Basic Information
Symbol
SETDB2
RNA Class
mRNA
Alias
SET domain bifurcated histone lysine methyltransferase 2
CLLD8
CLLL8
KMT1F
chromosome 13 open reading frame 4
SET domain, bifurcated 2
SET domain bifurcated 2
C13orf4
histone-lysine N-methyltransferase SETDB2
chronic lymphocytic leukemia deletion region gene 8 protein
lysine N-methyltransferase 1F
Histone-lysine N-methyltransferase SETDB2
Chronic lymphocytic leukemia deletion region gene 8 protein
Lysine N-methyltransferase 1F
EC 2.1.1.366
Location (GRCh38)
13:49443794-49495003
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_001160308.3
Sequence length
6203 nt
GC Content
0.4029
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1707.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1822.77 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1571.92
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001160308.3 | GGAGGUUACGCCUUCCCUCAUCCCCGGUAGAGGCAGGGCGGGACUGUUG… | 6203 nt | 0.4029 |
| NM_001320699.2 | GGAGGUUACGCCUUCCCUCAUCCCCGGUAGAGGCAGGGCGGGACUGUUG… | 5882 nt | 0.4087 |
| NM_001393975.1 | GGAGGUUACGCCUUCCCUCAUCCCCGGUAGAGGCAGGGCGGGACUGUUG… | 5846 nt | 0.4083 |
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| NM_031915.3 | GGAGGUUACGCCUUCCCUCAUCCCCGGUAGAGGCAGGGCGGGACUGUUG… | 6239 nt | 0.4033 |
Summary
This gene encodes a member of a family of proteins that contain a methyl-CpG-binding domain (MBD) and a SET domain and function as histone methyltransferases. This protein is recruited to heterochromatin and plays a role in the regulation of chromosome segregation. This region is commonly deleted in chronic lymphocytic leukemia. Naturally-occuring readthrough transcription occurs from this gene to the downstream PHF11 (PHD finger protein 11) gene. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Mar 2016]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
