Basic Information
Symbol
CDH1
RNA Class
mRNA
Alias
cadherin 1
uvomorulin
CD324
E-Cadherin
cadherin 1, type 1, E-cadherin (epithelial)
Arc-1
BCDS1
CDHE
ECAD
LCAM
UVO
cadherin-1
CAM 120/80
E-cadherin 1
cadherin 1, E-cadherin (epithelial)
calcium-dependent adhesion protein, epithelial
cell-CAM 120/80
epididymis secretory sperm binding protein
epithelial cadherin
Cadherin-1
Epithelial cadherin
E-cadherin
Uvomorulin
CD324 antigen
Location (GRCh38)
16:68737292-68835540
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_004360.5
Sequence length
4811 nt
GC Content
0.4824
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1535.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1621.77 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
1074.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_001317184.2 | AGUGGCGUCGGAACUGCAAAGCACCUGUGAGCUUGCGGAAGUCAGUUCA… | 4628 nt | 0.4827 |
| NM_001317185.2 | AGUGGCGUCGGAACUGCAAAGCACCUGUGAGCUUGCGGAAGUCAGUUCA… | 4878 nt | 0.4828 |
| NM_001317186.2 | AGUGGCGUCGGAACUGCAAAGCACCUGUGAGCUUGCGGAAGUCAGUUCA… | 4665 nt | 0.4817 |
| NM_004360.5 | AGUGGCGUCGGAACUGCAAAGCACCUGUGAGCUUGCGGAAGUCAGUUCA… | 4811 nt | 0.4824 |
Summary
This gene encodes a classical cadherin of the cadherin superfamily. Alternative splicing results in multiple transcript variants, at least one of which encodes a preproprotein that is proteolytically processed to generate the mature glycoprotein. This calcium-dependent cell-cell adhesion protein is comprised of five extracellular cadherin repeats, a transmembrane region and a highly conserved cytoplasmic tail. Mutations in this gene are correlated with gastric, breast, colorectal, thyroid and ovarian cancer. Loss of function of this gene is thought to contribute to cancer progression by increasing proliferation, invasion, and/or metastasis. The ectodomain of this protein mediates bacterial adhesion to mammalian cells and the cytoplasmic domain is required for internalization. This gene is present in a gene cluster with other members of the cadherin family on chromosome 16. [provided by RefSeq, Nov 2015]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
