Basic Information
Symbol
CD44
RNA Class
mRNA
Alias
CD44 molecule (IN blood group)
IN
MC56
Pgp1
PGP-1
CD44R
HCELL
CSPG8
Hermes-1
CDw44
HUTCH-1
HUTCH-I
ECM-III
H-CAM
hematopoietic cell E- and L-selectin ligand
chondroitin sulfate proteoglycan 8
phagocyte glycoprotein 1
In(Lu) related-p80
extracellular matrix receptor-III
homing cell adhesion molecule
CD44 antigen (homing function and Indian blood group system)
ECMR-III
LHR
MDU2
MDU3
MIC4
CD44 antigen
CD44 molecule (Indian blood group)
GP90 lymphocyte homing/adhesion receptor
Hermes antigen
Indian blood group antigen
cell surface glycoprotein CD44
epican
extracellular matrix receptor III
heparan sulfate proteoglycan
homing function and Indian blood group system
hyaluronate receptor
phagocytic glycoprotein 1
soluble CD44
Epican
Extracellular matrix receptor III
Heparan sulfate proteoglycan
Hyaluronate receptor
Phagocytic glycoprotein 1
Phagocytic glycoprotein I
PGP-I
Location (GRCh38)
11:35138882-35232402
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_000610.4
Sequence length
5431 nt
GC Content
0.4430
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1524 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1622.98 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1289.51
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_000610.4 | CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… | 5431 nt | 0.4430 |
| NM_001001389.2 | CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… | 5302 nt | 0.4432 |
| NM_001001390.2 | CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… | 4684 nt | 0.4374 |
| NM_001001391.2 | CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… | 4288 nt | 0.4373 |
| NM_001001392.2 | CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… | 3668 nt | 0.4264 |
| NM_001202555.2 | CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… | 4492 nt | 0.4377 |
| NM_001202556.2 | CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… | 4225 nt | 0.4357 |
| NM_001202557.2 | CUCAUUGCCCAGCGGACCCCAGCCUCUGCCAGGUUCGGUCCGCCAUCCU… | 1959 nt | 0.4497 |
Summary
The protein encoded by this gene is a cell-surface glycoprotein involved in cell-cell interactions, cell adhesion and migration. It is a receptor for hyaluronic acid (HA) and can also interact with other ligands, such as osteopontin, collagens, and matrix metalloproteinases (MMPs). This protein participates in a wide variety of cellular functions including lymphocyte activation, recirculation and homing, hematopoiesis, and tumor metastasis. Transcripts for this gene undergo complex alternative splicing that results in many functionally distinct isoforms, however, the full length nature of some of these variants has not been determined. Alternative splicing is the basis for the structural and functional diversity of this protein, and may be related to tumor metastasis. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
