Basic Information
Symbol
SHKBP1
RNA Class
mRNA
Alias
SH3KBP1 binding protein 1
PP203
Sb1
SH3KBP1-binding protein 1
SETA-binding protein 1
SB1
Location (GRCh38)
19:40576844-40591399
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_138392.4
Sequence length
2341 nt
GC Content
0.6232
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-999.4 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1036.67 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
558.75
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((....)))))))..((((((((..(((....((((.(((((((((..((((((((((....))))))))))((((((((((((((....))))((((((((..............))))))))..)))).)).))))(((((..((((((((((.(((.((....))))).))).....(((((.((((...((((((.((((((......((((.((..(((.....((.((...((((((.....(((((((..((.....))..)))))))......))))))...)).)).....)))..)).))))((((((......)))))).....)))))))))))).....)))).)))))))))))))))))..(((......)))..(((((((((....((((.((.(((((...((.((....)).))..))))))))))).((...((((....))))....))....)))))))))(((((((((((.(((((((.(((......))).)).....(((((....((((((((((.((((((((.((((((.(((....(((((((((..((((((((....))))))).)..)))))....(((((((((((....)))))...((((((..((((.((......)))))).))))))..((((.(((((......))))).))))(((..(((((......)))))..)))((((((((.(((........(((.((((.(((((.(((((((((.(((((((((..(((((.....((((((((.((((((....))))))(((((.(....))))))..((.(((((((((((..(((.((.((((((......))))))..)).))).....))))))))))).))....)))).)))).......)))))..))).....)))).))..)))).))))).)))))..)))))))..........))).))))))))))))))((((((...((((((.....((((..((((((.((((((..((((((((((.((.....(((((.......))))))))))))....((((..((.((.((...(((((........)))))..)).))..))..))))))))).)))))).)))))).)))).((((.((((.((.((........))...)))))).)))))))))).........(((...)))..((((((.(((.((((((((....)))))).)).))).))).))))))))).))))......))).))))).).)))...).)).))))))))))))..)))))(((((((((.((((..(((...(((...(((.((((((((.((.(......)))))).))))).))))))...)))))))))))))))).((((...((((.((.((.....................)).)).)))).))))))))))))..)))).)))))))))))))))))....)).)..)))))))).(((((((.((((.((.((.....)).)).))).((((((((.((((((((..((...((.......))....))....))))))))(((((((((((((((.(((((..(((((.((((..........))))))))))))))))))))))...(((..((((.(((.((.....))))))))).))))))))))((((((((((((........))))))))).)))(((((((....(((((((((..((((((((((.(((.(((((.(((((((.((((((((..(((((((((((...(((((....(((.((((((((...))))))))...))).........(((((((......)))))))...................))))).)))).)))).)))..))......)))..))).)))))))))))).)))...((.....)).)))))))))).....))))))))).((((((.((....)).)))))).(((...((((..(((.((((((((((.(.((.((((((.............)))))).))..).))))).)))...)).))).)))))))(((((.((((..........)))).)))))......((((..(((((....((..((((.(((((((((((((((((.(((((......))))).)))).((((...))))...))))))))))))).)))).)).....)))))..))))...)))))))))))))))...((((..(((..................)))..)))).))))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((....)))))))..((((((((,,{((....((((.((((((((({.((((((((((....)))))))))){(((((((({,{((.,..}}},(((((((({.{(({........,)))),))}.,,})}))})}|}(((((..(((((({{{{.{({{{(,,..}}))}.)))....,(((((.((((...((((({{((((((......,,,,.{{..((({{{..,,.((...((((((..,,.{((((((..((.....}}..))))))),.....))))))...))}))}}}.,,,,..,,.,|||{(((((......)))))),,...)))))))))))).....)))).)))))))))))))))))..,,{||....)))..{{|||{{{,....((((.{(,(((((...((.((....)).))..)))))))))))|((...|||,.,.,||||.,,.}}.|||,|}}|||||({{{{{{{|{|,||{{|{{,(({......}))})}.....(((((....((((((((((.((({{{,,.{{|||,.{||....,||,(((((..((((((((....))))))).)..))))).||{{(((,((((((....)))))}....{(({..((((.(((((...((((((((({.(((.((((.(((((......))))).)))).))){((((((((,.{((((..{(((({((.({{(((((((({..,..{(({,(((,,.|||||}|.,,..,)})})),||,,|||||{....{{{,...,((((((....))))))|((,({({{.{||,,,,..)))))},}),,)),|{.((((((((((((,.....(..((((((((({,(((((.,((((((..((({(((({{({,...|||},|.(((.....)}},}}}))).))))))(((((((.(.(((((((..(((((......,,..||({((({{{((((((.({.((((.(({.......})).).))).,)).,,..}},)))))))))))}}....)))))})))}.....)).).))))))).......})))).,.}.)))))))))..}..{((((||{|{..(({......))).)}).},).))))).,)))))))))))).}}..})))....})))))..},}.}}})}..}}}))))..))))}.,,,,..,,,},..})))))))))..{(({(({((((,,...,)}))),)).))))))))))).)).....))))).)))),}.))))}.,.,,}...)}))})))))))))))),.)))))(((((((((.((((..(((...(((,..(((.((((((((.(,,{......)))))).))))).))))))...)))))))))))))))).{(((,,,({{(,((,((,,..,,,....,,.......,)}.}},))}}.))))))))))}}.,)))}.)))))))))))))))))....)).),.)))))))).(((((((.{(((.{{,{,,....}|,},.|||,((((((((,((((((((..{(...((.......))....,,....))))))))|((((((((((((((.(((((..(((((.((((.......}..))))))))))))))))))))))...(((..((((.(((.((,...,))))))))).)))))))))}((((((((((((........))))))))).)))(((((((..,.(((((((((.{((((((((((.(((.(((((.(((((((.((((((((..(((((((((((...(((((....(((.((((((((...))))))))...))).........(((((((......)))))))...................))))).)))).))))}}))..)}.....,)))..))).)))))))))))).)))...((.....)).)))))))))),,...))))))))),((((((.((....)).)))))).(((...((((.,(((,({((((((((.{.((.((((((.............)))))).))..).))))).))),}})).}}).)))))))(((((.((((.,....,...)))).)))))......((({..(((((....((..((((.(((((((((((((((((.(((((......))))).)))}.{(((...)))}...))))))))))))).)))).)).....)))))..})))...))))))))))))))}...,,,,..|||,.,............,..},,..,,,}..)))))))....
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_138392.4 | GCGGGCCAGCCGGCUCGCCCGGGGGCCAUGGCAGCAGCGGCUACUGCAG… | 2341 nt | 0.6232 |
Summary
Enables identical protein binding activity. Predicted to be involved in positive regulation of epidermal growth factor receptor signaling pathway. Predicted to be located in lysosome. [provided by Alliance of Genome Resources, Nov 2024]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
