Basic Information

Symbol
SPARC
RNA Class
mRNA
Alias
secreted protein acidic and cysteine rich ONT BM-40 cysteine-rich protein secreted protein acidic and rich in cysteine osteonectin OI17 ON SPARC basement-membrane protein 40 secreted protein, acidic, cysteine-rich (osteonectin) Basement-membrane protein 40 Osteonectin Secreted protein acidic and rich in cysteine
Location (GRCh38)
5:151661096-151687352 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001309443.2
BLAST PRIMER
NM_001309444.2
BLAST PRIMER
NM_003118.4
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_003118.4
Sequence length
3451 nt
GC Content
0.4639

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1038.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1108.73 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 800.15
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Summary

This gene encodes a cysteine-rich acidic matrix-associated protein. The encoded protein is required for the collagen in bone to become calcified but is also involved in extracellular matrix synthesis and promotion of changes to cell shape. The gene product has been associated with tumor suppression but has also been correlated with metastasis based on changes to cell shape which can promote tumor cell invasion. Three transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jun 2015]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image