.4118 |
| NM_198139.1 | AGACAAGGUUUUCCAAGCAAGAUGAAGCCCAACAUCAUCUUUGUACUUU… | 1469 nt | 0.4064 |
Summary
The protein encoded by this gene is the predominant protein in semen. The encoded secreted protein is involved in the formation of a gel matrix that encases ejaculated spermatozoa. This preproprotein is proteolytically processed by the prostate-specific antigen (PSA) protease to generate multiple peptide products that exhibit distinct functions. One of these peptides, SgI-29, is an antimicrobial peptide with antibacterial activity. This proteolysis process also breaks down the gel matrix and allows the spermatozoa to move more freely. This gene and another similar semenogelin gene are present in a gene cluster on chromosome 20. [provided by RefSeq, Feb 2016]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
