Basic Information
Symbol
BDNF
RNA Class
mRNA
Alias
brain derived neurotrophic factor
neurotrophin
ANON2
BULN2
brain-derived neurotrophic factor
abrineurin
Brain-derived neurotrophic factor
Abrineurin
Location (GRCh38)
11:27654893-27722058
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_001709.5
Sequence length
3985 nt
GC Content
0.4324
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1172 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1250.72 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1014.28
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001143815.1 | ACACGGCUACCUGCUCCCAGGAAUUGAGACUGAAGUGGACUUACAAGUC… | 3875 nt | 0.4139 |
| NM_001143816.2 | GCGCGCGCGCACACACACACACACACACAGAGAGAACAUCUCUAGUAAA… | 4532 nt | 0.4027 |
| NM_001709.5 | GCAGCCUGGAGCUCCGGGUCCCCGACGCUGCCGCCGCCGCGCCCGGGCG… | 3985 nt | 0.4324 |
| NM_170731.5 | GAUAAGCAACAAGUUCCCCAGCGGUCUUCCCGCCCUAGCCUGACAAGGC… | 4312 nt | 0.4198 |
| NM_170732.4 | AAUAUCAAGUAUCACUUAAUUAGAGAUUUUUAAGCCUUUUCCUCCUGCU… | 4125 nt | 0.4184 |
| NM_170733.4 | AUUCACCGCGGAGAGGGCUGCUCUCGCUGCCGCUCCCCCCGGCGAACUA… | 4018 nt | 0.4154 |
| NM_170734.4 | ACACGGCUACCUGCUCCCCAGGAAUUGAGACUGAAGUGGACUUACAAGU… | 3979 nt | 0.4174 |
| NM_170735.6 | GCGCGCGCGCACACACACACACACACACAGAGAGAACAUCUCUAGUAAA… | 4766 nt | 0.4045 |
Showing 11 to 18 of 18 entries
Summary
This gene encodes a member of the nerve growth factor family of proteins. Alternative splicing results in multiple transcript variants, at least one of which encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate the mature protein. Binding of this protein to its cognate receptor promotes neuronal survival in the adult brain. Expression of this gene is reduced in Alzheimer's, Parkinson's, and Huntington's disease patients. This gene may play a role in the regulation of the stress response and in the biology of mood disorders. [provided by RefSeq, Nov 2015]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
