Basic Information

Symbol
ZNF609
RNA Class
mRNA
Alias
zinc finger protein 609 KIAA0295 Zinc finger protein 609
Location (GRCh38)
15:64460578-64686068 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_015042.2
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_015042.2
Sequence length
9006 nt
GC Content
0.5258

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-3158.8 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -3310.28 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2279.16
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....((((((...(.((((.(..((.((.(((.(((.(((((.((...)).))))))))..))).)).))..).)))).)))))))(((.(((.((((((((((((.((((((..((..((((..(((....)))..))))(((((((((((((((.((((((.((((..((.....)).)))))))))).......(((.((((((((.((((..(.(((((((((.((((.(((..(((...)))..)))..)))).)))....(((((.((.(((.(.(((((........))))).).)))..)).)))))(((....))).............)))))).)..))....(((((((...)))))))((((((((........))))))))...)).)))))))).)))(((((((((((((((.......(((.(((..((..........(((((....((((((((((((....(((((((...(((((((.(((((.((.....(((((..((.((((......))))(((((((((((((.....(((((((((.....(((((((.(((.(((....)))...(((((........)))))....(((((.((((((.((((.((((((................(((....)))....((((((.................))))))(((((....))))).(((((...)))))((((((((.(((((..((..(((((((..(((((.((.....)))))))..))).....))))..))..))))))))))))).(((.(((((((....((((((..((.....))....)))))).((((.....))))..........((((......))))...............(((.((((....)))).)))........((((.(((((((...(((((.(((....((((((.(((((((...((((.((((..(((((((((((((.....((..(((..((((((.((((((((....((((((((((((((..((((((((.((((((((...(......)...)))))))).(((((((.(((((((((((((((............((((....))))((((........)))).....))))).)).((((...((((....))))....)))).......)))).)))))))))))....(((...(((((((.(..(((((....)))))..)))).))))...)))(((((((....)))))))))))))))...((..(((((((..(((.............((.(((((.....(((((..(((..(((..((((((((((((((.((...((((..((.(((((.....((........))....))))).)))))).)).))((.((((((...(((((((((.((((....(((((.(((.((..(.......)..)).))).)))))(((((((....((.((..((...((((........))))....))..))))....)))))))......((((((((.((.((((..(((...((((((.(((.((((...((..((.((((.(((((.(((.((..((((((((((...((..........)).))...))))))))..))..)))..)))))(((((.(((....)))((...........))...((....))((((((.....)))))).)))))((((....))))...(((....))).........)))).))..))...))))..))).))))))......((((..((((((((..((((..(((......((((..((((....(((.((((((((((.((..(((.........)))....((.(((((((((.(...(((........)))...).)))).....)))))...))..((.....)))).)))))))))).))))))).))))......))))))).))))....))))..)))).....)))..))))...)).....))))))))(((((((.(((((((((((...............(((((((((((.....((......................))......)).)))))))))....)))))))))))..)))))))))))))))))))).....)))))).))((((((...((.(((.(((...(((.((((.(((...(((....))).))).)))).)))...)))...........................((((......)))).....((....))..))).))..))))))......))))..))))))))....)))...)))..)))))...........))))).))....)))..)))))))..))...)))))))))((((((..(((((((((((...(((((....))))).((((...(((...........(((((.(((..........)))..))))).....(((((.(((......)))(((((........)))))..........)))))..........((((....))))..((((.((....))))))..)))...))))..)))).))))))).))))))(((....)))..((((....(((((...)))))....)))))))))....)))))))).))))))..)))..)))))))......((((((((.((.(((((((((((((..............)))))).((....((((.((((........)))).))))....)))))))))...............((((((((((..((((........)).))..)))...)).))))).)).))).)))))............))))))....))..))))...(((((((((.((((.((((...(((((((((..(((.(.........((((((.((((((((.((((..((.((((..((((....))))...)))).))((((((((.((...((((...((((........((((.((((((....)))))).))))))))...))))..)).))))))))(((.....)))((((((((..((((((((((((..((((..(((((((...((((.(((((.....(((((((..((((((((((.(((((......(((....)))...........((((.(((((((((((((((((((((((((....)).((((.........((((((((((((.....(((((.(..((.(((.(((..((((.((......)).))))((...(((((..............))))).))........))).))).))..).)))))((((((((((((((((((((((((((((((((((((((..((((((.(((.(((..(((((((.((((....(((((((((.((((..(((((......)))))........((.(((((.(((............((...((((((.((((.((((.((((((...))))))......((((((((((.(((((((((((..(((.(((.....(((((((............)))))))...........((((((((((((......)))))....((((((((((.(....((.....(((.....))).(((((...)))))......((((.((.((((((.((.(((((........((((....(((((.(.((....)).).)))))....))))((((((....)))))).((((((....(((.(((.....))).)))..)).)))).(((((((((.(((((.(((.........((.(((..((((((........)))))).)))))..(((((.((((.((((..(((((.(((((........)))))..........(((..((.(((..(((.((.....))))))))..))..))).))))).....)))).))))))).))((((((...(((.....(((((((.(((.((((.....(((((((..(((((((..((((((((((((((((((((.(((...(((((((((.(((.((..(((.....(((((....))))).................)))..))))).))))).))))))).)))))).....((((.....)))).....(((((((.((((((((.(((......((((((((((((......))))).)).)).)))....))).)))))).))..((.....(((((...((.((((......)))).)).)))))....))..)).))))))))))))))))))))))).))).)))))))....)))).....))).))))))).....)))))))))..))).)))))...)))))))))....))))).)).))))))..)).)))).....(((((((.(((((...((((...)))).)))))............(((((((((((.........)))).))))))).((((.....))))........(((.(((...((((((...)).))))))).)))..)))))))...))....).)))))))))).)))))))..(((.....))).(((((((....((((((((....(((((((......))))))).........((((((((((........)))....)))))))...)))).)))))))))))(((((..((((((.((.(((((.............)))))))))))))..)))))..............(((((.((((((((((((((.......))))))))...)).))))))))))))..))).........(((((((((((((((......)))..))))......)))))))).))))))))).)).))(((((.......)))))((((((........))).)))......((((((((...(((((((.((.(((..(......)..))))).)))))...................((.(((.((.((((...((((..((((...))))...))))....)))).)).)))..))................))...))))))))(((((((.(((....)))))))))).((((((((((((.((((....)))).)))))...(((((..........)))))...((......))....)))))))..(((....)))......))))))))......)))).)))).))))))..))((((((.(((((((.....((((((.((.....))))))))..))))))).))))))..)))))))).))(((..((((...)))).....)))...).))).)))))))))....)))).)))..))))))).)))))))))......((((((((........)))))))).(((((((.((((((..((((((.(((((((.((((((((((....))))..)))))).......(((..(((((.((.(((((((((((((((((.((((((((((((((((((((...))))..(((((..((..((((((.((...(((.((((.((((((((.(((((.((.(((......((((((.((((....))))....))))))..(((((.....(((.(((......((((((((((((((...((........(((((((((..((((.((...(((((.((((((.......))))))...))))).....)).))))........)))))))))(((((((.........)))))))................))...))))))).....)))))))))).)))))))))))..)))))))...))).........)))))..)))).))).))))))))..))..)))))...(((........)))....))))).))))))))))))))))...)))).......)))))))).)).)))))))).(((((((((((..((((.(((...(((.((((.(((((...(((...................)))..))))))))).)))....)))..))))..)))).)))))))))))))))))).))..)))))).)))(((((..(((...(((((.........)))))...))).))))).....))))....((((((((..........(((((...((((..((((....(((((.(.(((((((...(((((((((((((((((......((((....(((((....)))))......))))......))))))))))).................)))))).)))))))).))))).....(((((....))))).....((((((..((((........(((((................(((((((..(((..(((.((((((((((.(((.((.(((((((((.......(((((.....))))).((((((((((((...((((.............(.(((((((((......).)))))))).)......((((.((...(((((...)))))....)).))))(((((....)))))..(((((((((((...((((((...(((...((((((....(((((((((((....))).)))).))))....))))))..))).))))))...)))))((((.......))))...(((((((.(((......))).)))))))...................))))))))))....))))))))))))((((((.....(((((.........((((((((((....................(((((......((((((.....(((...)))...)))))).......)))))((((((.((((((....))))))......((((...)))).......(((.(((((.((((....((.(((((((((.....((((...(((((..(((.(((...))).)))..))))).........(((.((.((((........)))).)).)))..(((((((((...))))))))).....))))......))))))))).))...)))).))))).)))....)))))).................((((((.....((.(((......))).)).....)))).))))))))))))..)))))....)))))).............))))))))).)).))).))))).)))).).)))..)))..)))))))((((.(((........))).)))).))))).((.(((((((((((((((((...................)))))))))...))))))))))............(((((((((((((((....)))))))).........((((((((((....))..............(((......))).............))))))))(((.((((.((((..((((.((.(((((...))))).))..))))....)))))))))))..))))))).(((((((.(((((.......((.((((((...((((....)))).....((((....)))).......................)))))))).......)))))..))))))).))))))))))....((((((.((((....(((((.........)))))....................((((((...)))))).)))).))))))))))..))))..)))))......(((((((.........)))))))..)))))))).((((((((.((((..(((..((.((((((((.......((((((((((...)))))..))))))))))))).)).)))..)))).))))))))..))))))))))).))).....))))...)))))))..))))))).........((((.....))))))))))....))))...))))))))...((((...))))......((((((((((((....))))))))))))....)))).((((((((((((..........))))))))))))........(((((...))))).....(((....))))))))))))))).........)))))....)))))).))))...))))))))..))))....))).)))))))))))).))))..)).)))))..))))..)))).....((.......)))))))))).)))))))).)))).))))))).....).))))))).)))..)))))))))..)))).)))).)))))))))..(((((((((.((((...)))).)).)))))))...))))...))))))).))))))...(((........)))............))).)))))..))))))).)))).))))))).))).)))))).)))).))))))))))).(((......))).......)))..))))))))))))))))..))))))).)).))))..........((((((((((..((.(((((((.((.....))..)))))))))))))..))))))))....))))))).)))))...((((((...)))))))))))))..)))))))..))))))...)))))).....)))))))..)))..)))....(((((..((..(((.((((((.(.(((............))).).)))))))))..)).)))))..((((((....))))))))))))...)))))))))...)))))))).))))))).......))..)))))).))))))))))((((..(((((((......(((((((................)))))))......))))))).)))).)).))).))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,((((((...(.((((.(..((.((.(((.(((.(((((.((...)).))))))))..))).)).))..).)))),}))))))(((.(((.((((((((((((.((((((..{({{((((..(((....)))..))))(((((((((((((((,((((((,((((..{{..,.|))|))}|||||||{{.,..||||.|||}}||{|(((({({,{{||||||,|,{(({(({,{({(|,||||||{||||||||,|||.....,||{{(((,,,|||||,{,.{{{.{{,..,))))})}}}|,,,.,,.|((({...|||,.....,}...||}||{{{{|,{{{....{||||{,.,|||}||||((((((((........)))))))).,.,},}}}}}})}})}|(((((((((((((((...,...(((.((({.......},,,.|||||{.,,.{{{(({(((((({{{.(((((((,{,(((((((,((((,.,({,.,{({{....||.||||,{{{..||||,,,{({({(({||.....(((((((({.....(((((({.,(({(((,...||,..,(((((........))))),|..(((((.((((((.((((..((((({,,,{{,.........(((....)))....,((((.......)))}.{{,,.((((((((((((....))))|,(({((,,.}}}},((((((((.(((((..{{..(((((((..(((((,({.....}))))))..))).....))))..}).,)))))))))))))..,,{(((,,{{..{.((((((..((.....})..,.)))))).|(((.....))),..,|||..,.((((......)))).....}}}}.}},,}...})))))))..,}}}}|{,{,...,.{(((.(((((((...{{{{{.{{{.,.,((((((,,(((({(,((((,,.((((..{((((((((.((......,.(((((((...((....))...))))))),(((((((((...))).))))}}((((((((...(......)...)))))))).(((((({,(((((((((((((((............{(((....)))|((((........)))),....))))).)),((((...((((....))))....)))},,.....)))).)))))))))))...{((.{{{(,,(((....}||,}}}}.})),||{{{|.{{{{{{{{,|||(((((((....)))))))||,{,(((({,{(,{(((((((.,(((,,,..{{{({...,,,|,|||,...,{(((({{((...,,{..(((((((((||{((,{{...{((,..{(,(((({,,...{{....,,..}}.,,|)))}}.,)}))),,}.,}|{.(({(((,,.(((((((({{(((({...(((((.(((,{(.,{,......},}),.})).)))))(((((((....((.((.,((.,.{(((........)))}....}}|.)}))....)))))))...,..{(((((((.{,..,,|,.,|....((((((.{((.((({.,.((..{(,{{{{.(((((.(((.((..((((((((({...{{......,,..}}.}}..,))))))))..))..)))..))))){|||{.|{|....}}}((,.........}}||||||,.,.,,((((((.....)))))).}}}}}((((....))))...{||,,,}}}}.........}}||,|},.}}...)))),,}}}.)))))),....,{{{{,,{|,.,{||}}|{{{|{{{..,|||}|||{,,{{|{,,..(((.((((((((((.({...{(,,........}}....{{.((((,((((.{...(((........)))...}.))))...,,))}))...}}..|{,,...,))).)))))))))).)))},||{|||}......}))))}.{||||.,{.,}})}.)))),..||,}},,))))}.........))))))))(((((((.(((((((((((.........,,....((((((((({(.....{{.............,........))......)),}))))))))....)))))))))))..))))))))))))))))))))...,.})}}}}.}}((((((...{{.{{{.|{{||,,{,.{{{{.{{{...(({....})).|||.}}}|.,}}},,}})},},}}}},,..................,,,..,,,.}}}}....,||,,..,}..))).)),.))))))....,,)}}}})))))))))..}))))}}}),}..,},}............,,}}},))....}}}..)))))))..,}).))))))))})|(((((..(((((((((((...{((((....))))).{{{{...{{{,,....,,...{(({{.{{{,....,,...}))..}))))..,..(((((.,{{{{....,||{((((........}}})).,,.|,....}}}}}.........{({{({,..,|(((,,{{..{|}}},,))))),}))}...})))..)))).))))))).)))))}(((....))}...,,{((({..,,{{{{({(.{(((.....((((((((((((.,....,((((..((((.((........((((....))))........))))))))))}....,.......,,,,...((......,,,,.))))))))))))((.(((....))).)).............,}}..)))},.,))))).}}}})}}}))))),}))))).{,.,.((((((....))))))..}}....,...)).)))))))....})..)})}..,(((((((((.((((.((((...(((((((((..(((.(.........((((((.{((((((({(({...({,((((..((((....}})),,.,)))})}((((((((.((...((((...((((........((((.((((((....)))))).))))))))...))))..)).)))))))),|.,,,,(({.((((((((..((((((((((((..((((..(((((,,...((((.(((((.....(((((((..((((((({((.(((({......{((....}}}..,{{.({...((((.(((((((((((((((((((((({((....)).{,{(,........((((((((((((.....(((((.(..((.(((.(((..{(((.((......)).)))}(,,..(((((..............})))).})........))).))).))..).)))))((((({(((((((((((((((((({{((((((((((((,.((((((.(((.(((..(((((((.((((....(((((((((,((({.,{{{{{..,,..|||||{,,{{....},,{{,..|||},,....,,,..{{...((((((.((((.((((.((((((...))))))....{,((((((((.{{((((((,(((((...))))).....(((((((............)))))))...........((((((((((((......)))))....((((((((((.(....((.,...(((.....))).(((((...)))))......((((.((.((((({.,({({(((((.(((({(({{....(((((.{.((....)).|.))))).,,,}}}|,|||{,....}))))))))))).....(((.(((.....))).))).,,,.(((.((((((((((.(((((.(((.........((.(((..((((((........)))))).)))))..(((((.((((.((((..(((((.(((({..,,,,..|||}|.,,.,...,,({{..||.{{{..(((.((.....)))))))}..}}..))).))))).,,,,)))).))))))).))((((((...(((..({.(((((((.(((.((((.....(((((((..(((((((..(((((((((((((((({,,,.{,((((({{(((((({(.((((..({{{{....,|||}}..,|||(((({.({((...{{{{{..{{{{.,..{||.,...,)))...)),)).}}}}}.}}}}..}})))|,,,|,|,{,.,,.||{|({{{|||.....,.{||,,||||||{.....,)))})})))))))))))))))),,}}},}..,..,|,,.{{(((((..{((,,(((......)))|{{|..,.)))},}))}.))})))),)))))))))))))))))).))).))))))).,,.)))).....))).)))))))})...)))))))))..))).)))))...)))))))))}).)))},..)))),})))}))).)))).....(((((((,(((((...((((...)))).)))))............(((((((((((.........)))).))))))).((((.....)))).......{((({{((.,,,.,,.....)),)))))),.,},..)))))))...))....).)))))))))).))))))).)))))}}..,,..(((((((....((((((({.,..({(((((......))))))},,.......(((((((,|{..,.....}},.},.)))))))...,))).)))))))))))(((((..((((((.((.(((((.............)))))))))))))..)))))..............,{(,.{((((((((((((((.......))))))))...)).)))))}})}|||..|{|......}}.(((((((((((({((......}})..))))......))))))))..}}},||||{||{||{{{,,}}}}}.}))))}{{{(((.,,,....))).)))......{(((((((...,,(((((.((.(((..{......)..))))).)))))...................{{.(((.((.((((,..((((..((((...))))...))))..,.)))).)).))).}),.......,,,..,,..})...)))))))}(((((((.(((....)))))))))).((((((((((((.((((....)))).)))))...(((((..........)))))...((......))....)))))))..(((....)))......)))))))).,,,..)))).)))).)))))).|||((((((.(((((((.....(((((((((.....))))))))..))))))).))))))..,,,,||||{,.({....,,,.}},,))}))}}}.....},))).)))))))))....)))).)))..))))))).))))))))).,....((((((((........)))))))).{{({(((.((((((.,((((({{(((((((.((((((((((....))))..)))))).......,,,.,(((((.((.(((((((((((((((((.((((((((((((((((((((...}}}}..{{(((..((..((((((.{{...(((.{{{{.((((((({.{{{{|,||,{{{,..,,,((((((.((((....))))....))))))..(((((.....(((.(((..,.,.(((((({(((((((.{,((,,..,,,,(((((((((,{(((({((,...,{{{.{(((((,,,,...||}|}}.....}))}}}},})})))}}}}})}},))))))))}{((((((.........))))))}....,,,,.,......,},..})))))).....}))))))))).)))))))))}}..||||}||...}}}.....,,}}}))))..)))}.))).))))))))..))..)))}).,,,,{,,,,,,,,)))}...))))).)))))))))))))))}..})))}......,)))))))).)).)))))),,.{((((((((((..((((.(((...{((.((((.{((((...{{,..,{..{{{{.{,.....})))..))))))))).))}....)))..))))..)))).)))))))))))))))))).)),.)))))).)))((((({.(((...(((((.......,.)))))...))).))))).....))))....((((((((...,,....{(((((,.,(((({{({......(((((.{.(((((((...(((((((((((((((((......((((.{{.(((((....)))))}}....))))......))))))))))),................}))))).)))))))).)))))...,.(((((....))))).,...((((((..((((........{{(((,{,,......,.....{((((((..{,{..(((,((({{{{|||,|||.((,(((((((((.,.,...{((((.....))))}.((((((((((((...((((.............{.(((((((((......).)))))))).}......{(((.((...(((((...)))))....)).))))(((((....)))))..{{{{{{(((((.,.((((((..,({,...{(((((,...(((((((((((....))).)))).))))....)))))).,))}.)))))).,.))))){{{{.......))))...(((((((.(((......))).)))))))...........{{{{{...))))))))))....)))))))))))){(((((,.,,((({{({{,,{{{{{(((,{{{,,,.}}}.,,},,.........,{{{{{......{{((((,,,,,{({...,}}...}}}}}},,.....}}}))},}))}}|{((((....))))}((((.....)}}}.|))||||,..,||{,{{(({.((((,,.,((.(((((((((.....((((...(((((..(((.(((...))).)))..))))),,{,,....|||,||.((({,,,,....}))),}),}}}..(((((((((...))))))))).....))))......))))))))).}),..}))).|||||,||}.,,{,,.....................||{|||.....||,{{|....,,))),}},....,}}}.}}.}}}}))))}.})}),,}}}}))))}}}}},,}.....,.))))))))).)),|||,|||}}.}})).)})))...))))))))))}((((.(((........))).)))).}))}},((.(((((((((((((((({...................}})))))))...))))))))})............(((((((((((((((....)))))))).........(((((((({,....,...............(((......})).........,..,))))))))(((.((((.{(((..((((.((.(((((...))))).))..))))....)))})))))))..))))))).(((((((.(((((.......((.((((((...{,((....,))){{{{.((,,.,{,||}}.....,}...},,}.}}.})}}.)))))))).......)))))..))))))).)))))))))).},,{{|{({|{{{,.,..(((((.,......,)))))...}}}}},,,..,}}}}}}}}}|||}|{(((((((.|...|{{||{{......,,},,))))......}))})))|,...{{{..,,,,,))}.)))))))).((((((((.((((..(((..((.((((((({.......((((((((((...)))))..))))))))))))).)).)))..)))).))))))))..))))))))))).}}}.....))))...)))))))..))))))).........((((.....))))})))))....))))...})))))))...,,,|...}}}|{{{,,.((((((((((({....))))))))))}}.},,,,,,.((((((((((((..,......,))))))))))))........{{{{,...})))}....,(({....))))))))))))))).........)))))....)))))).))))}}.)))))))),.))))..,})),.)))))))))))).))))..),.)))))..))))..)))).....((.......)))))))))).)))))))).))),.))))))).....,.))))))}.)))..)))))))))..)))).)))).)))))))))|.,{{{(((((.((((...)))).))}}|})}}||..,,|,..,}}}})))})),))),..|||,,..,...}}}..,,,..,|.,.}}}.))))).,)))}})).}))}.}))))}}.))).}))))).)))).))))))))))).{{{......)))...,...)))||}))))))))))))))}.,}}|||||,,.....,...,,}}},,((((((((((..((.(((((((.((.....))..))))))))))))}.,))))))..)}}}))))))..))),}...((((((...))))))))))))),.))))))).})))))),.,)))))},,,,.}}))))},,,.,..))),,..(((({..((..((,{((((((.(.(((............))).).)))))))))..)).)))))..((((((....)))))))))))},,,)))))))))}.})))))))}.))))))).......))},)))))).)))))))))),,,,.,|{{{{{(.....,(((((((.....,..........}))))))....,,))))))}.}))}.)).))).))).....
Summary

Predicted to enable promoter-specific chromatin binding activity. Involved in regulation of myoblast proliferation. Located in nucleoplasm. [provided by Alliance of Genome Resources, Nov 2024]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image