Basic Information

Symbol
TGFB1
RNA Class
mRNA
Alias
transforming growth factor beta 1 CED TGFbeta Camurati-Engelmann disease prepro-transforming growth factor beta-1 Diaphyseal dysplasia 1, progressive transforming growth factor, beta 1 DPD1 IBDIMDE LAP TGF-beta1 TGFB transforming growth factor beta-1 proprotein TGF-beta-1 latency-associated peptide transforming growth factor beta1 Transforming growth factor beta-1 proprotein
Location (GRCh38)
19:41301587-41353961 UCSC Genome Browser

Secondary Structure

MANE Select
NM_000660.7
Sequence length
2780 nt
GC Content
0.6360

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1191.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1242.79 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 496.25
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((...((((..........)))).(((((((.(((((((.((((((.(((((.((.(((..((..((((((((((..(((((.((((((..(((((....)))))..)))))).)))))..))))((.((((((.((((((((((.(((.(((((((.(((((..(((((((...(((.(((((((.(((.(...((((.(.((.((......((((((....)))))).(((((((.(((.(((.((((.((.(((((..((.((((((((((.((((((((.............))))))...(((...((((((((((((.(((((((......((.((((.((..(((((((.((((((.((..(((((...))))).))))))))......)).)))))..)))))).)).)))))))..))).).)))).))))...)))((((....((.(((..(((...((((((..((((...))))))))))....).))..)))...))....))))(((.....)))..((((..........))))((((((((((.((......)).....(((.....)))....)))))))))).)))))).)))))).))....).))))................(((....)))..((((((.(((.......((......))))).))).))).....)))))).)))...))))))))))......)))).).)))))))).)).))))))))...))))..))).))))).)).))))).(((((.((((..(((((....))))))))).)))))..........((((.((((((((((((((((((((((((.(((...(((((((((..((((((..((((((..((((.((((((((.((.((....)).)).)))))....)))))))..))))))..)).)))).(((((........))))).........((((.(((.(((((...(((((.(.((......))).))))).))))).)))))))........((((((.........)))))).)))))))))))).))))))..))))))((((......))))(((.((.......((((((....)))))))).))))))))))).)))).)).))))).))).)))))))...............((((((((((((.(((....((((....)))).......(((.(((.....)))...)))........(((((....)))))..........((((.(..(((.....)))..))))).(((((((((((((((..((((((......))))))..))..............))))))))))).)).((((((.......))))))........(((((((......(((.....)))(((((...)))))...)))))))(((((((((((((.(.((((((.(((((.(((.(((.(((((.(((((.(.((.......)).).)))))..)))...)))))))).))))).)))))).)))))))))).))))...(((((((........)))))))...))))).)).))))))))(((((........((((.(((.......))).)))).....))))).)))))).))...)))))).)).)))))...)))))((((.((((((((((((((..............(((..(((....)))..)))..(((((.....)))))((((((..((..(((....)))..))(((.((((((((.......((((....))))......)).)))))))))..((((...))))........((.(((.((((..((......))...)))).)))))))))))...........))))).).)))))))).)))).((((.(.((((((((.(.((((.(.(((((((((((((...))).(((((.....))))).))))).))))).)))))..........((.((((((.((((((.((((((...((((((((((..(((..(((((((((((((((((........)))..((((((((......))....))))))..........(((((....((((((........)))))).(((((...)))))(((((..........))))))))))....)).))))))).))))).........(.((..(((((((((.......(((((((...((((((((..(((((..(((((((((.((((((((((((((.........)))).)))))).((((((......)))))))))))))))...((((((((.......(((((((.....)))))))....)))))))).(((...((((.((...(((.(.......).))).)))))).)))...............)))))))))........))))))))...))))))).(((((((.....))))))).......)))))))))..)).).(((.((...........))..))).)))..)))))))))))))).))...........)))))).))))))))(((((((((.(..(((((((.((((((((...........))))))))..)).)))))..)))))))))).......................).)))))))).))))).....))))))...)))))))((((((....)))))))))))))...))).))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{.(({,,,((((..........)))).(((((((,(((((((.((((({.(((((.(,{(((..((..((((((((((,,((({(.((((((..(((((....)))))..)))))).})))),.))))((.((((((.((((((((((.(((.(((((((.(((((..{((((((,{.((,{((((({(,(((.(...((((.(.(,{((.,....((((((....)))))).(((((((((((.(((.((((.((.(((((..((.((((((((({,({((((((...{......,..))))))...((((,.((({{,,(((((((((((((......((.((((.((..((((((({((((((.((.{{((((...))))).)))))))).,....}},,))))..)))))).)).)))))))........,(((((|,....|((((((....((.(((..(({..,((((((..((((...))))))))))....).))..)))...))....)))))}......,).))))))}}}}}.}}))))))((((((((((,({....,.},.....,|,.....,||.|,.}))))))))).}})))).)))))).))....).)))),,..,,..,....{{{((.....|||{{(((((....,,.}}}}.))}.......))))).,.})),....)))))).)))...))))))))))....,.)))).).)))))))).)).)))))))),},)))),.))).))))).)))))})).(((((.{(((,.(((((....))))))))).)))))..........((((.((((((((((((((((((((((((.(((,..{((((((((..((((({..{{((((,{((((,((,(((((.((.((....)).)).)))))....||||}}}.,)))}||,,}}..))),(((((........))))).,{.{,...((((.(((.(((((...(((((.(,{(......))}.))))).))))).)))))))..}}}},,|||{||..,,,,,..))}))).)))))))))))).))))))..))))))((((......))))(((,({.......((((((....))))))}),))))))))))).)))).)).))))).))).)))))))........{{{,.,.((((((((((((.(((..{(((((.,((((.....,...,{,.{{,...,{||,.{{,{,{,......,(({,....,}}}}..........((((.(..(((.....)))..))))).(((((((((((((((..((((((......))))))..))..............))))))))))).)).((((((.......))))))........(((((((......(((.....)))(((((...))))),..)))))))((((((((((((({(.((((((.(((((.(((.(((.{{(((.(((((.(.((.......)).).)))))..)))...}})))))).))))).)))))).)))))))))).)))),,..|})}}}.,,...)))))}}))),,)))))},).))))))))|||,........|{{{{|{{,..{{{,.....,}}}..,,,})))).)))))).))...)))))).)).))))}...)))))((((.((((((((((((((...........,{,(((.,(((,..,}|}..}},..(((((.....))))){(((({..{{..(((....)))..}}(((.((((((((.......((((....))))......)),,))))))))..((((...))))........((.(((.((((..((......))..,)))).))))))))))}....,,.....))))).)}}))))))).)))).((((.(.((((((((.{.((((.(.(((((((((({({...,}).(((((.....))))).))))).))))).})))).,......,|((.((((({.(((((({({{{((,,.((((((((((..(((..(((((((((((((((((........)))..(((((((,.,....))...,)))))).......,..(((((..,.((((((........)))))),(((((...))))){{(((,,.{....}.))))))))))..,})).))))))).))))).........{.((..(((((((((.......(((((((...((((((((.,(((((,{(((({(((,((((..(((({(({(..,......)))).)))))}.,||||,}},...}}}}}|||{|,,|,.,,.{(((((((.......(((((((.....)))))))....)))))))}.,{{.,.((((.((...(((.{.......}.))).)))))),)))...,,..........})))))))}.....,..))))))))...))))))).(((((((.....))))))).......)))))))))..)).}.},.,{{........,..,,..,)}.)))..))))))))))}}}}.))}}......}}.)))))).))))))))(((((((((.(..((((({(.((((((((...........))))))))..)}.)))))..)))))))))).....,,,.,,,....,,.})).}.)))))))).))))).....})))))...)))))))|(((((....)))))})))))))...))).))..
Summary

This gene encodes a secreted ligand of the TGF-beta (transforming growth factor-beta) superfamily of proteins. Ligands of this family bind various TGF-beta receptors leading to recruitment and activation of SMAD family transcription factors that regulate gene expression. The encoded preproprotein is proteolytically processed to generate a latency-associated peptide (LAP) and a mature peptide, and is found in either a latent form composed of a mature peptide homodimer, a LAP homodimer, and a latent TGF-beta binding protein, or in an active form consisting solely of the mature peptide homodimer. The mature peptide may also form heterodimers with other TGFB family members. This encoded protein regulates cell proliferation, differentiation and growth, and can modulate expression and activation of other growth factors including interferon gamma and tumor necrosis factor alpha. This gene is frequently upregulated in tumor cells, and mutations in this gene result in Camurati-Engelmann disease. [provided by RefSeq, Aug 2016]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image