Basic Information
Symbol
TBC1D4
RNA Class
mRNA
Alias
TBC1 domain family member 4
KIAA0603
AS160
DKFZp779C0666
Akt substrate of 160 kDa
TBC1 domain family, member 4
NIDDM5
TBC (Tre-2, BUB2, CDC16) domain-containing protein
Location (GRCh38)
13:75283503-75482651
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_014832.5
Sequence length
7588 nt
GC Content
0.4626
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2408.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-2548.55 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
2052.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((((.((((.(.(((((.((((((.(...).)))))).))))).).(((((.((((....)).)).)))))(((((.((((..((((((...((((((.((((((.((((....))))((((((((((...((((.(((..((((..((...........)))))).)))...))))...)))))))).)).(((((((((((((((((((((((((....((.(((.((((.....)))).))).))...))))))..))))))).((((((((((((..((....))))))))..))))))((.....))...)))))))))))).)))))))))))).(((((((((..((.((((((((((((.(((((.(((((...((...(((....(((.((((((.((...)).)).)))).)))..)))...)).)))))...))))).))).))))))))).(((((((((.((((((..((...((((.((((((.((((((((..((((((((..((((((((((((((((...(((..((.(((.((.((....)).))..)))))..)))(((((((((((.(((((..((((..(((((...)))))..))).)..)))))(((((((((((((.((.....(((((.....)))))....(((((((((.(((((((((...))))((((((...(((((((.((..((.((.((.((((..(((....(((.((((((....((((((((...((((((((.....)).))))))...............((.(((((....((((((...(((..(((.((((((((((..((((.....))))..)..)).))))...........(((...(((.....(((..(((.(((((...))))).)))....))).....)))...)))))).)))...)))............))))))....))))).))...................))))))))....)))))))))...)))...)))).)).))..)))))))))))...))))))((.(((....))).))((..((((((((((.......)))).).)))))..))...))))))))))))))........((((..(((..(((((((.......((((..((((((..((((((((((((.....)).)))).)).))))...))))))..))))..(((((((......))))))).))))))))))..))))..)).)))))))).))))).......)))))))))))...(((.((((((((.((.......(.(((((.((((((...(((((((.(((((.....((..((..(((((...((.(((((((.((...(((..((((((.........)))).))...((.((((.((.........)))))).)).(((((.((......)).))))).((..(((((.(((((.((((...((.....(((((.........(((((((.((((...................((((((((((....)))))......(((((((..((..((((((((((((((((.((((((..((..((((.(..((((((((...(((((((..((((......)))).)))))))..))))))))).))))..))..))))))....((((((((......((((.((((...))))..))))...((((((......))))))))))))))...(((((.((((.(((((.((((((.....)).......((.((((........)))))).)))).))).)).))))))))).....((((((((..............((((..((((...))))..))))............)))))))).((((...(((((.(.....).)))))...)))).)))))....))))))))))).....))..))))))).....))))).((((((((((((.(((((((...(((.((((((.....(((.....)))(((((((.((((....)))(((((((...........((((.....))))..(((((((((((((......))))...))))))))).))))))).(((((((..((((((.(((((..((((.(((..(((((.....((((......)))).)))))..)))....(((((((((.....((((.((.((((((................)).))))....)).))))...)))))))))))))..))))).))))))(((.((((.(((((.((.((((.(((((((.((((.....((......))...)))).))).))))..)))).)).))))).)..))).)))((.(((((((.((((((((((((((((((((..((((......((((((.((.(((((..(((((((((((((((((...((((((((.....(((((((.....(((((((((((((((((((.......((..((((((...((......))..)))))).))(((((....))))).(((...((((..(((........))).))))...)))))))).)).)))))).......(((((((........(((((..((((.....(((((((((((..((....))..))))(((((((.....)))))))...)))))))..))))..)))))((((..((((..........((((((.(((((((((((.....(((((((.(((.(......).))))))..))))..((((.(((((....)))))))))....))).))))))))....((((((........))))))...((((.............)))).......))))))(((((........)))))...(((((((..((((((((.((((((.(((..........))).....))))))..)))).)))).................((((......))))........)))))))))))..)))).)))))))(((((((((........)))))))))....))))))........)).)))))..))))))))......((((((((...)))).))))......(((((.(((((((...(((.(((((..((((..(((..(((....))).)))..))))))))).)))......(((....))).....((((...)))).....(((.((((....)))))))(((...)))..))))))).)))))))))))))................))))))))).))))))))))))).))))..)))).))))))))...(((((((.(((((((((((((.....))))).))))))...)).)))))))..((......)))))))))).))))))).))(((((((.(((.....(((.........)))....)))))))))).)))))))).)))))))....(((.((..(((((((((((((((((((((((((.((((....(((((...((((..(((((..........(((....)))..........)))))....(((((((((...((((......))))....))))))..)))........))))..)))))..)))).)))))))))))........((((...(((....((((((....))))))..))).))))((((((..((((....))))))))))......(((((.....((.((((((..((((.((((.((((........((((((((((.(......(((((......((........)).......)))))....)))))))))))..)))))))).))))..)))))).))....)))))).)))))))))....)))).)).))).(((((((......))))))))).)))).)))....))))))).)).)))).))))))..)))))))))))............))))).....))...)))).))))).)))))..))....((((((..(((....))).))))))...((((((((.(((((((((.........))))))..(((((...)))))..............))).))))))))....((((...)))))))..))))))))).))...))))).))))...))))))))))))...)))))).))))).)........)).)))))))).))).((.......))..........))))))))))..((((.....))))))))))..))))))))...))))....)))).))))))))))))..))))))...))).)))))).((..((((((...((((((((...))))).)))......)))))).)).(((((((....)))))))(((((........)))))....((((((((((.((..(((.((((((.((((.(((((......)))))...((((((...))))))...(((((((((((.(((((((.((..((((((((.....((((((((..((.............((((((((.(((((............))))).)))).....))))...(((((.(((.((((.(((((.(((((((............((((((....))))))..((((((((((....))))))))))((((((((((.((....((((((....))))))((((((((.((((.((........)).)))).))))))))((((((....))...))))......((((..((((((...))))))..))))))..)))))))))).((((((((........)))))))))))))))(((((((((((((.(((((....))))).))))...)))))).))).))))).))))...))).))))).(((((.....))))).((((.(((((.....(((.........)))....(((((((....)))))))..)))))))))........))..)))))))).......((((((........)))))).........))))))))..))..))))))).)))))))))))....(((((((....)))))))..((((..(((((((((((....).))))))))))..))))...(((((..............))).))(((((((((((((((......))).))))))........(((((...(((((....))))).))))).......))))))(((((....))))).((((((((((((....(((((((.......(((((((((....((((...(((((.....)))))....))))....))))..)))))........)))))))..((((((((((((.......((((((((((.((((((.((.((((((........((((((((((((.(((((.......(((((((..(((((....((((......((......))......))))....))))).))).))))....((((((.((..(((.((((.(((((((((((.((((((((.(((((.((((...((((.((((.((((((((((((.....((((((((((((((((((..(((((.....)))))..((((......))))(((((((....((((((((...((((....))))...))))).((((.(((..........((((((...........))))))(((((((((((......(.((......)).)......)))))))))))...(((((((.....)))))))..((((((.....))))))..))).)))))))...))))))).((((((...............((((((...((((....((((((((((((((.....)))).((((.((((((((....(((((......)))))((.((..........)).))..((((((((.((((...))))....(((((((((((....)))))))))))(((.......)))..(((((..((.(((((...))))).)))))))((((........))))))))))))(((((((((...)))))))))..(((((((..(((((....)))))..)))))))..)))))))).))))...))))))))))...))))..))))))))))))....))))).))))))))....((((((.((....)).)))))).))).))......)))))))))))).)).....)))))).)))).((((.((((((((((.((((.(((.((((((.........((((((....))))))(((..(((((((((.(((......)))...)))))))))..)))(((((.....)))))....((((.((((....)))))))).(((.((((((((((........)))))..)))))))).(((((.(((((......))))).))))).(((((((((((((((((((((((..((.((((((.(((((((..(((((((((((............((((....))))...........)))))))))))...))))))).)))))))).)))))))........(((((((.......)))))))..........)))))).....)))))))))).(((((...........))))))).)))).))).)))).)))))))))).))))....................(((((.....)))))....))))).)))))))))))))).........(((((((((((((((((........))))).........(((((((.....(((.((((....((((.(((............)))))))..))))...))))))))))................))))).)))))))(((((..((((.((((..((((((....))))))..))))..)))).))).))....))))))))).))).)).))))))..))))).)))))).))))))))))))(((((((.((......))))))))).(((.(((((.....))).)).)))((((.........))))........((((((((((................)))))).))))................((((.((((...(((.(((((....(((..........)))...)))))))).)))).)))).)))))))).)))))))))).......))))).))))))).....)))))))))))))))))))))).)))..))))).)))))))................))..)))))).))).....)).))))..)))).)))))..((((((.....))))))...))))..)))))))...........((((.((((...((((.((((.(((((((....)))))))...)))).)))).....)))).))))..(((((.(((((......))))).)))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((((.((((.(.(((((.((((((.{...}.)))))).))))).).(((((.((((....)).)).)))))(((((.((((..((((((...((((((.((((((.((((....})))((((((((((...((((.(((..((((..({...........)})))).)))...))))...)))))))).)).((((((((((((,((((((((((((...,((.(((.((((.....)))).))).)},..)))))}.,})))))|(((((((((((((..({...,})))))))..))))))}}.....,,...)))))))))))),)))))))))))).(((((((((..((.((((((((((((.(((((.(((((...((.,.(((....{({.(({(((.{{...)),}),)}}).,})..))).,.)).)))))...))))).))).))))))))).(((((((((.((((((..{({..{((,,((((((.((((((((..((((((((..((((((((((((((((,..{{,..{(.{{{.((.((....)).)},.}}}||,.}}}(((((((((((,(({(({((({{..(((((,,,|||||||||||},{{||||(((((((((((((,((..,,.(((((,,.,,}}}}},...{{(((({((.(((({{(((,{{|}||((((((,..(({((((.,,.}|}}{|}||,|,|{},||{...}||||||(({{.,.,({{{{{{{...{((((({{.....,}.)))))}.........,,{.{{{(.(((({,,,.{,,{(({,.,{{.....)))|((((((({,({{{.....))))..}..)),})))..,{,,,.{{|||{..{{{,{,,,.{{{.,(((,(({((,,,,}}}}.))),,.,))}..,..|||...|||||{,|,,..|,||.|||,.......)))}}}....}||||.||,{{{{,.,,.......,..}}}}}}}),.,,))}}}|}}}...}|}...)})}.}).})..|}}||}},}}}...))))),,,.|||.,}}),|{{{,,..((((((((((.......)))).),}))))..))},.))))})}}))))))...||,..((((..(((..{((((((...,,|.((((.{((((((,,((((((((((((.....)).)))).)).))))...))))))}.))))}.(((((((......))))))).)))))))))).,))))..}},)}))))))}))))).}))}..)))))))))))....,({((((((((.((.,..,..(.(((((.((((((...(((((((.(((((.,..(((((((.({(((({{.(((((((.((..((.......((((((..{....,.)))).))........))..))...)))))))))))).{.(((((.((......)).)))))}.{{{(((((,,..{(((......)))),,.)))))}.}.,,...}}.)))))))|.{{,.....}}}}...{{,,..,,,((((((((.((((((.....(((((((..{{.|{{(((({{{{{{{{((,((((((..((..((((.{..((((((((.,.(((((((..((((......)))).))))))).,))))))))}.))))..))..)))))}....((((((((,.....((((.((((...))))..))))...((((((......))))))))))))))...{((((,{{({.||({{.{{((({{{...||||,,...{(,((((...,,,,.}}}}},.,))),))).,,.))))))}}).....((((((((..............((((..((((...})))..))))....,.....,.)))))))).((((...(((((.{.....|.)))))...)))).}||}}.,,,|}}}}}}}}}}.,,..})..)))})))...,{(({{{{{{|{{(({((((,({,...,,}}},........,,...{((.....)))}}))}}}},{{..,{{{..(((((((.........,.((((.....)))).,(((((((((((((......))))...))))))))).))))))).|}}||,((((((((({(((((.,,{({.,,,,,((((({...(((((..{{{{{.({{(({.{{{{{.{{.{((((,(({{.....(((({,(.,,,,|,}}}}}....{{{,{{.}}{{||,....},.)})),,.)))))),,,)},),,))|||{|,||||{({|((((.(((((.((.((((.(((((((.(((({............))...,})).))).))))..)))).)).))))).)},},},|||((.{,{||||}|((,{{,,,,,,,{||{|||..,,...||||.,|||)).}|.}}}||..||,|}}}}.})))))(({{{(({((((({({.{((((.,,{((({,(((,(({{((((.(((((.......({..((((({...{{......,}..}))))).))(((((....))))).(((...((((..(((........))).))))...)))))))).))}),})))}}}..,}|||,((({({..,{{(,((({{(((,{{{,.,{(((((((((..{{....})..))))|((((((.....))))))|,,,|}|}}}}..|||,|{||||}{{{{{{|..,,......,({{{{(((.(((((((((((.....((,,,(({(((.,....,,,.}}))},}}))))..((((.(((((....)))))))))....)))}}))))))).)))((((((........))))))......{(((((((({..,,.{((({{{{..((|,|,,(((({{{{{,...{({{...,,,{(((,..,{{||||.((((({.(((..........))).....})))))..}|||{||,,,.,{{{{((,({,....{(({......}})}.....,.,|||||||{,,{{{{{|,.||||||{(((((((((........)))))))))}.,,||||||{....,,{{,.,,)))|,||||,,},.,}}},{{((((((...}))))}))},,{{,,{,,((.,,,,{{,,,..||,||{{{||||||}},,...,||,,,}))),,},..,}}}}}}}).,,,.......,,.{{((({{{{{{(((({,.|||,.,,.,((,{((((....)))))))|{|,..,}},.,}}}}}}||}},{((((((....})))))).,,.,,,}},||||{{(({{,{(,,{({{{{{{{{{{|,,,..,)))},....,|||||,..}||||,,||,||}}}},,}))),,)))))}}}.)})))))))...|}}}}}.}))))))))).)}}))))}))(((((((.(((...{,{((.........)))}...))))))))))..}}}}}})))))))))))))........,,,((({...})))(((((((((((.((((....(((((...((((..(((((,{........{({....}}}..........)))))....{({((((((...((((......))))....))))))..}},........))))..)))))..)))).))))))))))))}}..}))))))).}}.))))))))))))}}.,{(((,.....}}}}.((((({..((((....))))))))))..,,,,(,((((({..((.{(((((..((({.(((({((((........((((((((({.......,(({((......((........))......,)))}}..,,)))))))))))..)))))))).})))..)))))}.))}))))))))},...)))),)))).))))}))})||||{{{{((,,,,,,|}}}}))})))}},.))))),}}}}))))..}|)))}|,,({(,....}}}..}}}},,))}}......)))})),|||,}.....,,.,}})|...})))})}....||||||,,{{(....}}}.}}|||}...{{{|||.,.}})}||{{|},.......))))))..})))}))))))))))))))......},,,}.}}....(((..(((((((..((((,..((....)).,.))))))))))))))....))))))))))))...)))))).))))).)....,,..)).)))))))}.)),.{{.......))..........)))))))))),,((((.....))))))))))..))))))))...))),..}}),)).))))))))))))..))))))...))),}))))).((..((((((..,((((((((...))))).)))...,..)))))).}}.(((((((....)))))))(((((........)))))....((((((((({{{{..(((.(((((({(((,.((({{....},)))}}...{({((({{{||||||.,,(((((((((((.(((((((.((..((((((((..,,.{(((((((,,{{......||,....{{,,((((.(((((............))))).)))).,,,,||||...((((,((((((((..{(((,.{(({{((,{({{,..,,,,((((((....))))))..((((((((((....)))))))))){(((((((((.{{,,.{((((({....))))))}{{{|({{.{|||.|{,,,.....}},}}||,||},,},,|||||.....|||...))}..,,,.((((..((((({...})))))..))))}},.)))))))))}.((((((((........))))))))))))))|(((((((((((((.(((((....))))).))))...)))))).))),,..||,|,.....,},}},)))}}}}|,}}}},}}}}}}((((.(((((.{,.,{{,..,},...,},,...{(((((((....))))))}.,)))))))))........}}..}))))))}..,....((((((........)))))).....,,..))))))))..))..))))))).))))))))))}....(((((((....)))))))..((((..(((((((((({....).))))))))))..))))...,.{((,....,,,......))).||(({{(,(((((((((......)))},)))))})}}}}..(((((...(((((....))))).))))).,}}}}}},,,))|||||}...,,,},.{(((((((((({.,,.((.((((..(((...(((((((.{{{...........|,.,...,))))))}..))).)))).)).})|}|},.|,,,..,}}}}|,..((((((((((((.......((((((((((.((((({.,,.((((((........((((((((((((.(((((....,,,({(((,({(((((.,...{{{,....{((((({((,{(((.(((((({(,(,..((({,(({{{{..,,{{,((((.....}}}},||,,,,|||{(((((.((((((((.(((((..(((.((........)).))}(((....})),{{,....}}}}{{{{((((((((((((.....)))}|..,,,{(({((({({((({.,.})))}|{,{((((...((({....))))...))}}}.}.,,})))))))}|{{{{(((,(({{{{{{{{...,,,,,,(((((((((((....{{({,{......}}..}}}}..)))))))))))...(((((((.....)))))))..{{{{{{,.,.,}}}}}}{{{({{.(|(((({{(.{{{{...((({....,(((((((.....{(((({...{(((..,.{(((((((((((((.....)))}.{(((.((((((((...,(((((......))))){|.{{.,,.....,.)}.)}..((((((((.((({...})))....{((((((((({....)))))))))))(((.......)))..,{{({.,((.(((((...))))).))))))}{{{{.|,,..,.))))))))))))(((((((({...}))))))))..(((((((..(((((....)))))..)))))))..}))))))).))))..})))))))))),..)))}..}))))}{{(({((({{((.|.(((((((({...{{{{(((((((........)))))}}..,,,,,},}}))))))))).,))))))}.))))..,|||.{((((((({,,{...,}}...}))))))}..,.{,.....,|||,{,.....,,,(((((..(((((((((.(((......)))...)))))))))..))))){{{...,,)}})))))))))))}}})))).}}})))),,{((,{(((((((((........)))))||}),,)))).(((((.(((((......))))).))))).(((((((((((((((((((((((..((.((((({.(((((((.,(((((((((((...,,..,,...((((....))))...,,..,.).))))))))))).,.))))))).}))))))).)))))))..{{{(..(((((((.......)))))))..,..,}}}.)))))}....,)))))))))).,|}||,}}}}}}.))))))))},|||||.,.....,,,})})))))))).}}},...................(((((.....)))))....))))).)))))))))))))}.....,},)))}..((((((,,,,..}}}}}},{|||,.{({.(((((...))))).})}.}}}|{{{....((((.(((............)))))))..}}}(({.......))).............,,,))}))))))))))))),)))))}...,(((..((((((....)))))),,))|(((.....)))}..,,...,}))))))),))..}}}.,)},..))))).)))))).)))))))))))){((((((.((......))))))))},(({.{((((.....))).)),))}{{((.........}}}}........((((((((((..........,.....)))))).))))..............{{((((.((((...(({{(((((....(((..........)))...)))))))).)))).)))}.)))))))).)))))))))).......))))).))))))).....}}))))))))))}}},)))))).)))..)}))).)))))))................))..)))))),))).....))}})))..)))).)))))..((((((.....))))))...))))..)))))))....,,,....{(,{.,{{,.,.((((.((((.{((((((....)))))))...)))).)))),,,,,|||..,,))}.{((((.(((((......))))).))))}
Summary
This gene is a member of the Tre-2/BUB2/CDC16 domain family. The protein encoded by this gene is a Rab-GTPase-activating protein, and contains two phopshotyrosine-binding domains (PTB1 and PTB2), a calmodulin-binding domain (CBD), a Rab-GTPase domain, and multiple AKT phosphomotifs. This protein is thought to play an important role in glucose homeostasis by regulating the insulin-dependent trafficking of the glucose transporter 4 (GLUT4), important for removing glucose from the bloodstream into skeletal muscle and fat tissues. Reduced expression of this gene results in an increase in GLUT4 levels at the plasma membrane, suggesting that this protein is important in intracellular retention of GLUT4 under basal conditions. When exposed to insulin, this protein is phosphorylated, dissociates from GLUT4 vesicles, resulting in increased GLUT4 at the cell surface, and enhanced glucose transport. Phosphorylation of this protein by AKT is required for proper translocation of GLUT4 to the cell surface. Individuals homozygous for a mutation in this gene are at higher risk for type 2 diabetes and have higher levels of circulating glucose and insulin levels after glucose ingestion. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Aug 2015]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
