Basic Information
Symbol
SETDB1
RNA Class
mRNA
Alias
SET domain bifurcated histone lysine methyltransferase 1
KG1T
KIAA0067
ESET
KMT1E
TDRD21
tudor domain containing 21
SET domain, bifurcated 1
SET domain bifurcated 1
H3-K9-HMTase4
histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
ERG-associated protein with a SET domain, ESET
histone H3-K9 methyltransferase 4
histone-lysine N-methyltransferase, H3lysine-9 specific 4
lysine N-methyltransferase 1E
Histone-lysine N-methyltransferase SETDB1
ERG-associated protein with SET domain
Histone H3-K9 methyltransferase 4
H3-K9-HMTase 4
Lysine N-methyltransferase 1E
EC 2.1.1.366
EC 2.1.1.43
Location (GRCh38)
1:150926263-150964744
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_001366418.1
Sequence length
4418 nt
GC Content
0.5084
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1473.2 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1552.88 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1239.65
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001393966.1 | GUUUCUUUUGCUUCCCCUUCCCUCUUUCACGCUUCCUCCCCUCCCCCUC… | 1518 nt | 0.4769 |
| NM_001393967.1 | GUUUCUUUUGCUUCCCCUUCCCUCUUUCACGCUUCCUCCCCUCCCCCUC… | 1316 nt | 0.4764 |
| NM_001393968.1 | AGUUUUCGUCGCCUCUGAGGGGCGCCCCGCGGCUUUGGAUUUGACCCCG… | 1247 nt | 0.4763 |
| NM_012432.4 | GUUUCUUUUGCUUCCCCUUCCCUCUUUCACGCUUCCUCCCCUCCCCCUC… | 4412 nt | 0.5086 |
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Summary
This gene encodes a histone methyltransferase which regulates histone methylation, gene silencing, and transcriptional repression. This gene has been identified as a target for treatment in Huntington Disease, given that gene silencing and transcription dysfunction likely play a role in the disease pathogenesis. Alternatively spliced transcript variants of this gene have been described.[provided by RefSeq, Jun 2011]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
