Basic Information

Symbol
CDON
RNA Class
mRNA
Alias
cell adhesion associated, oncogene regulated ORCAM CDO CDON1 Ihog cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes Cdon homolog (mouse) HPE11 Cdon homolog surface glycoprotein, Ig superfamily member Cell adhesion molecule-related/down-regulated by oncogenes
Location (GRCh38)
11:125955796-126063335 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001243597.2
BLAST PRIMER
NM_001378964.1
BLAST PRIMER
NM_016952.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_001378964.1
Sequence length
8265 nt
GC Content
0.4680

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2629.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -2782.81 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2279.8
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((.((((((((((((.((((((((.((((((.((((...)))).)).))))))).).)))).....((((((.(((((((((........(((..((......))...)))(((.(((((((((((((.(((((...(((..((((((((((.(((((((.(((((((....(((((((.(((.(((..((.((((.((....)))))).)).)))...))).))))))).))))))).)))(((...))).((((((((((.((.((((..(((.(((.....))).....(((((.(((((((......))))))))))))((((((....)))))).))))))).)).))))))))))...))))))))..))))))((((.(.....).))))...(((.((((......)))).)))(((((((((((.....(((((((((.(((((.((((.....)))).....))))).((((((((.(((((.((((((((((....((((((......(((.....(((((((((..............(((((((.((((((.......((((....(((((....)))))....))))........(.((((.((((.((((((((.((.(((((((((..(((((.(((....))).)))))((((.(((((((.((((...)))).)))).....))).))))(((.....)))...(((.........(((((...........))))).........)))))))))))).))..)))))))).))))..)))).)..........)))))).........((((....))))..(((.....))).....)))))))..((((((....))))))..(((.((((((........))))))))).....))))))))).))).....))))))..((((((...)))))).(((.((((((((..(((...(((((((((((........))))))..)))))...(((((((((((((...(((((.....((((..........))))))))).....))).))).).))))))(((((........))))))))...)))))))))))..)))))))))).)))....(((((((....(((((.......)))))(((........))).(((((((((.......(((((((.....(((((((...))))))).....)))))))((((((..........))))))))))))))).........)))))))........)).)))))))).))))).)))).....)))))))).))).(((((..((((.(((....((.(....(((((.((((.(((...((((((((((..(((((........(((((.......((((((((..((((((..(((..(((((...)))))...))).)))))).)))))))))))))((((.((.....)).)))).((((((.((((((.((((((.((((((.....(((.((((....((((((((........))).))))))))).)))..))))))))))))...(((((((((((((.........)))))).)))))))(((.(((((.((((((((...((((.((..((((......))))..)).))))....)))).(((.((.((.((((((((.(((......)))...((((((((..........(((((((((.(((...(((.((.(.((........)).))).)))))).)))))))))..........)))))))))))))).)).)).)))))....(((.((((....)))).))).....)))))).))).))).(((.((((((((...(((....((((((.........))))))....))).((((((.(((.(((......)))))))).))))........)))))))).))).((((.((((((....))))))))))......)))))))))))))))))))))))))))...)))........((((((((((((.........))))))((((((((.((..(((.........(((.((((((((...........))))))))..)))..)))..))))))))))...(((((((..((((((((....))))).....)))....)))))))))))))....))))..)))))....).))....))).)))))))))...(((((((...(((..((..(((((.((((((.((.(((....))).)).))))))......(((((..((((((........))))))..)))))..........)))))..))..)))..))).)))).........(((((((.((((((((..((..(((.(((..((((((((((((((((((((...))).)))))))......))...))))))))..))).)).)..))..((((((((......((((.(......))))).....)))))))).......(((((......)))))..(((((.((((((......))))))...)))))...(((((((((..(((...........(((((((((((.((..(((.(((((((((.(((......((((.((((((.........))))))...((((((..((((...))))))).)))......)))))))))))))))).)))...)).))..........(((........))))))))))))(((((((((((...)))))))))))........(((((.....))))).............(((..((((((((((.(((..(((.((..((((((((((((.......)))))...............((((((((.(((.(((.(((............((....(.((((.((.......)).)))))....))((((((((((.((((((...((((((((.((....)))))).)))).....).))))).))))))))))...))).))).))).))))..))))...........))))))))).)))..)))(((((((((((((.(((((((((((((((.(((((((....((..(((...)))..)).....((((((..((((...)))).))))))....(((((((.((....)))))))))))))))).........((((((((((((.((((..((((.(((((.((((((((....((((((.((((((((((.(((...)))..)))))).....)))).))))))))))..........)))).).)))).)))).....)))).))))))))))))..(((.((.(((((.....)))))))))))))))))).....((((.....((((((......((((((.((........)).)))))).(((((((........(((((......))))).......(((((((((((((((.((.(((((((.....((((((((((.......((((((((.((.((.....(((((...(((.(((((..(((......)))..))))))))...(((((((((.......((((..((((.(((...(((((...((((.(.(((..((((.((((.(((.((((((........)))))).............))).)))).)))).))))))))....).)))).))).))))(((((((..(((.(((..(((((.......)))))))).))....)..)))))))..........((((.((((((((...))))))))..)))))))).(((.(.(((((((((..((((((((.((.((((.....((((......))))...)))).........((((..(((((((.(((.((....)).))).)))))))....((.(((((..((((((((....(((((..((((.(((((.......)))))....))))..))))).(((((((..((...((((((.(((.(..(((((((.(.((((((.((((.((((((((.(((((((((((.((((((((((((((((((((((...((((.((((((((.........).))))))).........((.(....).))......)))))))))).))....))).)))))))))))...........((((((((........((((....(((..((((((((((((((..............)))))).......))))))))..)))...))))))))))))......((((.((........)).))))((((....))))((((((((((((((((.....(((((((......)))))))(((((((((((((((((((.((((((((((((.((((((...(((((((......((((((((((...))))))))))((((((((.....(.((((((((..(((((((.((((....)))).)))....)))))))))))).)))))))))(((((........)))))))))))).)).))))))))))))))))..(((((((((.((..(.(((.(((...(((((.(((((.(((((.(((...(((((...((.........))...)))))...((((((.((((((...((((((((.((((((((((((......((((((..((....))..))))))((((...((((.(((.....(((..((....))))).....))).))))..))))..(((((((..((((...((((((((......))))))))..(((......)))...)))).....))))))).......(((..(((((((.......)))))))..))).((((((.(((((((.((((....((((((.((((....))))..(((((....................)))))))))))..)))).)))).))).))))))(((((....)))))...)))))))))))))).))..(((((((..........(((...)))...........)))))))...............))))...))))))))))))..((((((...)))))).......(((((((((....((((.((...(((((((......))))))).)).))))......)))))))))((((((............))))))..........))))))))..))))).))))).)))..))).)..)).)))))))))(((((.(((((((((......((((..(((((((((((..........)))))................((((....))))((((((((((((((((((((((((..((....((((((((....))))))))....))..)))))))..................((((((((.......))))))))...))))))).............)))))))))).....))))))..)))).....(((((((........)))))))(((((((...(((.(....).).))...)))))))....(((((.((.(((.((((...............))))))).)).)))))..((((((.((........(((((.......))))).(((((...)))))(((....)))..(((((.((((.....)))).)))))...)).)))))).((((((((.((..((..(((((....))))).))....))))..))))))...........))))))))))))))....((((((...((((..(((......)))..)))).)))))).......))))..))))))..))))))))).........))))))).)))))))))(((((((...((.((.....)).))...)))))))....))))).....((((((((((((((.......))))))....((.(((((.(..(((.(((..((((.(((((..(........)..))))).))))..))).)))..).))))).)))))))))).....((((((((.((...((((...))))..))((((((..((((....))))..))))))..........))))))))....))))))...)))))))).)))).....)))))).))))))))).)))))))))...........))..)))))))......(((((.(....).)))))............((((.((((((.(..(((((((.(((((..((((.((((.......)))).))))..))))))))))))..).))..)))).))))(((..(..(((((((((......)))))))))..)..))).(((((((........)))))))..((((((((....))))))))(((((((((((((............................)))))))))))))........((((........))))))))).))))))))))((((((((((.((((((((((.(((((((((((...((((((((.....(((((..((((........))))..)))))((((((..((((....((((((......)))))).....))))..))))))))).)))))....)))))))))....(((((.....))))).((((...(((((......(.((((...........)))).)......)))))...))))..........((((...))))....((((((........))))))..........(((((.((((((...)))))).)))))..........(((((((.(((((..((...))...)))).).)))))))..(((.((((.....)))).)))............((((((((......))))))))....))))))))))))..))))))).))))))).......)))))))))).....))))))))).)))).)))))))))....)))))......))...)).))))))))..((((((......))))))))))).))))).....))))))).)).)))))))).)))))))....(((.....))).......)))))))..))))))...)))).......))))))).)))).))))))))))))))))))).)))......(((.(((((((((((......))))....(((..........)))(((((((((((...(((((((((((..((((((..........(((((((....)))))))..))))))((((..(((.......)))..)))).((((..(((((((((..((((((((..((((((((((....))))))))))....(((((..((.((((((...(((((((((((..(((((((((.((......)).))))))))).........)))))))))))......(((((((......))))))))))))).)).)))))))))))))...))))..)))))..))))..........)))))).)))))(((((((....((...))...)))))))((((....)))).......((((.((((....))))))))(((.((((((((.(...((..(((...((...))...))))).))))))))).))).(((((((((((.......(((......((((((.......)))))).((((((.((((......)))).)))))))))...))))))))))).))))))))))).....))))))).)))))).)))))))))((((((((((((((((.(((.....))).))))).......))))))))))).))))))))))))))))))..))))))))))))...)))))).)))..(((.(((((((......(((.(((((.((((......((((.(((......))).)))).......))))....))))).)))............))))))).)))......(((((.(((....)))))))).(((((....)))))..)))))))))..............................((((.....)))).............)))))).))))..))))))..)).)).........(((.(((.(((...))).))).)))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((.((((((((((((,{{{{.,.,||{{{,||||||,.||||},||.((({(((,,.({(({{...,(((...(((((((((,,,{,...(({..({{{....}},..)))(((.(((((((((((((((((((..,(({,,{,{(({{{{{{{((({((.(((((((....(((((((.(((.,{(..((.(({((((,...}))))).)),,}}...))).))))))).))))))).)))|((.,,))}}((((((((((.((.{{(({{(,,..(((((,{((((....(((((.(((((((......))))))))))))|.))))))))))...)}))),,}}.)).)))))))))},,.}}}}}|||||||,|||{|||,|,....,.,,||,.((((.((((......)))).)))).|||{{{{{{.....{{{(((((({(((((,(((({,,{{||},.....}}))),((((((({.{((((.((((((((((..,,((((((.....,{{......(((((((((..............(((((({.{{{(({...,,,.,{({.,..{{{{|....}))))..,.}}}|{,,,,...{.((((.((((.((((((((.((.(((((((((..,((((,({(,.{{,(({{{|,..|}}}|}|{(((.((((...)))).))))....,{{{{{,...,,.}}}.))}...,{{.|{|.....{{{{{...........))))),,...}}}},,,))))))))).))..)))))))).))))..)))).).{{{{{....||,,,,....}}}}}((((....)))).}}}}},........}}}})))))).,{{,{{{,,,.}}}|||(.(((.((((((........))))))))).)}},))))))))).,}......)))))}..((((({...}))))).,{,.((((((((..(({...(((((((((((........))}))).,)))))...,((((((((((((...(((((.....((((.........,))))))))).....))).))).).)))))},((((|....}}})),),))}...)))))))))))..)))))))))).))),...(((((((..,,(((((.......))))){{{,,.,....)}}.(((((((((..|{|..(((((((.....(((((((...))))))).....))))))),|||,,...{{{{,..,})))))))))))))........,}))))))........,},)))))))),||||,.||||{,{{{||||||}}.,}}.|{|{,{{((,({((,,,,,,{.{{{{(((((({{,,,((((,..{(({{{{{{,..{|{{((,{(({,.((((({.,,,,.,(((((((..((((((..{{(..(((((...)))))...})}.)))))).))))))))||}}}.,|,||{,||}.}|}.....|||||}}||,,,,.((((((.((((((....,{{(.{((({...,(((((((........))).)))))}}}}.)))}.))))))))))))...(((((((((((((.........))))))},)))))}{{|,|||||}||,,||||}}.||,{.||}},|||,.,,{{||||{{||.,|||...,.|||.{({.{(.((.((((((((.(((......)))...((((((({..........(((((((((.(((...(((.((.(.((........)),})).)))))).)))))))))..........))))))))))))))},).}).)}))}....{{{.((({....}))).}))....||}},}}.}}}.))).{{,.{|||||||,}}}||}||.((((((.........))))))}}}})}}|{,,,,|,|,.}})|,.|||.|||,,,.,.})))}}.,,},,)))))}))|)))}|||,{({(({{,..{{|||||{|||,{{{{..|||||||},},.,,..}}||,|||,,}}}|,|||,.....((({{{|{{{||,,,,...,,)))})){{{{{|||,||,,{{{.,||.....((,.((((((((...........))))))))..)))},))}.,)))))))))),,,(((((((..(((({(({,...}}}},.,,.,)))....))))))))))))}.,,||||{{{((((.....)))))...,))}))),},}}}.,,|||||||}..,,|,}||.,|{{{{.((((((.((.(({....})).)).)))))).,.,,{{((((..((((((........))))))..))))}..}}}.,...)))))..}}.......})),},,,.........(((((((.((((((((.,({..(((.(((..((((((((((((((((((((...))).)))))))......}).,.))))))))..))).))},..))..((((((((......((((.{......})))).....))))))))...,,.,((({{..,,,,}))}}..{((((.((((((......))))))...))))}...(((((((((..(((,.........,((((((((((({(...,,|}||||{{{{(.(((......((((.((((((.,{,.....}))))),,.((({{{..((((...))))})}.)))......}}}}}}}}})))}}}}.||}...))})||{|,,,....|||,,,},,.,)))))))))))}(((((((((((...))))))))))).....,..(((((.....)))))....,.,,{,...(((..((((((((((.(((..(((.((..(((((({(((((.......))))).............,.(((((,{{,{,{{({,...,||||..............},||((,{{..,....)).}))},....,,((((((((((.((((((...((((((((.((....))))))},))).....),))))).))))))))))....,}.,}},}}}.,,))},))))},}....,...)))))))}}.))),,))){((((((((((((.(((((((......((((.{((((({..{{..(((...)))..)).....((((((..(((,...)))}.))))))....(((((({,((....))))))))).,{{.((((((....{((((((((((((.((((..((((.(((({.((((((((....((((((.((((((((((.(({...}))..)))))).....)))).))))))))))..........)))).}.)))).)))}.....)))).)))))))))))),}(((.(({(((((.....))))).)))))).{((((..,.,{{.....,{({{{{(,{{{{.((((((.((........)).)))))).,{,||||.,,,,.},{((({......}))))....,,.(((((((((((((((.((.(((((((.....((((((((((,..,...((((((((.,,.,,,,...(((((...(((.(((((..(((......)))..))))))))...(((((((({.....,,,(((,,((((,(((...(({{,.,.((((.(,(({..((((.((((.(({.((((({.{....|,}))))),,,..........}}}.}))).)))).|))|}}})|||,|.||}}.}}|.|}}}{{{{{{{.,|{{||||,.(((((.,...,.)))))||},||,...|||}||||||{{{{{,,,..((((.{{{{||{{,,,|}|||||}.,||||||||{,{{.(.(((((({{{{,(((((((,.,,.{{{(,,...(((({....,))))...)))),}}}}...}|}}|||{,{((((.|((.{{.{,,|,,|}|{|||||||{.((,,.({{(.,,.|{({{{{{{{.{{({.{{{({{.{{{{{,{{{.(((((((((((((.....(((((..,(((((,,,,.(((((((.((((({{,.(...((((...})))..||,.}}|..}}}))}}))))})))}.,|||{|||||,,,||,,,))....}}}}))}}..))))}.....))}...)))))))))))}}{|}||}}}}})|.}}},|}}||(((((((((({{{.(((.(((((((({,...,,......{{{{{,,.((((({{,{{,.....|,}},|}}}}}},{,{,||,,{,,.........}}|,||{{{{{...,,,|||{{{{{{..,||}||||||||.......,,.,.((,.,,....)).))))}|||....}}|,..)))}}},..,(((....)))))))))),}})))))))))))))}}......(((((...((((((((((((.((((,{...(((((((......((((((((((...))))))))))((((((((.....{.((((((((..(((((((.((({....}))).)))....)))))))))))).}))))))))(((((........)))))))))))).}}.))))))))))))))))...)))))(((((((.(((({{,.....))).)).))))..)))))}}))))))),....,,.....{{{{{{(((((....))))),{||{||||.,,,}|||},,,,||{{{{{{||||}}},.,((((((..((....))..))))))|(({.,{(((,.(((,...,|||}}|}},,,,,||{{.{{,},,.||||.,|||,.....,)}),)}))},,.((((((((......)))))))),,|||,....{|||...,,})}}||.||||||||...,..{{{,,(((({{{....,|{|,}}}}},,))).{{||||,|{{{{{{.{{{{..,,|||{{{,{{{(.,,,)))},.,,|,,,,.}}}}}}}}}}}}.))}),,.))))))))..)))|,||||,}},,||||||({{{,,,,.)))))...)))))))}||||{((,,,.(((((((,.({{{{{{{((({..,((((....(({....{(((,..,............))))...,))),.)))){{{,{(((({...}))))}.,,,,..(((((((((..,.((((.{{...(((((((......))))))).}}.))))......))))))))),{(((({...,,..,,{.}||||,...,,,,|,,,|||||{(((({,{(((.,(((((...,))})}.,)))),}}}}}|(((((.{{{(({{{(((,,,{{{{{{((({(..,{{{|}},.....,{||,||{{{||...{{{{{...{(((..,,)}}|((((((((((((((((((((((((..((....((((((({....))))))))....))..)))))))..................((((((((.......))))))))...}}}}}}}.....,,,,....)))))))))),.,{|||||,....{{{{..{.{((((((........)))))))}))}}||,|,|||.,{{{{{{|{{{{{{{{{{{{(((({{{{{||||,{{,.{{{,..............,|||||||||||}}|}..,((((((.{(,,,,....{((((.,...,.}})}}.{{(({..,})))|(((....)))}.(((((.((((.....)))).)))))...)).)))))).{{{{{{{{,{{.,{{..(((((....))))).||....,}}},,}))}}}..|||||{.,|||||||}.....||.,,,})},,,..,}}},}}}}}}}..}})))}},.,((((({{{...}}},}))))..|||{||||{,.,,,,{|||,,,.}})).},,}}}}}|,|,||{{{|..,,{{(({((...{|||{,|,,,,,.,,}}.,,.||{(((((((.{(((...((((((,....}.))))))}))).)))))))),})))))|,,.}||||}|,,{|}}|}}}}},,.)},}},||{||||{,,||||}}}}))))}),))))},}{,,,,..,{{((((,(.,((,..((((...))))..||||||||,,((((....)))),,))))))}}))},,....{{.{{{{{..,))))),))}}}|||{{,,,.,,,||||||||||||||||{||,,..)})))},,,|,}|||||,|||..{||{|||....,({{{{,{{,,,}|)))}|,,,|,|...,,,{{{,.{((({{....(((((((.(((((..((((.((((.......)))).))))..)))))))))))),,||||||,||,.,,,,,,,.....(((((((((......)))))))))..,..||,.(((((((....,,|,))}}}||.,{{((((({....)))))))}(((((((((((((............................}})))))))))))}}},.{((((((........))))))),,||||,,..,},|||{{(((((,(((|||{||,.|,(((((((((...((((((((.....(((((.{((((........)))),,)))))((((((..((((....((((((......))))))..,..))))..))))))))).)))))....)))))))))....|||||},,,,,},,,..,,,.,,||||,......|}||||,,........,|||.,{{{{...))))|...})))|}}}}..}}},,.},,})}}}.,},((((((........))))))}}}}......{((({.((((({...}))))).))))).}}.}}}}}}(((((((.(((({..{|,..}}...)))).).))))))),,|||}||{{,,,,.)}))}))),...}}}}}}}.((((((((......))))))))}}}},)}})),))))))}))),,,)})))},}|....})}))))))))},.....}}}))))))}}))),)))))))))....)))))......))...},.)))))))).,|(((((......))))))))))).))))).....))))))).)).)))))))).))))))).,,.{{,....}))},..)}}}))))))).})..)))).)).)))).....))))))).)))).))))))))))))))))))).))).,,,}}(((.(((((((((((......))))....{{{..........}},(((((((((((...(((((((((((.{((((((..........(((((((....)))))))..))))))|(((,{(((.......))).}))),.((((..((((((,((..((((((({..((((((((((....))))))))))....(((((..((.((((((({,(((((((((((..(((((((((.,,......}}.))))))))).........)))))))))))......{((((({......))))))))))))).)).)))))})))))))...,))}.})))))..))))..........})))))))))))(((((((....((...))...)))))))((((....)))).,,....{|{{.((({....}))),})}(((.((((((((.(...(,.,(((...({...,}...))))}.})))))))).))).(((((((((((.....,.({{......((((((.......)))))).,(((((.((((......)))).)))))}))).}.))))))))))).))))))))))).....))))))).)))))).)))))))))(((((((((((,,{,({(.,..})),}|{|||,,..)))},))))))))))).))))))))))))))),))..)))))))))))),..}))))).)))..,{{.{{{{{{{..,,..||,.(((,{.{{{{,|||,.{{{,.,{{,,,,,,}},.,,}},,,,,..,|||,,,,|},,,,)))||.|,......})))}))).))}......(((((.(((....)))))))).(((((....)))))..)))))))))}}}........,{{({{,.........}))))}}..,}})))..,,}}}})))...}},,,}.))))}.})))))..)).)}.........,....,,.|||....,,.|||{,,...}}},

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001243597.2 GUCUCUCCAAGGGAAUGAAAGGUGAGGGGAGCGUGAGUGCAGGCAUGAU… 8113 nt 0.4573
NM_001378964.1 GACUCCGCCCCUCAGCUCCCCUCCCCUGAGCCCGGGAGCCCGGCUCGCG… 8265 nt 0.4680
NM_016952.5 GUCUCUCCAAGGGAAUGAAAGGUGAGGGGAGCGUGAGUGCAGGCAUGAU… 8044 nt 0.4574
Summary

This gene encodes a cell surface receptor that is a member of the immunoglobulin superfamily. The encoded protein contains three fibronectin type III domains and five immunoglobulin-like C2-type domains. This protein is a member of a cell-surface receptor complex that mediates cell-cell interactions between muscle precursor cells and positively regulates myogenesis. [provided by RefSeq, Aug 2011]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image