Basic Information
Symbol
SFTPB
RNA Class
mRNA
Alias
surfactant protein B
SP-B
surfactant, pulmonary-associated protein B
PSP-B
SFTB3
SFTP3
SMDP1
pulmonary surfactant-associated protein B
18 kDa pulmonary-surfactant protein
6 kDa protein
pulmonary surfactant-associated proteolipid SPL(Phe)
Pulmonary surfactant-associated protein B
Pulmonary surfactant-associated proteolipid SPL(Phe)
Location (GRCh38)
2:85655154-85668741
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_000542.5
Sequence length
3550 nt
GC Content
0.5330
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1209.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1269.83 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
962.62
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_000542.5 | AGGCUGCAGAGGUGCCAUGGCUGAGUCACACCUGCUGCAGUGGCUGCUG… | 3550 nt | 0.5330 |
| NM_001367281.1 | AGGCUGCAGAGGUGCCAUGGCUGAGUCACACCUGCUGCAGUGGCUGCUG… | 2567 nt | 0.5333 |
| NM_198843.3 | UGUAAAUGCUCUUCUGACUAAUGCAAACCAUGUGUCCAUAGAACCAGAA… | 2850 nt | 0.5386 |
Summary
This gene encodes the pulmonary-associated surfactant protein B (SPB), an amphipathic surfactant protein essential for lung function and homeostasis after birth. Pulmonary surfactant is a surface-active lipoprotein complex composed of 90% lipids and 10% proteins which include plasma proteins and apolipoproteins SPA, SPB, SPC and SPD. The surfactant is secreted by the alveolar cells of the lung and maintains the stability of pulmonary tissue by reducing the surface tension of fluids that coat the lung. The SPB enhances the rate of spreading and increases the stability of surfactant monolayers in vitro. Multiple mutations in this gene have been identified, which cause pulmonary surfactant metabolism dysfunction type 1, also called pulmonary alveolar proteinosis due to surfactant protein B deficiency, and are associated with fatal respiratory distress in the neonatal period. Alternatively spliced transcript variants encoding the same protein have been identified.[provided by RefSeq, Feb 2010]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
