Basic Information

Symbol
SEMG2
RNA Class
mRNA
Alias
semenogelin 2 SGII semenogelin II semenogelin-2 Semenogelin-2 Semenogelin II
Location (GRCh38)
10:79610412-79616115 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_003008.3
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_003008.3
Sequence length
1978 nt
GC Content
0.4014

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-421.5 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -460.32 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 469.04
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((............(((((....(((.((((((((.((.(.(((.(((..(((....))).))).))).).)).)))))))).)))))))).....((((..((((((.(.(((...........))).).))).)))...))))...(((.(((((((........................)))))))..)))((((((.((((.........((.((((.((.((..(((((.(((((((((........))).......((((((...((((........))))...)))))).............((((((((......(((((...((......))...))))).((((.(((....)))...))))))))))))(((((........))))).....(((...((((((((.((((......(((((((.((.((((..(((......))))))).)).)))))))....((((....(((.......)))....)))).((((((((((.....(((.........((.((((...)))).)).......((.((((((..((.((..........)).)).))))))))....(((((.....((.(((....))).))...((((((........)))))).........((......))....(((((((.((.((((.(.....).)))).)).)))))))..))))).......((((.......).))))))....))))))))))...............)))).)))))))))))....................................)))))).))))).....((((((....))).)))...............(((((.......))))).......(((((...)))))....)))).)))))).((((((..((...))..))))))..........)))).))))))(((.(((............))).)))....((((((((..((.((......((((((((........................(((((.......)))))......((((.(((((.((((...(((((((......)))))..))...(.(((((((((..((......))...).)))))).)).)..((((........((((.((.(((((.((((.(((....))).))))....))))).........)).))))..(((((.......))))).)))).)))).))))).))))...((((((((......))))))))...(.((((((((((.((......))..)).)))))).)).)..((((....((.(((........))).))..)))).......))))))))........................(((((.......))))).....))))..)))))))).))))))....((((((.((((.(((((...(((((.((((..........)))).))).)).(((((............((((((.....(((........))).....))))))....((((((..((((...((((....((((((..........((.(((.......))).)).........)))))).....))))....((((((...(((......)))..))))))((((((.((((((..(((..............(((((.....(((.(((.............))).))).....)))))))).)))))).........((((......))))..(((((((.((((((.((..(.(((((.....(((((...)))))))))).)..)).))))((((....)))).....)).))))))).......)))))))))))))))).((((((........)))))))))))..............)))))))))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..,.,{{{{{.,,({{({(({.((({{,,..(((.((((((((.((,(,(((.(({.,({,.,,.}}}.,)),))}.}.)).)))))))).)))})))}.....((((..((((((.(.(((...........))).).))).))}...)))).,,.{,.{((((((........................))))))),,,||{(((((.,,,...........,,{||,.,..{{..(((((.(((((((((........))).......((((((...((((........))))...)))))).........,,.{(((,,,{{......(((((...{{......,,...))))).((((.(((....)))...)))).,|||},,(((((.{,...,,)))))...,|{{{...((((((((.((((......(((((((.((.((((..(((......))))))).)).)))))))......,,..{{{.....,,.,||((((,,{((.((((((((((.....{({...,.....{{||{{(,.,}|||,||,,.....{{,,{{{{,..,{{(({,..,,....},.}}.}|||||,|....||.||,,,,.|{.(({....,}}.,}...((((((........)))))).........((......))....(((((((.((.((((.(.....).)))).)).}))))))..,,,,..,,,.,,{|||,,.....,.}}}},}....)))))))))).)).}.))))).,,.)))).))))))))))}.,,.....,,..,......,,,,,|,.......,,,)))))).))))).||,,{{{(((.,,.||}.,,,..............,(((((..,....||||}..,,,..||||{...|}|}}....,.|}||||{,,.,,,|||.,{{...}},.}}}}}|||.||.....})}}|}}},,.{{{.(((............}}}.}}}....{{{{{{{{..,{.{{..,,..{(((((({..{{................,}..(((((.......)))))..,,,.((((.(((((.((((...(((((((......)))))..))...(.(((((((({..{{......}..,,}.)))))).)).)..((({........((((.((.(((((.((((.(((....))).))))....))))}.........)).))))..(((((.......))))).}}}}.)))).))))).))))...((((((((......))))))))...(.((((((((((.({......)}..))))))))).)).)..||||....{(.(((........))).)}..,},,.......))))))))..,|.........,|||.,.,,..(((((.......)))))..,,.)))),,}))}))}},||||||,...(({({{{({{(.{{{{{...||{||.{{||,,,,,.....)))}.))},||,(((((,....,,.....((((((.....(((........))).....))))))....{(((({..{(({,.,({((,...((((((..........((.(((.......))).)).........)))))).....}}}|....((((((...(((......)))..)))))).{(({{,{{{|||...,,.,,.{{{{{,,...,,,{,....,|||,,{{.,...........))).),),,,..))))||||.}}}}}}...,,....|{((,,,,..}}}}..(({((({.(({{{({(({.{,,(((...,}|,||{|}},)})),,)))},},.}},)))}{{{|...,}))),}},,)).)))))))......}))}))))))))))))).((((((........))))))}}}}}..............)))))))))))}))),...

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_003008.3 AAGAUUUUUCAAGCAAGAUGAAGUCCAUCAUCCUCUUUGUCCUUUCCCU… 1978 nt 0.4014
Summary

The secreted protein encoded by this gene is involved in the formation of a gel matrix that encases ejaculated spermatozoa. Proteolysis by the prostate-specific antigen (PSA) breaks down the gel matrix and allows the spermatozoa to move more freely. The encoded protein is found in lesser abundance than a similar semenogelin protein. An antibacterial activity has been found for a antimicrobial peptide isolated from this protein. The genes encoding these two semenogelin proteins are found in a cluster on chromosome 20. [provided by RefSeq, Jan 2015]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image