Basic Information
Symbol
ATXN10
RNA Class
mRNA
Alias
ataxin 10
E46L
FLJ37990
ATX10
spinocerebellar ataxia 10
HUMEEP
SCA10
ataxin-10
brain protein E46 homolog
spinocerebellar ataxia type 10 protein
Ataxin-10
Brain protein E46 homolog
Spinocerebellar ataxia type 10 protein
Location (GRCh38)
22:45671798-45845307
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_013236.4
Sequence length
3294 nt
GC Content
0.4423
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-958.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1019.24 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
981.1
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001167621.2 | GCCGUCUCCUCCUCCCGCCUGAGGCGAGUCUGGGCUCAGCCUAGAGCUC… | 3102 nt | 0.4423 |
| NM_013236.4 | GCCGUCUCCUCCUCCCGCCUGAGGCGAGUCUGGGCUCAGCCUAGAGCUC… | 3294 nt | 0.4423 |
Summary
This gene encodes a protein that may function in neuron survival, neuron differentiation, and neuritogenesis. These roles may be carried out via activation of the mitogen-activated protein kinase cascade. Expansion of an ATTCT repeat from 9-32 copies to 800-4500 copies in an intronic region of this locus has been associated with spinocerebellar ataxia, type 10. Alternatively spliced transcript variants have been described.[provided by RefSeq, Jul 2016]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
