Basic Information

Symbol
ATR
RNA Class
mRNA
Alias
ATR serine/threonine kinase FRP1 SCKL SCKL1 MEC1 MEC1, mitosis entry checkpoint 1, homolog (S. cerevisiae) ataxia telangiectasia and Rad3 related FCTCS serine/threonine-protein kinase ATR FRAP-related protein-1 MEC1, mitosis entry checkpoint 1, homolog ataxia telangiectasia and Rad3-related protein Serine/threonine-protein kinase ATR Ataxia telangiectasia and Rad3-related protein FRAP-related protein 1 EC 2.7.11.1
Location (GRCh38)
3:142449007-142578781 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001184.4
BLAST PRIMER
NM_001354579.2
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_001184.4
Sequence length
8158 nt
GC Content
0.3968

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2174.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2338.44 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2193.61
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001184.4 GUGGUUGACUAGUGCCUCGCAGCCUCAGCAUGGGGGAACAUGGCCUGGA… 8158 nt 0.3968
NM_001354579.2 GUGGUUGACUAGUGCCUCGCAGCCUCAGCAUGGGGGAACAUGGCCUGGA… 7966 nt 0.3972
Summary

The protein encoded by this gene is a serine/threonine kinase and DNA damage sensor, activating cell cycle checkpoint signaling upon DNA stress. The encoded protein can phosphorylate and activate several proteins involved in the inhibition of DNA replication and mitosis, and can promote DNA repair, recombination, and apoptosis. This protein is also important for fragile site stability and centrosome duplication. Defects in this gene are a cause of Seckel syndrome 1. [provided by RefSeq, Aug 2017]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image