Basic Information
Symbol
SPINK5
RNA Class
mRNA
Alias
serine peptidase inhibitor Kazal type 5
VAKTI
LEKTI
LETKI
NETS
NS
FLJ21544
FLJ97536
FLJ97596
FLJ99794
DKFZp686K19184
lymphoepithelial Kazal-type-related inhibitor
serine protease inhibitor, Kazal type 5
serine protease inhibitor Kazal-type 5
lympho-epithelial Kazal-type-related inhibitor
Serine protease inhibitor Kazal-type 5
Lympho-epithelial Kazal-type-related inhibitor
Location (GRCh38)
5:148025683-148137382
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_006846.4
Sequence length
3651 nt
GC Content
0.4306
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-977.9 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1051.43 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
974.39
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Summary
This gene encodes a multidomain serine protease inhibitor that contains 15 potential inhibitory domains. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate multiple protein products, which may exhibit unique activities and specificities. These proteins may play a role in skin and hair morphogenesis, as well as anti-inflammatory and antimicrobial protection of mucous epithelia. Mutations in this gene may result in Netherton syndrome, a disorder characterized by ichthyosis, defective cornification, and atopy. This gene is present in a gene cluster on chromosome 5. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Oct 2015]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
