Basic Information
Symbol
ATP6V0B
RNA Class
mRNA
Alias
ATPase H+ transporting V0 subunit b
VMA16
HATPL
V-ATPase subunit b
ATPase, H+ transporting, lysosomal (vacuolar proton pump) 21kD
ATPase, H+ transporting, lysosomal 21kDa, V0 subunit c''
ATPase, H+ transporting, lysosomal 21kDa, V0 subunit b
ATP6F
V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''
ATPase, H+ transporting, lysosomal, 21-KD, V0 subunit C-prime, prime
ATPase, H+ transporting, lysosomal, subunit F
H(+)-transporting two-sector ATPase, subunit F
V-ATPase 21 kDa proteolipid subunit
V-ATPase 21 kDa proteolipid subunit c''
V-ATPase subunit c''
V-type proton ATPase 21 kDa proteolipid subunit
vacuolar ATP synthase 21 kDa proteolipid subunit
vacuolar proton pump 21 kDa proteolipid subunit
vacuolar proton pump 21 kDa proteolipid subunit c''
Vacuolar proton pump 21 kDa proteolipid subunit c''
hATPL
Location (GRCh38)
1:43974487-43978295
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_004047.5
Sequence length
987 nt
GC Content
0.5816
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-406.3 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-425.13 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
305.83
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((.((((((((((..((((((..((.......)))))))).)))))).))))...))))).(((.(.(((((...(((((((.(((((..((((....(((.((((..((((((((...)))))...)))..)))).))))))).)))))...((....))..(((((...((((..(((.(.(((..((((((....))).)))..)))).))).))))))))).((((((....))))))......))))))).))))).).)))..((((((((.((..........(((((((((((...)))))))))))))..).))))))).....(((((......)))))...........(((.((((((..((((((.....((......(((((....)))))..))...)))))).)))))).)))(((.((.(((((((((((((..(((...(((..((((..((.(((((((((((....))))).))))))))..))))..)))...............((((.(((..(((((((((.(((((((...)))))))....)))))))))......))).))))((((((((((.(((......))))))))).)))).)))..))))))...)))))))...)).)))......(((((..((((((.((((((((((((((((.(((((.(((.(((((((((...))))))))).))).))))))))))).....((((((((....))..))))))..((((((...)))))).((.((.(((((....))))).)).))(((...((((((((((........))))).)))))..)))..(((......(((.((((((((((.(((.((.((((.(.....))))).)))))))))).)))))))).......))).))))))))))))...((((((...)))))))))).....))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((({(((((.((((((((((..((((((..((.......))}))))).))))))}})))...))))),,((((({,,,,..,|||||((|(((({,.(({{..,,((({((((..{({(((({...)))}}.,,)}},,)))),|||||||,||}||...{{....}}..,{{{{|,.||||..(((.(.(((..((((((....)))},))..)))).))).}}))}}}},.((((((..,{|||||||,,...}}},|||,|}||||||||}.,((((((({.,{..........(((((((((((...)))))))))))}},,)})))}))).....(((((......))))),,,,.,.....,,({({{((({(((({,{,||,|{{.{{{{{{((((..,,|},,|{{||...}}})))))))),,.}}}})))}}}|{|{({{{(((({..||||...||.....(((((((({{.,{((((({...(((((.(((((......))))).)}}...)},,....))))))))))))))),,,|||.(((((((...))))))),}}})))))),}}}.....,,||}....{{{((((({{(((......)))))))))}})}|{|}|..||||||,..})))))),..},|}}......,(({{(..{{{{{{.((((((((((((((((.(((((.(((.(((((((((...))))))))).))).))))))))))}.....((((((((....))}}}}))))..{(((({...||||}}.((.((.(((((....))))).)).}}|||,..((((((((((........))))).)))))..})),.{{{......(((.((((((((((.(((.((.((((.{.....})))).)))))))))).)))))))).......,}}.))))))))))}}...((((((...))))))}))).....))))))))).
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001039457.3 | AGACUGCGGGACGGACGGUGGACGCUGGGACGCGUUUGUAGCUCCGGCC… | 938 nt | 0.5874 |
| NM_001294333.2 | AGACUGCGGGACGGACGGUGGACGCUGGGACGCGUUUGUAGCUCCGGCC… | 1751 nt | 0.5277 |
| NM_004047.5 | AGACUGCGGGACGGACGGUGGACGCUGGGACGCGUUUGUAGCUCCGGCC… | 987 nt | 0.5816 |
Summary
This gene encodes a portion of the V0 domain of vacuolar ATPase (V-ATPase), a multisubunit enzyme that mediates acidification of eukaryotic intracellular organelles. Activity of this enzyme is necessary for such varied processes as protein sorting, zymogen activation, receptor-mediated endocytosis, and synaptic vesicle proton gradient generation. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Jun 2014]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
