Basic Information
Symbol
ABLIM1
RNA Class
mRNA
Alias
actin binding LIM protein 1
abLIM
limatin
LIMAB1
abLIM-1
actin-binding LIM protein 1
actin-binding LIM protein family member 1
actin-binding double-zinc-finger protein
ABLIM
KIAA0059
Actin-binding LIM protein 1
Actin-binding LIM protein family member 1
Actin-binding double zinc finger protein
Limatin
Location (GRCh38)
10:114431110-114768061
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_002313.7
Sequence length
7560 nt
GC Content
0.4598
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2330.2 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-2468.04 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
2169.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((...((((((....(((........)))))))))......))))))...((.(((....))).))..(((((((((((((((((((.(......).))))))))...).))))..(((((...((((..((((.(((.((((.(((..((.......))..)))...))))..)))..))))))))((((.((((((...))))))..))))......((((....)))).(((((......(((..((((((......((((...))))((((((((....))))).)))....)))))).))).......))))).....)))))((((.((((..((((((((((((((.((((.(((...(((..((((((((((.((((.((..((((...((((..(((((((((.(((.((((((......((.(((...))).))..)))))).)))))).)))))))))).((((((((((((....))))).((((((......((((((((((....)))).)).))))((((((..((((...(((((((((((((((.(((((((((..(..(((((..(.(((((((.........(((...((((((((((((((((.....)))))))....((((((....)))))).((((......(((.((.((...)).)).)))...))))((((((((((.......(((((((((..........(((((((((((((...(((((.(((......((....)).......))).)))))))))))(((.((((..(((..((((((...)))))).....)))..)))).))))))))))..((((.(.((((((((((......))).))))))).)...))))...))))).....))))....(((((((....((((....(((((((.(((..((.(((((....)))))))))).)))))))....))))))))))))))))))))).((((.....))))...(((((((.((((..((.(((((......)))))...(((.........)))...))..)))).))).)))).....((((..((((..((((((((((((((((....))).)).............)))))).......(((((.(((((....)))))..))))).(((((......))))).....(((((((........))))))).)))))..))))...))))))))))))).))).........))))))).)...)))))..)..)))....(((.((((..(((..((((.......((.(((((((((((((((((...)))))))).)))))))))))....))))))).)))).)))((..(..(((((((((((.(((...))))))))).))))))..)))))))).)))))))).....)))))))...))))..............))))))))))))....((((.(((......))).)))).((.(((....((((((.................)))))).))).)).))))))).......))))..))..))))))))..))))))....(((((.......)))))........(((((((((((.......((((.(((((((.(((((.(((.((...((((..(......((((((........)))))))..))))...)).))).)))))...((..((((.((((((.(......((((..((((((......))))))...))))....((((((..(((.(((.(.......)))).)))..))))))((((((.((((((((((((((....(((.(((((.(((((((..((......))..)))))))......((((.((((((((((((((((.....))))(((((((((((((((((......)))..)))))..((((.....))))...)))).)))))...))))))..............................((((((.(((..((.(((((((((((.....))))))))))).))(((.((.((.(((......)))..)).)).)))))).))))))(((((((((((((((((((((....(((((((((.......)))....))).))).)))))))))..((((....((((((.((((.((.((((((.....))))))))..))))..))))))..)))).........((((.((.(.((.((((((((((((((((.(((((.((((((..((((((....))))))....((((((..((.((((.((.((((..(((..(((.((.....)).)))..........(((((............)))))...)))..)))).)).)))))).))))))((((((((((..(((((((((.....((((.(.((..((((((.......))))))..)).).)))).....))))))))))))).........((((((((((..((((......)))).((((....(((.((.....)).))).....))))((......))..((((((((....))))))))..((((.((((.(((((.(((..((((((.....)))))).......(((.....))))))))))).))))))))..))))))))))))))))..((.((((((....(((((....)))))..)))))).))..(((....))).....(((((((.((.......))))).)))).........((((((....)))))).)))))).))))).)))).......(((((((((((((....(((..(((((((..(((....)))..))))))).....(((((((..(((((..(((((((.(.((((((((..((((....)))).(((((((((((.((((.((((.((((..(.((.....)).).......))))..))))))))))))))))))).)))....))))).).)))))))..))).))..)))))))..............((((((.....(....).....))))))........))).....)))))).)))))))(((((......)))))..)))))).))).))))).)))))))..((((((......)))))).(((((......))))).............(((........)))..(((((....))))).))))))))))))....((((((.......))))))................................)))))).).))).))))))))))))))))..)))))).))))))).)))))).))))..))...(((......)))....)))))))))))))))))))..)))..............)))....))).)))).))))))))...................(((((.((((..(........)..)))).))))).....(((.((((((((((((((((.((((((..((((.((((((.(((.((........))..))).))))))))))..((((((((((.(((((..((.................(((((((.....(((((...)))))......))))))).....(((((..((.(.((((.........)))).).))...))).))...((((((((..((((.....)))).)))))))).))..))))))))))))))).)).)))))))))...)).))))))))).)))))))))..)))).))))...))))))(((((((((.(((((..(..((((...((((.(((......))).))))((((((.....(((....))).....)))))).((((.(((((((....).))))))))))(((((.((((((((...((((.......))))(((((.........)))))..((((((((((.(.((((((....)))))).).)))))))))).((((..(((..........)))..))))...((((((.((((((............))))))...).)))))((........))..)))))))).)))))(((....))).(((((...((((...((((....))))(((.((((...)))).)))(((((.((((....)))))))))...((((((((..((((((((...)))))).))..))))))))..)))).)))))..((((..........))))(((........))).))))..)..)))))...)))))))))((((.(((((...(((((((.(((((((...(((((((.(((((((((((.....))))))).....((...((((...((((((((((....((((((....(((((((....)).)))))(((((((((((((((...))))))...(((...)))......)))))))))..........((((((((((((((((..........((((((...((((....))))....))))))..((((((((((((((.(((.(.((((((.((....)).))))))).)))))))))((.(((((...)))))..))...(((((((....((.(((.((((.(((.....(((((.....))))).((((((.....((((((((.((((((.((..(((((......(((((.((....((((((.....((.((((....(((((((((...(((((............(((((((.....(((((.....((((.(((......))).))))....)))))...)))))))............)))))..))))).))))...))))))))))))..)))))))((((.((..(((((((((..((((...))))..))))....)))))..))))))......((((........)))).)))))..)).))))))...)))))))).....)))))).......((((...(((((((........))).))))...))))...(((((...((((.....((((.....((((((.......(((((...)))))...(((((((.......(((((((.((((((((((.(((((.((((((((....))))))))(((.(((((.(..(.(.(((((((.(((...(((((((((((((((((((((((((...........))))).))))))))..))))).....(((((...........)))))(((((((((((((((......)))))))))))))))......)))))))...)))))))......((((.(((((.((((......)).)).))))).))))))).).)..).))))).)))((((...))))........((((((.............))))))((((.....))))((((....))))..))))).))).)).)))))...))))))))))))))(((((...((..((....))..))...))))).))))))....))))......))))...)))))...)))))))))).)).)))))))...................(((((...)))))))))))))..((((((((.....)))))))).......)).)))))))))))))).((((.((..(((((((.(((...((....(((....((((((.(...((((((((((((((........))))).))).))))))...).))))))...)))(((((.....(((...)))...((((((..(((((((((............(((((((((....)))))((.((((((...((((.........))))))))....)).)).(((......)))...((((....)))).(((((.((((((.(........).)))).)).)))))....))))...........))).))))))))))))))))).((((((.(((.((.((((...)))))))))))))))(((((((.((((..((((........(((((((.((...(((((((((((((.(((((..(((.(((((((.......((((((((...)))))))).(((((((((.(((.(((..............))).......(((..(((((((...(((..(..(((.(((((((((..((((((........(((((((((((((..(((((................(((((((((.(((((...(((((((((.(((.(((...((.(....).))....))).))).)))..)))))).....)))))))))))))).)))))..))).))))))))))......)))))).))))).)))))))..((((......))))....(((...((..(.((((........)))).)..))...)))...((((((.....(((((((....((......(((.....)))......)))))))))....))))))....(((((..((((((((...........(((....))).......(((.....)))..((((......)))).(((((((((..((........))..))))))))).))))))))..)))))...)..))))))))))..)))))).)))))))))((((....))))..))))))).)))...))))).))))))))).))))....)).))))))).((.(((((..(((((((...((.(((....(((((......(((((((((.((.((((....))))....((((((..(.(((((((((((..((.(((((((((.(...((.((((.(((..((((((..(((((((....((((((((.....(((....))).(((((((.(((......(((.(((((.....((....(((((..((((........))))..)))))..))))))).)))))).)))))))...............(((...((((((((......))))))))...)))......(((....)))))))))))))))))).....(((((((..((((((....))))))...)))))))...)))))).))))))).))...).))))))).)).))..))..))))))))).)..))))))......)))))))))))...)))))....))))).))))))).))))).))(((((((..(((....((((((((.....))))))))....))).))))))).(((((........)))))...((((.(((((.....))))))))))))))))).)))))))((((.((((...)))).))))))))))))))))..))..))))...)))))).)))).)))))))))))).)))).))).))))........))))))).).))).)))...))))).)))).......(((((((((.....)))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((((,((((((,....{{}},,,.,|||}}}}}}}.,||,.{(((((,..((.(((....))).))..{((,({,{((({{(({{((.{....,,),)))))))}...}.})))}|}}}}}}},.|,...((({..((((((({(((..((.......))..))).....(((((({{(((((((((((((.((((((({(({...}}})))))....((,,,....}}{{(((((.......((((({((,,{,,....((((((((((.((((((((....))))).))}.|,....|}|,((.((((..((((((((..,....((............((((((.((((((((((((...{{.(({{....)))),}.,((((.(.((((((((..(((((((((.((((((((((((({.......}})))},......{{....((((({{(((((((((((,{{,,(((((((((((....})))}.(((({(,.((((((((((((((....)))).)).)))).))))..,{,(({{{.((((((((((((((.(,((((((({..{{(((((.,(.,((((((.........,,({{{{,{{(,,,{(((((((.....)))))))|,,.((((((....)))))).|,||.....,|||}||}|,.({{,.,,.,,)}}....{((((((((({.{,{{{{(((.((((({{,{({{...,,,||}|((((((...(((((.(((.,,...{{....}}......,))).)))))))))))|||||||,..|||}}|(((,({{{||||||..,,,||,.{(((((..{(,..(((((((((.(.((((((((((......)))}})))))).)...)))}...))))).)).))))))...(((((((....((((....(((((((.(({..((.(((({....}))))))))).)))))))..,.))))))))))))|||||}|||.((((.....)))}...,,,|||{}||||..(({({{((......)))))...,|}}}..}}}}})))}}}))}},))).,}}..}}}.....((((..((((..((((((((((((((((....))).)).............)))))).......(((((.(((((....)))))..))))).(((((......))))).....(((((((,.....,.})))))}.)))))..))))...)))),}}}},,}}.,,,.,.,}}...))))))),},||}},,,..}}})))},,,|,,.,|||}}||}..||||}},....((,(((((((((((((((((...)))))))).)))))))))}}..,,),}},},.}},}{|},((.,{..(((((((((({{(((...))))))))).)))))}.,)},})),}.,,,))},)}}}}})))),,)}}.)))}..},.}}..}}}}}...,))}}|}}}},}|}.}}}}}}}}}.}||||||,{{.(((((...))))).((....,},||||||...{{{((({{,...||||||||,..............{,{(({(({.{{,{{{{,,{{{.{({{,,....}}.)))},,,{{{{.{{{{{...{{({{.{{{.{{{{.{({(((((((((....|}|||,,,{.{{..({,{({{((((,,.{{{{{,.||||||{..,{{,.,,|{,{,.{{{|,.{{,{,,.,({({(,(,{{.{,,,...((((..((((((......))))))...))))))))|}|||||.||,,|||.{.,.....||}}.,}}.})))}}},|,|||}|}||||||,,..}}}}}}||}},,,||,(((((((..((......))..)))))))......{(({,(((((({(({{{((((,...,}}||(((((((({((((((((......))}..))))){,((((.....)))),..})))}}})))..,}},|}}||.{{{,{{{({{{,{{,....,{,(({{{{(((((,{{{..((.(((((((((((.....))))))))))).)){{{.{{.(({(((......,||,{|||}|,||||||{}|||||{({,,{.,..,,{|{||||||}..,((((((((({{{{...|||{{..|,|,|}|{|||,|||,}.{((((....((((((.((((.,(,((((((.....)))))),),.))))..))))))..))))}..,,,...}|}|}..{({(,(((.(((((,,(((((((((.((((.,,,,..((((((....))))))...,{{{((({...}))}...|}||((((((.(((...,,.((((((((..(((..((...(((((.(((((((...,{,{(((,({{{{,{....{|,,}}}.,.||}}|||{{{((({((((((((((({{,..((((((((((((....(((((.,,....{(((((((((({{,{,........||.||...)}..........{{({..,,|,{(((......)))},((((((..{((({{(((((((({{((({,{{(((((,({({,,,.,{(((((((....))))))},..{.,({((,,.,,,||}|,,..{((((({...,)))))|((((({{(.,....{{{{||{(((((.{((((((({,(((({.((((((((((..{{.((((((....(((((....)))))..)))))).||{{{((.,{{||,{{{{,(((((((.((.......}})))},))).........{(((((....}))))).,}}}},,))}})})}))}..)))))))))).}))))|,({(,(({.((({((({.(((,...|||,,,,|||,,.....,,.|||,..}}}}}},}||)))}.,))}))))))|.((((....)))).})))))))}.))))))))|||.|,}}})))}},.......,........)))}}.))))),,,},)))},,,))))))}....})}.,}))))))))}..))))}}}{||.,,||,...........|||{{....}}|,...{{{.,(({|{{(({,..,{{((,.....,,))))..,}},,|{|{{|......)))}}|.,}.}}})))}})},.....{((((({((((((......)))))).(((((......)))))............,{{{,,{{{{.{,(((.(((((....))))).))).},))))},..}}((((((.......))))))...............,,...............,,....})))))},))})))}}))))}}))))))),.......})..)))))..))))))))))))...........))},..))))))))))))))))..,,,,||||||,.,,...}}}),}}))}))}..))))))).)))))....))..)))..)))))))).,)...)))))))))..........)))),,}}})))))},,})}||},))},}))}}}}.,.|||}||||||}|||.||.}},.{{{(((((((((...||{{|,,{{{,,,.((((((....))))))...}},,}})),,,.(((((((.....(((((...)))))......)))))))((((((,....,).)))))...........)))))))))}},.,.|||...((((((((..((((.....)))).)))))))))))}}}}}),})))))))..,}}.},,))))))...,.}))|))),))}))}}}}})))))))}|{{{.((((({{..,..{{(||..,||}(((({,,(((((((.(((((({,,.,,||,,,,,|((,,,|,||..(((,,{{|||{,,,,|,,|||{{,||||{,|||,,.,|}}}}{{{{|,.{(((((.((((((((...{(((.......}}})((({{.........}},||..((((((((((.(.((((((....)))))).).)))))))))).{{,{,.{,,......,,..,,,..))))...{(((({.((((((............))))))...).))))){{........))..)))))))).))))))}}}},,,.}}}}|......||,...{(({....)))))))))})))))))))})).(((((.((((....)))))))))...((((((((..{{((((((...)))))).}}..)))))))).}))))}).))),.,|||,,}..,,}}}))))})}}}..,..,|||{{((((...{{(((|....,)))))),.)))))))})})}}}}}}})})})}),)}},)}}}})),)))}}||||||.....,,,,,}}}}}}}),....})),}}))}}||||||||{(((((({.,,,(((((((....))}})))}(((((((((((((({...})))))...(((...))}......))))))))),}}}}}}.,,.,}}},.,,,,.,,{{{{{{{{{{|.{{((((...((((....)))),,..|||}},..||}.||||({{{{(|{|{{,,({,,.,.,,,,.,)).)))))))})))))))))||.((((,...|))))..,},,,,||||,.....,..|||,||||,}}}}))},|||||..,}})))))}||||||.....((((((((.((((((.{{..(((((,{{...(((((.((..,.{(((((.....((.((((..,.(((((((((...(((((............(((((((.....(((((.....((((.{((......))}.))))....)))))...)))))))............)))))..))))).)))),..)))))))))))}.,}})))))||||.{{..(((((((((..((((...))))..))))....)))))..}}}},,......|||{........))}).)))))..}}.))))))...))))))))...,,|}}}}}..,,.........,{{{{,{{,||,,,...{{{{(((((({{......,)))))}.....}}}}))......}}}|||{{{,,...(((({...})))),,,}}}}}|||,}}...|||(((((.(((,({,.{((.({((((((((...)))))))).)),)))))))).}})))...{{{,.,,}}}},))))((((({,({,((((((((((((...........))))).))))))))}.).)))))...|||||..,||{,....}|||((((((((((((((((......))))))))))))))),...})))}},,)))},))}}))}}}}....})}))).,..))))))))))))))....,))..,))))))).....))))...,.((({...}))).,......((((((.............)))))).)))))...)))))))).).))))...........)))))))))))).)))))),,...,....))))))))...)))).}}..,,...))))))))))......,,))).})))))))))))........}})}))))))),..........}})))))))))))..,{{.(((..((({{{{(((((....((((((((.....))))))))((({{{....)))))),{({{..{{,((((((((((.(((((((,.,,{..{{,.,,....(((((({{{,.(((((((({(((((........))))).})),,)))))...,.,,||}}...,}}|||||..,,,|{{...))),,.((((({..(((((((((............(((((((((....))))),,.,,((((...((((.........))))))))....,|.,,.,,,..,|,.|||,..{|||....}}||.{((((,((((({.,........).)))),)}.))))}....))))...........))}.))))))}))))))))}}})}))))))))))).)))))),}..}}}},.))))))))))).))).}}}(((((({..,(((((....))))))))))))}))))))))))},,,.,,,,,,..{((....))}((((((({...}))))))).......,..((((.{{{.||,|{,,.,,,...,,.,}}}}}}}}.}}},||||,.||,,.....(((.(((((((((..((((((........(((((((((((((..(((({..........,.....(((((((((.(((((.,.(((((((((.(((.(((...{{.{....).))....))).))).)))..)))))).....)))))))))))))).}))))..))).))))))))))......)))))).))))).)))))))..((((......)))).....}}}},,,))))))},......(((((((((.((.((((((((((((((.....(((((((.........,,,(,(,,...,}},,..,})))))))))....)))))),,..(((...((((((((.......,,{,.{,,..,.,}}.......(((.....)))....,....(((((.{((((((((,...((........))..))))))))).)))))............{({{{(((((.(((({,(((((((((((.(((.((((...{.((((((((({,(((({...(((((......)))))....}}})).,,|.....}|....((((((((((,...((.(((....(((((......((((((({{{({.((({....}}}}....{{{{{{..,.(((((((((((..((.({(((((((.(...((.((({{(((..(((({{{{((((((,...,((((((((....,({,....}||.(((((((.(((......(({.(((((.....{{....(((((..((((.{,...,}))))..))))),.}}))))).}))))).)))))))...,,..........({(...((((((((......))))))))...))}.......,,.,,.},.)))))))))))))))...,,{((((((..{(((((....)))))}...))))))),.,)))))).))))))).))...).))))))),,..))..},..))))))))).}.,|}}}}},,,...}))))))))))...)))))....)))}),,,,)))))))))){{,(((((((..(((..,.((((((((.....)))))))).,..))).)))))))}|((((........))))}.(((((,,(((((.....))))))))))).})))))))))).}((((.((((...)))).))))((((....)))))))).)))))).))))))....)))))))..))).)))))}.)))))))),}},,..}},.........)))).)))).)).))..,,,)))))))(((((((((.....)))))))))...
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001322900.2 | GUGAGAGAGCGUGCCUGCCCGCCGCACACGGGGCUGGUUUCCGGAGUGC… | 6521 nt | 0.4475 |
| NM_001352440.1 | GACUAGUUUUACUUAUUGGAACCGUCUCUAGCUGGUGCUCGGUCCUCCU… | 7598 nt | 0.4658 |
| NM_001352441.1 | GACUAGUUUUACUUAUUGGAACCGUCUCUAGCUGGUGCUCGGUCCUCCU… | 7493 nt | 0.4639 |
| NM_001352442.2 | GACAUUGCAAGUUGGAUGCUGUGAACACAGGUCUCAUGCUUUCAUCUCC… | 7216 nt | 0.4555 |
| NM_001352443.2 | GUGAGAGAGCGUGCCUGCCCGCCGCACACGGGGCUGGUUUCCGGAGUGC… | 6851 nt | 0.4526 |
| NM_002313.7 | AGAGAGAAUUGUGGGGCAGCACCGCUCCUUGGGUCCCCACUCCCCAUUU… | 7560 nt | 0.4598 |
| NM_006720.4 | GUGAGAGAGCGUGCCUGCCCGCCGCACACGGGGCUGGUUUCCGGAGUGC… | 6824 nt | 0.4508 |
Showing 21 to 27 of 27 entries
Summary
This gene encodes a LIM zinc-binding domain-containing protein that binds to actin filaments and mediates interactions between actin and cytoplasmic targets. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Jun 2017]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
