Basic Information

Symbol
SFTPA1
RNA Class
mRNA
Alias
surfactant protein A1 SP-A SP-A1 COLEC4 surfactant, pulmonary-associated protein A1A surfactant, pulmonary-associated protein A1 ILD1 PSAP PSP-A PSPA SFTP1 SFTPA1B SP-A1 beta SP-A1 delta SP-A1 epsilon SP-A1 gamma SPA SPA1 pulmonary surfactant-associated protein A1 35 kDa pulmonary surfactant-associated protein alveolar proteinosis protein collectin-4 surfactant protein A1B surfactant, pulmonary-associated protein A1B SFTPA Pulmonary surfactant-associated protein A1 Alveolar proteinosis protein Collectin-4
Location (GRCh38)
10:79610412-79616115 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001093770.3
BLAST PRIMER
NM_001164644.2
BLAST PRIMER
NM_001164645.2
BLAST PRIMER
NM_001164646.2
BLAST PRIMER
NM_001164647.1
BLAST PRIMER
NM_005411.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_005411.5
Sequence length
2215 nt
GC Content
0.5242

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-792.5 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -831.21 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 629.37
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001093770.3 GACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGCCUGG… 2216 nt 0.5284
NM_001164644.2 GACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGGUCGC… 2186 nt 0.5233
NM_001164645.2 GACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGCAGCC… 2072 nt 0.5203
NM_001164646.2 GACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGGUCGC… 2080 nt 0.5144
NM_001164647.1 GACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGGAGCA… 2159 nt 0.5220
NM_005411.5 GACUUGGAGGCAGAGACCCAAGCAGCUGGAGGCUCUGUGUGUGGGUCGC… 2215 nt 0.5242
Summary

This gene encodes a lung surfactant protein that is a member of a subfamily of C-type lectins called collectins. The encoded protein binds specific carbohydrate moieties found on lipids and on the surface of microorganisms. This protein plays an essential role in surfactant homeostasis and in the defense against respiratory pathogens. Mutations in this gene are associated with idiopathic pulmonary fibrosis. Alternate splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, May 2010]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image