Basic Information
Symbol
CADPS2
RNA Class
mRNA
Alias
calcium dependent secretion activator 2
CAPS2
Ca++-dependent activator protein for secretion 2
Ca2+ dependent secretion activator 2
calcium-dependent secretion activator 2
CAPS-2
Ca++-dependent secretion activator 2
Ca2+-dependent activator protein for secretion 2
calcium-dependent activator protein for secretion 2
KIAA1591
Calcium-dependent secretion activator 2
Calcium-dependent activator protein for secretion 2
Location (GRCh38)
7:122318411-122886779
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_017954.11
Sequence length
5768 nt
GC Content
0.4209
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1631.3 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1740.49 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1655.42
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...................(((.(((((.....((((.((((.((.....)).))))))))))))).)))((((((((((.(((((((((((.(..(((....)))).)).))))))))).))..((((((.......))))))(((((((((..((....(((((((((.(((....((.((((..(((((((....)))))))..)))).))...))).)))))))))...(((((((.(((((((((((((((((.(.(((....))).)..)))))))(((((.(((((((...(..(((((((.((.....)))))))))..)..((((((((((....)))(((((..((((.(.((((((...)))).)).).))))..)))))..((((((.(((((...((((.........))))...))).)))).)))).(((((..(((((.((((((((((......(..(((((((((((..(((..(((.((((...))))))).))).((((....)))))))))))))))..))))).))))))...(((.(((.....((((((((.(..(((((((.(((((((..((((.(((...(((.((..(((((((....)))))))....(((((...)))))............((((........))))....((((((((........))))..)))).....((((((..(((((((((((((.(((.........((((((..(((((.......((((((((((.....((((.......)))).....)))))).)))).......))))).....((((((..((...))..))))))(((((((((.............((((((((..((((((.((((((.(((((((((.(((.......))).)).....((((((...(((((........)))))....))))))..(((.((.......)).))).((((......))))(((.((((........)))).)))...))))))))))))).))))))..)).)))))))))))))))))))))....((((((....))))))........))).))))..........................((((...))))(((.(((((((.......))))))))))))))).))))))))))...)))))...))))))))))))))...))))))).).))))))))))).)))..((((((..(((((((.((((((.....(((((.......))))).....))...))))...))))...)))....))))))...)))))..))))).....)))).)))..((((.((((((.(((((((......))...)))))....))))))))))))))))).......((((((((((((((((...........)))))..(((((......)))))..........((((.......))))(((((((........))))))).........)))))))))))...............))))).((((.(.((((.......((.........))...(.(((((...(((((...(((((((((.((((((((.(((((((....((((......)))).((((..((((..........))))..))))((((.....((((((((.((((((((........))).......((.((((((((((....((.(((((.....))))).))....)))))))))).))((((((.((((((((((.(((...((((((((((..(((((((.((((((.((........)).)).))))..)))))))..)).((((.....(((((((.((((....................(((((..((....((((((((((((((.....((((.....)))).....)))..)))).)))))))....)))))))...((.((((((((...(((((((.((((((......((((......)))))))))).)))))))....))))).))).))(((((((.....)))))))...(((.((((((.(((((...........))))).))))))..)))((((((.....(((((((((.(((((((((......((((.....(((((((((.....(((((((((......)))))...))))(((((.((((....((..((((((....(((((((((((.(((((((..(((((((....((((((......).)))))))))..))).)))))))...((((...((..(((((((((...(((((...(((((((.(((((((((.((..((((((...(((((((((.(((((((((...(((((.....(((.(((....))).))))))))(((.((((.((((((...((((((.....))))))))))))......(((((((((((((..(.((((.........))))..)..)))))).....)))))))((((........))))..........(((......((.....))......))).)))))))....((((((((((((((((((((.....((((....))))...))))))))..((((((((.((.(((((.((......)))))).).))))))))))....))))......))))))))((((.........))))(((((.(((((((((...((((((((.....(((((........))))).....))))))))(((.(((((.((.(((.((((((((((((((((...((((.(((.....(((((((.....(((((((.((((((.(((.....))).))))))..(((((((((((((((((((......(((.((.((((((((((.....((((((((...(((...((((((((.(((((((.(((((.(.(((((((((((.((.((((...((...))....)))).)).))..))))..))))))))))).)))...(((((((((((..((((((((((............(((((......)))))...(((((.....((((.(((....)))))))........))))).........(((((((.(((((...((((.(((((((((((......(((((((((....(((..(((((.(........).)))))..))).......)))))))))....(((.(((..(.((((....((........))))))..)..))).)))....)))))))))))...........)))))))))..)))))))..(((.((((............)))))))(((......)))..((((........)))).)))..))))))).)))))...(((..((((((..((((((((....(((..((((((((((.(((........)))))))))).))))))..))))))))..((.((((((((((((((.....((((((..(((...((((((((.......))))))))...))).((((.....))))..))))))....))))))))....)))))).))...))))))..)))))))))..((((((.((((((.((((((........((......))........)))...))).))))))))))))....((....((((..((((.((....)).))))....))))...)).))))))))))))...))).))).)))))..))))))).....))).)).)))..((.(((......))).)).....)))))))).))))..)))))))))))))))).)))))...))).))))...........((((((..((....))...))))))..((((((....))))))......)))))))))))))).(((((.......(((((((((((((.(((........(((((((........)))))))....((((........))))..))).)))))))))))))........)))))(((((....((((((((((((((((.......)))))))....(((((..(((......))).))))).))))))))).....)))))...)).))).))))))).)))............))))))))).)))))))))))))).)))))))))))))))..))))))))))).......((((..(((((((((((.(((.((((..(((.((.((((.(((.(((((((....)))))))......(((......)))....((((((...))))))....((((((........))))))((((((((((((...))))))))))))))))))).)).))).)))...(((((((..((.......))..))))))).......................).))))))))))))))(((((......((((..((((.(((.........)))..))))..))))....)))))........))))..((((......))))(((...((((((...((((((((...(((........)))....)))))))).))))))..))).)))))))..))))))))))).)))..))....)))))))).)))))))((((....)))).......((((....((((..(((((...(((......))).))))).))))...)))).(((((((((.......(((((((...........)))))))((((((............))))))((((((.((((((...(((.((...(((((................)))))...)).)))...)))))).))))))(((........)))))))))))).))))))..)))))).)))))...(((((((((.(.(((.((((((((....(((((...(((((....((((((((........)))))))).....))))).(((((((((((((((((.((((....((((.((((...)))))))))))).)))))))))))))))))((((.......)))).(((((((((.....((((....)))))))))))))....(((((((..((((...(((((.....)))))..(((((.((....)).))))).....(((((.....)))))((.((((((..(((.....)))..)))))).)))))).)))))))..(((((((.(((....))).)))))))......((((.((((((....))))))...))))...((((....))))....)))))...))))))))....))).).)))))))))...))).))))))......))))......))))).)))))))))))))...))))))......))))))))))).))))..............(((....))))))))))).))).))))))))...))..)).))))..(((.((((...)))).)))..((((......))))..))))).))))))))...)))).......))))))).)))))))).))...))))))).)))))))))))......)))).).))))..))))...)).)))).)))).)))...((((((........))))))...))...)))))))))...((((..((((....))))..))))......))))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
......(((((((..,,(({((((((((.(({.{{((((({((((({{{{.,(((|||{|,,..,)))}))}),,)}}((.(((((((((((.(..{({...,}))),}).))))))))).)).,((((((.......))))))}..,,,((({{,,....(((((((((.(((....((.((((..(((((((....)))))))..)))).))...))).)))))))))}}}))}||,.,|||,|||}}.{{|{{|,,|}|}|)}}}))}})})))))))||||..{(((((((((.{{{{{(,((({,({{{{{|||||||||..,.,{{|||||,((,,,.}}}{((((..((((.(.{(((((...)))))}).).))))..)))))..|||||{.||{||.|,||{{.,,,,,,..}}}}...}||,}||}||}}},((((({(((,((.((((((((((......,..(((((((((({.,{(,..{{{.{{{{...})))}}},||,.((((....)))}}))))))))))..|)))).))))))...)),.))))}.))}}}{{{,.{({{,(((,...))).))})..|||{(({...|}|},{,..{|||{|}}|||{||||{((,,(((((...)))))..}||......{{{{........})))}|||,||{,((((........)})),|||||}.}}}}...}..))}.)))))}||}}.}}},....,...{(({({,.(((({,|,,...(((({(((((.....((((.......)))).....)))))}.})))..,.}},))))).,...((((((..||...},..))))))(((((((((.............((((((((..((((((.(((((,,(((((((((.(((.......))).)),....((((((...((((,.,{....})))))....))))))..(((.((.......)).))).((((......))))(((.((((........)))).)))...})))))))))))).))))))..)).))))))))))))))),}))))}|,,{(((({....}))))}.,,)}))))),,{{{(((({{{{,{.{{.....},}},},..{|||.,,}}}}.}}}...}}})))))...((((((((((((({.,.,|{,{{({(.....,,))}}}}},,,}.))))))...,,,,,||,{,},.,,,,|||,,}||{,{{{{{{..||}}|}}}}|}|||,},..,,,,,...((((((({.((((((((({((.{...{(((((((...(((((((((((.(((....)))....{((((((..,...,{,,..,,,.,..)).))))}..))))))}.,))))...(((({....)))))........)))))))),}..})}|(((((..((((({..(((..((((((({{{{,,,.,..........((((.......))))(((((((........))))))).........(((((,,{,.{,,......,,)),..))))).((((.,.(((,....,}}||}}.,,,{..|},,,{,(((((...(((((...(((((((((.((((((((.(((((((....{(({......}))}.((((..((((,,........))))..)))),(((..,..((((((((.((((((((........))).......,,.((((((((((....((.(((((.....))))).))....)))))))))|,||(|,{{,.(,((((((((.(((...(((((((((({.(((({{({(((((({(,,..,.{,,,|{{{{|||,..||||{{(,,|,..{||.||,.,.,|||{,{,{{|,............,.|,,}||||,..,,.,,,|||{{{{|||{,||,,...((((,...,))))..,,.},,,,)))}.))}))))}|||)})))))|,,,...{(((({{{{((((..(((((.........((((((((({((((,((((((((((((((((((.......((((((...(((((((((((((((,{,{{(.((((((.(((((.,........,))))).))))))..|||{{((,{,,,|||,}||}|(((.((((((((({.,({{({{,||||{{|||{(((.,,||||,,(((((......))))).((((.,......))))...,(((((((({{,,,{{{....{{{.,.{{{{{{{..(({{{{,...|{((((|,,....}.))))})|,.,}})),}}|||}|.,,|||,.,{{,{{.((((((((..((((.(((((((,(((,,,..{(((((,..}}}})}|,|||||,({,,,.{{{...,({,.,{{{{{.,.,,|{|,||{.,,{|||.,|||}}}}))}|,)}}}},||{{{{,((((((,,,,,|}}}})}}},,,}}}}}}||,,,{{((((((..,.{(((.........)))}..|..)))))}..,..,||||||,(({{..{{(((({{(.((,......,,,......,{.....||,,....}}|..,{|.,,.,,,.,.}))}})}}}((((((((.....(((({,..,)))}}.))))))))..((((((((.((.{((((.((......)))))).}.))))))))))(((((({{{(..{{{{(,((.{((((.........)))),..}}.)}})},.....(((((((((.....(((((........))))).....))))))))}....{{{{{{..||||,.|}},},}}})}}}))}..((((((((..,...((((.(((.((((((((....)))).((((({.{{{{{{,,,.....((((((....,}))))}....,|{..((((((...))))))..,,|})})}.})))))......)))).)))...)))),,))))))))}}|||}||{|||}|||},.,}}.,.}}}))}.,,})))}}},..}))))))}}},......,}})))))))...))))..)))))))).))..,........{((((......))))),,.(((((.....((((.(({....}))))))........))))).....,,,{({,(((({(({{{...{(({,((({{(((((((.{,,.(((((((((....(((..(((((.(........).)))))..))).......))))))))),{{.(((.,,|}}.,||||},..}},.}}}}...,))))}})..}))})))}.}}))))||{{(|{.......}}.})))))))}}},))}))))}|,|||||,,,{{{|..||||,,.,,,))))}....,,))}.,)))})),,|{{({(,{((.....)),),}),,)))}.))))))))))}.....,,}}}|},}.}),,,{{{(((((((.(((.,....,.)))))))))).)})})))))))))))))))))))))))))))))..))).))))).....(((((((((.((((((..(((((((((((...,,,{{{(.,...|}}}..|||}..{{,..,,,|}}.,,}}}}....((((((((,{((((((((((.{....((.(((((((((((..((,,..((((..,,,(((((((.({.....))..))))))),,,|{(((((({{,{{{{((((({..((((.((....}}.))}}(({((((....((({,((((((.{{((({,,..,{........,},..,}}}|,.}}}}},.}.}}}}{(,{{{.....}))).|,...{(....)))))))))(((((((({,{(.((((({{.(((({.((((,,(((,..,......{(((((..{{....}}...)))))},,((((((....)))))}...,|,.,,}}{.((((((...(((..,.....(((((((((((((.(((........(((((((........)))))))....,,{,,,,,....))))..))).))))))))))))).....,..))).)))))).)..}}}}.}}}}.))))).))))))))}...,{((((((((,.{(((((((((((((.(((.,,{{,.(((((((((((((((((((.((((....}))).)))},....,})))))))},.....|,,,,...{{{{((({{{.,(,,(((|,({{{.,,,,,,,))}}..}}},.),.}}))))))))....))))))).,,,,.|||}....,,,.}}},.}}))))))))))),}.,)))))))))))))))))),,}}}},,})))),))))))))))}.{{{{{{{{{{..{,(((((((((((...))))))))))))}||||,.{|,,,,}}},,,,...}})),.))))},)))))....)))).,,..))..))))),,))))).}}),))))))))))||(((((((.....((((.......)))),..)))))))}}......))))))))..(((.,(,.......),,)))((((......)))))))))))))))..((((((((((...{{{,......,)))....)))))))).)}...{(({........)))}..................,||...(((((....)))))..}},,,.)))))).))))}..,)))).,,{{..(((((...(((......))).))))).,},,......,{(((((((,((..{{..((((.......))))..,},,),)))))))))}}}.....).))))))))).........)))))..)))}},}}}|,}}}})}},,}}......|||{((((((((((({.|{,{,,.,,,,...,,.,...,..}||{{{{{{,{{((((((((({...{.(((.(((..(((((((((.(,(((,((((((((....{((((,..(((((.,..((((((((........))))))))...,.))))).(((((((((((((((({.{{{,.,,}|||||||||,,,}}}}}}}}}}}}.})))))))))))))))},{{{,,,,.,,))),.(((((((((.....{{{{....)))))))))))))...,{({{{{{.,{{{{{,.(((((.....))))}..{((((.((....)).))))}.....{((((.....))))|(({(,(((({{{{{,,...,}}.,))))))}).)))),,}})))),.(((((((.(((....))).)))))))......{((({((((((....)))))),}}))}}...{(((....)))}....}))))...))))))))....))),),)))))))))..))).}))..{((({......}))}}......)))))))))}.,,....,}}}||)||}},.{{|,||||....)))).))).})))))))))))}...,,.)))))))).))).)))))))),..}}.,}}}}|{{{.,((.((,..},.)),.))),.((((......))))..))))).))))))))...)})}.......))))))).)))))))).))...))))))).)))))))))),......},}}.|{|}},.....,,,{{{.||.{{{|....))))}}..))).,}....})))}})))))).)))))))))..))))),........)))))))))))).))))).))))))))...
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001009571.4 | AGUUUUCCUUUCGUUCUGCGGCCGCUGCAGCCAGCCCCGCGGCUCCCUC… | 5645 nt | 0.4205 |
| NM_001167940.2 | AGUUUUCCUUUCGUUCUGCGGCCGCUGCAGCCAGCCCCGCGGCUCCCUC… | 5780 nt | 0.4211 |
| NM_001363389.2 | AGUUUUCCUUUCGUUCUGCGGCCGCUGCAGCCAGCCCCGCGGCUCCCUC… | 5804 nt | 0.4213 |
| NM_001363390.2 | AGUUUUCCUUUCGUUCUGCGGCCGCUGCAGCCAGCCCCGCGGCUCCCUC… | 5789 nt | 0.4213 |
| NM_001363391.2 | AGUUUUCCUUUCGUUCUGCGGCCGCUGCAGCCAGCCCCGCGGCUCCCUC… | 5780 nt | 0.4213 |
| NM_001363392.2 | AGUUUUCCUUUCGUUCUGCGGCCGCUGCAGCCAGCCCCGCGGCUCCCUC… | 5684 nt | 0.4212 |
| NM_001363393.2 | AGUUUUCCUUUCGUUCUGCGGCCGCUGCAGCCAGCCCCGCGGCUCCCUC… | 5669 nt | 0.4212 |
| NM_001363394.2 | AGUUUUCCUUUCGUUCUGCGGCCGCUGCAGCCAGCCCCGCGGCUCCCUC… | 5660 nt | 0.4210 |
| NM_001363395.2 | AGUUUUCCUUUCGUUCUGCGGCCGCUGCAGCCAGCCCCGCGGCUCCCUC… | 5651 nt | 0.4210 |
| NM_001363396.2 | AGUUUUCCUUUCGUUCUGCGGCCGCUGCAGCCAGCCCCGCGGCUCCCUC… | 5648 nt | 0.4209 |
Showing 1 to 10 of 15 entries
Summary
This gene encodes a member of the calcium-dependent activator of secretion (CAPS) protein family, which are calcium binding proteins that regulate the exocytosis of synaptic and dense-core vesicles in neurons and neuroendocrine cells. Mutations in this gene may contribute to autism susceptibility. Multiple transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Nov 2009]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
