Basic Information

Symbol
SIAE
RNA Class
mRNA
Alias
sialic acid acetylesterase CSE-C MGC87009 LSE sialic acid-specific acetylesterase II Ysg2 homolog (mouse) AIS6 CSEC YSG2 sialate O-acetylesterase H-Lse cytosolic sialic acid 9-O-acetylesterase homolog Sialate O-acetylesterase Sialic acid-specific 9-O-acetylesterase EC 3.1.1.53
Location (GRCh38)
11:124633113-124695707 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001199922.2
BLAST PRIMER
NM_018978.1
BLAST PRIMER
NM_170601.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_170601.5
Sequence length
5441 nt
GC Content
0.4144

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1503.1 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1607.88 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1419.95
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((((((((..((.(((((...(((.(((((((((((.(((((((((..(((.......))).......((((......)))).))))))))).))))...((..(((((..(((..((((....))))...)))..)))))..))((((....)))).((.((.((.((((((((.....)))))))).)))).))))))))).)))..))))))).((((((((.((((.(((((((((.(((.((((....)))).)))....((((((.((((....(((..((..(((((.(((.(.((.(((((((((..((......)).)))))))))...............((((((((((((((((((((((...((((((((((((((((..((((((...(((((..((((....)))))))))...........(((((..(.((((((......(((((((((.....((((.(((((.((((((((((.............)))))).)))))).)))))))..))))))))))))))).).)))))....))))))..))))........)))..)))))))))....))).(((((((...))))))).....))))))))......))).))))).)))..........((((.(.(((((...(((((((((((........(.(((...(((((((.((((.(((.......((((((((((.((((.....)))).))...(((((((....))))..)))..((((..((((...))))..)))).((((((.((((........((((.((((.(((((....))))).)))).))))..(((((((((((.............((.(((..((((....))))...))).)).....((((((((.(((...(((((((((..((.(((...))).))......)))).)))))...))).(((((....)))))...))))).)))((((((.((.....)).))))))))))))))))).))))...))))))......((((.....(((...))).(((((.(((((((..........((((((((....))))))))((((((...))))))((((((....((((((((...((((((((..........(((((((....)))))))))))))))...)))))...)))...))))))((((((..((((((((((((((.(((((((((((.(((((..((((((.....)))))).))).))..))))...................(((.(((((((((((((.((........(((((......(((((((.(((......(((((((((.((((((((((((((((((.............((((..((((((((.....(((....)))..(((..(((((((((..........))...)))))))..)))((((((....((((((((...............(((.......)))..............))))))))...)))))).))))))))..)))).(((((.((((((((((.....((((...)))).....((...((((....))))..))(((((.((((......(((((.((((..(((......((((.(((((((((((((((((.....(((((((.........)))))))(((((.....)))))))))))..........(((((.(((.(((((..(((((((((..((((((((((.(((((((((((((((((.(((((((((((((((....((((.....)))).......(((......))).((((((.(((..........)))))))))..)))))))))........(((((.((((.(((.(......).))).)))).))))).........))))).).)))))))))).((((((((((.(((((...........((((((((.....((.(((.(((((.((((((....((..((..((((......)))).)).))...)))))).........(((((....)))))...((((((....((((((((((..............((((((((...(((((((...)))))))...(((((.(((...((((......))))))))))))....((((((((((.((((...((((((((((....((((...............)))).....)))))..)))))))))..)))))))))).....((((((...............))))))(((....)))..))))))))....))))))))))...)))))).........))))).))).)).((((((((((....))...))))))))...........)).))))))...........))))).)))))))))).)))).)))))))))))...))..)))))))))..))))).)))..))))))))))))))))..)))).........(((....))).........(.(((.((((........)))).)))..)..((((..........)))).(((((.((((((((..(((....)))..)))))))))))))..))))))))))))......)))).)))))......))).))))))))))))......))))...))).)))))))))))(((((((...(((((.(((....))))))))...)))))))..)))))))))....))).)))..((((((((...((((...(((..(((((....)))))..)))))))((((((((.((((....((((((((((((((((.(((((.(((((.(((((((((.(((((...))))).)))))....(((((((((...(((((....)))))...)))))))))(((((((((((((((((..((((((......((((((...(((.....))).))))))......))))))..)))...........))))))).))))))).......)))).))))).))))).)))))))))))))))).(((((.((........)))))))(((((.(((........))).)))))....((((((.((((...(((((((.................)))))))...))))..)))))).....((((((((((((((((.................(((((........((((.(((.((((..(((....))).))))..)))...))))......)))))........((((((((............))))))))....))))...................(((..(((....))).)))......))))))).)))))(((((..(((...((((((((((...((((.......(((.((....)).)))((((((((.((((........)))).))(((((..((((..(((....)))..)))))))))..(((((((((...(((((...((((..((.(((((..........))))))).)))).((((((....))))))......)))))..))))))))).(((((((((((....(((((((((((((((...............((((((((((((((.((((.....)))).))))).........)))..))))))..........((((((((((........))))..)))))).)))).))))..))))))))))....)))))))))))))).......))))...))))))))))...........)))..)))))...............)))).)))))).)).(((((((..((((((.............)))))).....)))).)))....))))))))...............(((.((((((((..((....))....)))).)))).))).........((((((((...)))))))).......((((.(((.....))).)))).))))......))))).....)).))))))))))))))))........(((((((.....).))))))..............((((((.((((...........)))).).))))).......)))))))))))))))))).)))...))))))))))))).)))))((..(((((.((..((((((((.(((((((((((((.((....)))).)))))))..))))))))...)))).)))))))..))..))))((((((..(....)..)))))).))))))))(((((....)))))(((((((((((((.(((....))).))))).....))))))))))).)))).)).....))))).))).)....))))))))))).(((((......)))))....)))))).))))...)).)))))))))...))..))).....)))).)))))).((((((...))))))..........((((((.(((((((.((((((...)))))).))).)))).))))))..........((((......)))))))..)))))).))))))))...))))....((((((..........))))))((((((...(((((...((((((...(((((((((((((((((((......((.((((((..........)))))).))(((((((((((((((..(......)..).)))))))))))))).............(((((.((((....)))))))))....))))).....))))))))....))))))..(((((((((((....))))))............)))))..................)))))).)))))...))))))...(((((.(((.((((...))))..))).)))))))))))))))((((....(((((..((((....(((((....)))))..))))...((.(((((((((((((((((((.((........)).)))).(((((.((((..(((.......(((((((..((((.......(..((((((..(((((.((((.............(((.(((((.((((......)))).))))))))........(((((((((((((((..((((..........)))).)))))))))))))))...))))..)))))))))))..).))))...)))))))......)))..)))).)))))....((((((......))))))........((((.......))))((((((((..(((....)))..)))))))).((((....))))(((....)))........))))).))))))))))))....))))).....))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
(((((((((.((.((((((.((((((.,,,.{((((.(((((,.,(((((....))))))))))).))))}.....((((......}}}},,{||,,||{{{|{|{{(((((..((({(((...((({....}))}..((.((((|,,.(((.(((((((((((..(((,((.(((({,.,((....,),||((((((((((.(((((((....(((((.(((((((..{(((((((.......(({..(((.((((....)))).))).}})....}}}}}|}}.{((({....,.,{(((((((,((.,{,{({({{{(,,((,,,,..}}.}}}}}||||,........,||...((((((((((((((((((((((...((((((((((((((((..((((((..,(((((,,((((,,,,||}|}|}}}{{.,......,{{{,,..,,,|||||}},...(((((((((.....((((.(((((.((((((((({.,...........)))))).)))))).)))))))..))))))))),}|||},),}})})}}..))))))..)))}.......,))),.,))))))))....))}.(((((({...})))))).....)))))))}......))).))))).)))...,||,}||||||.,|,|..|||||{((((,,((({{...{{,.{{{||}}{{||{{}||||.|||{{{{{..,,|}|||||((.((((.....)))).)}...}}}}}.,.{(((((,.((((..((((..((({...})))..)))).{{((((.((((........((((.((((.(((((....))))).)))).)))).,|{{({{(((({.,,.....,,,.....(((,.((({....})}).}.))){||,,{{..,,{{{({{(((.{,({{,{,{{{|,|{{(((,,,}||{||||,,,.}|||{}||||,,,|,..,{(((,..{{|,||...,}},,.)))..||||,||},},}))},},|||||||||}}}}}.)))),},))}|||,....,{{{{,,..,{{,...{{{,,{{,......|||||........{(((((((....)))))))}((((((...)))))).|,(((....))){||||,..{{{{{{{{..........(((((((....)))))))}))))))),,,)))))||||}}.,,||||{|{....,|||.,||||,.{||,},,,.,}}|{{||}|.{{{..((((((.....)))))).))}.}}..)))))}......)))),....)))).})))))}...,,,{{{({,({,.,,....})))},)))))}})))})),))}...},.},)))),}}}))))).}})....,,))}})},))))),.))))))).)))))..........))))))))))))))))}.|....,|{..((((((...((((......))))....))))))..))}))}))))}..))))))))).))))),,))))})}.{{,{|||{{{{{,,....,|||.,,||}}.,|||{.{{((((({((((((({((,,,,,,(((..,|}|,..,{{({...((((....))))..,,||||{.{{{{,...,,||||||||{{{,,,.......,{{|,|||||{{{{{{{{{,,,.....(((((((.........)))))))(((((.....)))))},,}}}....,}}}},|{{{|,|||,(((((,,(((({((({,,((((((((((({((((,{{({{((((((,,,((((((((((((,....||||,..,}))))}...}}}|||}.....|,|,((((({{(((..........))))))))),,)})|||}}|,,,,{{{.(((((.((((.(((,(......}.))).)))).})))),}.......}||||.,.}}))))}}}}.((((((((((.(((({..........{((((((({..,,.{{.,{{.(((({.((((((....((..((..((((......)))).)).))...)))))).....}}}}{||||,||{|||,}...((((((....((((((((((...........,||,,,{{{,{,,,{((((((...})))))|,{{,,,,{.|||...{{{....|||{|||},,|||}}.,..((((((((((.(((,..{((((((((((....((((...........,...)))).....)))))..)))))))))..))))))))))..,,,}||||,,,}},,.,,......,..},},,,..{{{|{{{,,,,))))}}}.))))))))))...)))))).....,.,,))))}.)))))}}|{((((((((....))...))))))||{.|,....,,,}},||}||,...}}},})..))))).)))))))))).}|||{|||||}}}}}}.},)),,)))||||}}..}}}}}.,))..)))))}}}}}}))))),,)}})},.{{{...|||....))},.,,,,,..,.(((.((((........)))).)))..),,||||..........}}}|,(((((,{(((((((..{{(....})),,}))))))},}|||,{|..,)))))))),|..,.)))).))}}}......)},.}}})))))))),...,||.|}}}}})}))}}(((,{(((.(((((((...((((,{(((....))))))))...))))))).)))))))......})),,.})))))).)))))}}((((...(((..(((((....)))))..))))))).......,.,.......((((((((((((((((.(((((.(((((.(((((((((.(((((...))))).)))))....(((((((((...(((({....}))))...)))))))))(((((((((((((((((..((((((......((((((...(((,...,))).))))))......))))))..))}..........,))))))}}}}))))).......)))).))))).))))).)))))))))))))))){(((((.{(........}})))))|((((.(((........))).)))),.......,,}}}|||}}.(((((({.,{{.(({....))),})))))))...)))),..))))))...))))))))))),})))))................,.,...((((((.((...(((..((..(((((((((((((..((((......))))...)))))((.((((((((((((....((((......{{{{{............{((((,,,,.,,,..............(((.((((((((,......((((((((((((((((((..((((((((((.((({.,....,...........)))}).)))))).....((((.....))))((.(((((((..{....((({,,,{{((({{(((.,.{(((({{{.,,.{((((((...,{,...((((..((.(((((........,.))))))).))))..|}|,|.}}})))),}}}}})))}.......(((((((((((...(((((....(((((({.,((.((((,{{{,.........,{{{{,,,,(((((,(((,.....)))).))))).........}}}..}))))}..........{(((((((((........))))..))))))}))),}))).)})))))))))))}...{{{((,((((....}))}.))))},,.(((((.((((((.{{,,((({{((,{(((((((((((.....................|{{{{{.{((({{(((,,..,,,,,.,,.,{{{{...,,,,,.{|||.{{,,,,|||||||,,.....{((((((((..((((((((........(((((......{,.|({{((((((......((((((({...}))))))).,.....{{{{.({(.....})),|}||.,....,,.,.........,||},})))))}}})}}.,...)))))....||.)))))))).|||,,.,,,,..........,{{{{{.{{{{,,,,|,,,.,,||||,|||||||.,,,||.,,|,}}}|},}||,|,|||||,,,|||,||||},.{(((({.((((..(((((.((..((((((((.(((((((((((((.((....)))).)))))))..))))))))...)))).)))))))..))))}.},})))}......(({.(((((((,,....((((((((....||}}|((((((((,((((,{({....,,,.)))))..,,.)))))))){{.((((..{.......))))}}..,.......{{{((,,{,,({{{{..,.,,))))}....))))),).)))...))}))))))).}))..|..............|}......(((({|...,)))))|{,,{,,,..{{({{{.{{{{||{.{((((|,,,}}}))}.}}}.}}}}.))))))..},.....{{(((......)))),...........,,))))))))),,..,))))}))}}.))))))...)))))))))))),,........(({{...}}}|,{{{((((((((((((((......{(.((((((..........)))))).)}(((((((((((((({..(......,..),)))))))))))))).............(((((.((({....}))))))))....))))).....))))))))}..,||}}}|,...,,.((({{{,,..))})}}.,.,}}}}}}}}}..)),,)))))).)))))..........{((({...})))}......)))))))))))..}}}}}}}}}.,....,))),,,}))))))).})........,.{(((.{((.,,.......{{|.((((.....((((((((((((.((......))))),,))))))))..)))).})}.......,..))).))))............))))))))))))))......)))))))).........)))))))).)))...,,(((.(((((((......((.((((....(((((((((((((((..((((..........)))).)))))))))))))))....))))))....))))))).))),))}....)))))............}))}).,},......))))....)))))))))))).)).,(((......,))}|((((((((..(((....)))..))))))))}((((....))))(((....))).........))))).)))..))..)))...)).)))))).,......
Summary

This gene encodes an enzyme which removes 9-O-acetylation modifications from sialic acids. Mutations in this gene are associated with susceptibility to autoimmune disease 6. Multiple transcript variants encoding different isoforms, found either in the cytosol or in the lysosome, have been found for this gene.[provided by RefSeq, Feb 2011]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image