Basic Information

Symbol
SPG11
RNA Class
mRNA
Alias
SPG11 vesicle trafficking associated, spatacsin FLJ21439 spatacsin KIAA1840 spastic paraplegia 11 (autosomal recessive) amyotrophic lateral sclerosis 5 ALS5 CMT2X SPG11, spatacsin vesicle trafficking associated colorectal carcinoma-associated protein spastic paraplegia 11 protein Spatacsin Colorectal carcinoma-associated protein Spastic paraplegia 11 protein
Location (GRCh38)
15:44554818-44663688 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001160227.2
BLAST PRIMER
NM_001411132.1
BLAST PRIMER
NM_025137.4
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_025137.4
Sequence length
7772 nt
GC Content
0.4379

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2276.3 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2429.56 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2359.94
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Summary

The protein encoded by this gene is a potential transmembrane protein that is phosphorylated upon DNA damage. Defects in this gene are a cause of spastic paraplegia type 11 (SPG11). Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2009]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
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