Basic Information

Symbol
SETDB2
RNA Class
mRNA
Alias
SET domain bifurcated histone lysine methyltransferase 2 CLLD8 CLLL8 KMT1F chromosome 13 open reading frame 4 SET domain, bifurcated 2 SET domain bifurcated 2 C13orf4 histone-lysine N-methyltransferase SETDB2 chronic lymphocytic leukemia deletion region gene 8 protein lysine N-methyltransferase 1F Histone-lysine N-methyltransferase SETDB2 Chronic lymphocytic leukemia deletion region gene 8 protein Lysine N-methyltransferase 1F EC 2.1.1.366

Secondary Structure

MANE Select
NM_001160308.3
Sequence length
6203 nt
GC Content
0.4029

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1707.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1822.77 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1571.92
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
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NM_001320699.2 GGAGGUUACGCCUUCCCUCAUCCCCGGUAGAGGCAGGGCGGGACUGUUG… 5882 nt 0.4087
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NM_001393979.1 GGAGGUUACGCCUUCCCUCAUCCCCGGUAGAGGCAGGGCGGGACUGUUG… 2623 nt 0.4278
NM_001393980.1 GGAGGUUACGCCUUCCCUCAUCCCCGGUAGAGGCAGGGCGGGACUGUUG… 2266 nt 0.4457
NM_031915.3 GGAGGUUACGCCUUCCCUCAUCCCCGGUAGAGGCAGGGCGGGACUGUUG… 6239 nt 0.4033
Summary

This gene encodes a member of a family of proteins that contain a methyl-CpG-binding domain (MBD) and a SET domain and function as histone methyltransferases. This protein is recruited to heterochromatin and plays a role in the regulation of chromosome segregation. This region is commonly deleted in chronic lymphocytic leukemia. Naturally-occuring readthrough transcription occurs from this gene to the downstream PHF11 (PHD finger protein 11) gene. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Mar 2016]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image