Basic Information
Symbol
ATP2A1
RNA Class
mRNA
Alias
ATPase sarcoplasmic/endoplasmic reticulum Ca2+ transporting 1
SERCA1
sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
calcium pump 1
ATPase, Ca++ transporting, cardiac muscle, fast twitch 1
ATP2A
SR Ca(2+)-ATPase 1
endoplasmic reticulum class 1/2 Ca(2+) ATPase
Sarcoplasmic/endoplasmic reticulum calcium ATPase 1
Calcium pump 1
Calcium-transporting ATPase sarcoplasmic reticulum type, fast twitch skeletal muscle isoform
Endoplasmic reticulum class 1/2 Ca(2+) ATPase
EC 7.2.2.10
EC 3.6.3.8
EC 3.6.3
Location (GRCh38)
16:28878405-28904466
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_004320.6
Sequence length
3493 nt
GC Content
0.5855
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1373.2 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1431.81 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
773.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001286075.2 | GUGGCGGGAAAGCGCGGCGGUGUGAUGAUGACUCCAAGGAGCCCGGCGC… | 3142 nt | 0.5875 |
| NM_004320.6 | GGCCGGCUGCUCAAGUGGGACGGGGGUCAGAGCUUUGUGGAGGGAAGAA… | 3493 nt | 0.5855 |
| NM_173201.5 | GGCCGGCUGCUCAAGUGGGACGGGGGUCAGAGCUUUGUGGAGGGAAGAA… | 3451 nt | 0.5856 |
Summary
This gene encodes one of the SERCA Ca(2+)-ATPases, which are intracellular pumps located in the sarcoplasmic or endoplasmic reticula of muscle cells. This enzyme catalyzes the hydrolysis of ATP coupled with the translocation of calcium from the cytosol to the sarcoplasmic reticulum lumen, and is involved in muscular excitation and contraction. Mutations in this gene cause some autosomal recessive forms of Brody disease, characterized by increasing impairment of muscular relaxation during exercise. Alternative splicing results in three transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Oct 2013]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
