Basic Information
Symbol
CCDC66
RNA Class
mRNA
Alias
coiled-coil domain containing 66
DKFZp686C0433
coiled-coil domain-containing protein 66
Coiled-coil domain-containing protein 66
Location (GRCh38)
3:56557161-56621837
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_001141947.3
Sequence length
3134 nt
GC Content
0.3772
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-677.5 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-736.97 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1000.95
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((....(((((((((..(((...((((.((((((((((((((......)))))))....))))))).....))))....)))(((((.(((((....((...(((((((.(((.....))).(((....((((.((((.((((((..(((((.....(((((((((((((((.......(((.....(((((((((((((................)))))((((((.....(((.(((((...))))).)))))))))......)))))))).....)))(((((.((((......((((.........))))......)))).))))).....((((.....))))((((.((.((...)).)).))))...)))))))))....))))))..)))))...(((((..........)))))...((((((.................))))))((((........))))........((((((((.(((((.............)))))))))))))(((.((((...((.......((((.((.....)))))).......)).......(((((((((((....(((.(((((.....(((.....))).......)))))((((((((((.((((....(((((....((((((((.((((.(((...............))).)))).))))))))......)))))....)))))))).))))))........(((....)))...(..((((.((((....))))))))..)......(((...)))(((((.....))))).)))..))))))))))).)))).)))..)))))))))).))))....))))))))))))....)))))...))))).)))))))..............(((((((((.((((.............((((((((........(((..((((...................))))..)))........)))))))).(((((((((..((.....))...)))))))))..((((((.((.(((......((((......(((((.(((.((((...(((((((((..(((...((((((((.((....................((.(((((((((....(((((((.(((.((...((((((......))))))...)))))))).))))....))))).)))).))...............(((((..(((((((((((((((((...))))))((((((....)))))).((((....))))...(((((........)))))..(((((...))))).((.((((((....(((....))).....))))))))..................(((((((((((((....((((((((((..(((..((((.(((((..........................))))).))))..(((..........)))....)))..))))))...))))..)))).....)))))))))...........(((((((..(........)..)))).)))..(((......)))..)))))))))))..((((((.......))))))...............((((....((((...((....))...))))....))))........(((.(((((((((((..(((((.(((((((...(((.......(..((.(((((..(((.(.....((.(((.((((((((((.(((........((((((((((((..(((((...(((.(......).)))....(((.((........)).))).(((((.(((((((.((.(((.(((..(((....)))..))).))).))(((((..(((....(((.........)))....))).....)))))..((((((.((((........)))))))))).......(((((.(((((........))))).)))))...))))))).)))))..)))))......))))))))))))..................(((.........))).))).)))))..............))))).))).))..(((..(((((((.......................................(((...))).(((((((((((((......(((........)))))))))))..))))).(((((.((((...(((..((((((((......................((((((........)))))).(((((((...........(((((((...(((((((....(((((((.((((.((.............((((((((....................))))))))..............))..)))).))))))).........((((..(((..((((.(((..........)))..)))).((((((............................)))))).....................)))))))))))))).....(((((((.........((.((.((((.......((((((.........))))))....)))).)).))..........))))))).......((((.((((((........))).)))...))))))))))).......)))))))..(((((....)))))............))).)))))..)))(((((((..(((((..........))))).)))))))......(((((((.(........).))))))))))))))))..))))))).)))).))))))))..))..)........))).....)))))))((((.(((((.((((((((((((......)))))))).))))..))))).)))).(((((((((.......))))))))))))))))))...........))))))).)))))))).)).))))))))..........)))....)))))))))....)))).)))...))))).....)))).........))).)).)))))).............)))).)))))))))))....)))).........................
Thermodynamic Ensemble Prediction
{,(((,((({{{...}}}.}}|..{{(((,,,,,(((((((((((((((((.((((,.{(.((((((..((((((........))))))..))))))..,,.......,{{.{{{.....))).,)}..}))).)))))))).)))).....,......,{{,{{{{{{{|{{{|||{{.{{{{,....{{{|{,{{{{((({{{..........{{(((({.((((({....,(((.(((((...))))).))))))))).....{(((((({,,,{,{(((,({{({{{{.......||||.||,...,{|||{{,....(((,{(({..,,,}}}|||,...{(..(((((.((.{{...}}.)).)))))..)),(((({,..,,,.||||,,..))))}}||{{,..........))))),,,((((((.................))))))((((........))))........{(((((((.(((((.............))))))))))))},,......,},},..,,...{(((.{{,,...},}}}}...{(((,({{,,,..(((((((((((.,..(((.,{{{{.....(((.....))).......)))}|{(((((((((.((((....(((((....((((((((.((((.(((..{{........,..))}.)))).))))))))......)))))....)))))))).)))))}|....,,.{{|..|,||,...{..((((.((({....})))))))..}...,..||{...))}(((((.....))))).}))}.))))))))))).}}},.,....,|||,||}}..||.......})}}}}}))}}},..{{{{|{{,{||.|{.{{{,||{{...,,{{,.{{,{,......|}}}}.......{{{....|||(((|,.....{{{{{{,{{,,,.........{{,......,,}}}..||{{{,.,,..|||,|},..(((((((((..((.....}),..)))))))))....}.}}}.,,|,.,}},.,{{|{{{{,,|,,{(({{{{,.{{.,,{{{{,{{{{,.,.{{...........,|{|,.....,,.....,||{,,{{{({,,(,.{{{..,,{|||,.|..,||.||||||{{,......,,|||.||||{((((((.,(((,((((({{,.{{{{(,..............,|||}|...(((((((({{{((((((...)))))}((((((....)))))).((((....))))...(((((,|...,}.)))))..(((((...))))).((.,{,{||....{{{....})).,,||}}}}}})}.,,,.,,..,........{{(((({{({{||.|,.{(((((((((,.{{{,,({{{.|{|||.....}.,|......,.}........})))).))))..,,,...,,..,,.{{|{...,)),,}})))}...))))..}}},.,,}}}))}}}}}|,,,,...,,,,((({(((..{........}..)))).}}}..{{(......}}}.|)}}}|||||},..((((((.......))))))...............((((....((((...((....}}...))))....))))......,{(,,.,,|||{,((((,{(({,,,(({{((..............,..{({(,,,.{{({.,,...,{((,{,,,{,,{{{{{{{,{({,,,.....((((((((((((.,{....,,.,(({(,,...,,,.......|}}}||...,{{,.,,.,||,(((((.{(((((((((.(((.{{{,,((,,...,}),.))),))).))}{{{...,|||,..(((,{,,.....))},,..|||.....}}}},,,((((({{((((........)))))))))).,,,...(((((.(((((........))))).)))))...)))))),.))))}.,,,}}),...},)))))))))))).......,,..,..,,..|||,,,.....||}|,||}|||||.....,.......|,{{{,,..,,})).,|||..{|,{(((....}}}}.},....,.............,.........{{{...}}).(((((((((((((......,{{.,,,....)))))))))))..}))))....||.||||.....((({...}))).(((((({((({{{..,.,.,,(((((({......,)))))).||||.|..............{{((,..(((((.,......)))))..,,,|.)))),..}))))).))).))))..,......,}}},}}...}}}|}||}}||.|||.}||.....{|,.||.,.,|||{(((((........))))))..,}}...||)))),.....,,))}))))).((((((....................,.......))))}).,,,,..,,,.....,,,}}.,,..||}}|..||}}}}}.{{{{((({{..{{{{{{...,.},}))))..}))}))))},,}}}.},})),}}}}})))),,}}.)))}}},,,...}},))))}}}}..,|||{||{{..,,|{|||,|{|{{(((.......)))))|{{,|,{{{{.,{{.,,,{{,..{(.((((.{.......).))))))..,})}}|||||||}.}}}}||{{{|,........,,||,.}}}))))}......,))))))|,.......,..||||,..))))}})}||}}.,,||{,||||}{{..{||{....,,...,||}}..||,.....,,}))}|||}}}|,}}|||{{{{{{{{{.,.|,,})}))))|||}||,,|||}}|)|})|{,{||||||..}}},,}))))))))}}})))))}.........,})}))}))}))))))}..,}}))))))})}....})))..,}}}.)))}))))),}...}))))}.......}}}||,{{||{|,.{||,...}}}}}),}||||},,,,,,,,....,}||,.,},}}}))))),,,.))},.}},}}...................
Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001353155.1 | AAUUGGCGUAGCGCUUGCUGAGCGGCGGCGGCAACCGACGUACACAAGG… | 3014 nt | 0.3739 |
| NM_001353156.1 | AAUUGGCGUAGCGCUUGCUGAGCGGCGGCGGCAACCGACGUACACAAGG… | 3256 nt | 0.3793 |
| NM_001353158.1 | AAUUGGCGUAGCGCUUGCUGAGCGGCGGCGGCAACCGACGUACACAAGG… | 3225 nt | 0.3833 |
| NM_001353160.1 | AAUUGGCGUAGCGCUUGCUGAGCGGCGGCGGCAACCGACGUACACAAGG… | 3337 nt | 0.3752 |
Showing 11 to 14 of 14 entries
Summary
Enables microtubule binding activity. Involved in cilium assembly; microtubule bundle formation; and regulation of protein localization to cilium. Located in several cellular components, including Flemming body; microtubule cytoskeleton; and photoreceptor inner segment. [provided by Alliance of Genome Resources, Nov 2024]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
