Basic Information
Symbol
CDYL
RNA Class
mRNA
Alias
chromodomain Y like
DKFZP586C1622
CDYL1
CDY-like, autosomal
testis-specific chromodomain Y-like protein
chromodomain protein, Y chromosome-like
chromodomain protein, Y-like
chromodomain Y-like protein
crotonyl-CoA hydratase
Chromodomain Y-like protein
CDY-like
Crotonyl-CoA hydratase
EC 4.2.1.-
EC 2.3.1.48
Location (GRCh38)
6:4706159-4955551
UCSC Genome Browser
Transcripts
Secondary Structure
MANE Select
NM_004824.4
Sequence length
3503 nt
GC Content
0.4810
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1128.6 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy:
-1192.98 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
893.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC Content |
|---|---|---|---|
| NM_170752.1 | GCGAUCCGGCCGCGCCGCCCGCACGCCGCCGCGCCCGCCCCAGCCCGCC… | 2805 nt | 0.4620 |
| NM_004824.4 | GGUCGCAAGUAGGAAGCUUUCUGCACUACACCGGAGAGGGGAGCCGCGA… | 3503 nt | 0.4810 |
| NM_001368127.1 | GGUCGCAAGUAGGAAGCUUUCUGCACUACACCGGAGAGGGGAGCCGCGA… | 2836 nt | 0.4669 |
| NM_001368126.1 | GGUCGCAAGUAGGAAGCUUUCUGCACUACACCGGAGAGGGGAGCCGCGA… | 3437 nt | 0.4818 |
| NM_001368125.1 | AGUGACCCCUUUGUUCCUUGAGGAGAGAGGACCUAUUUCUACCUAAGGA… | 3437 nt | 0.4486 |
| NM_001143971.2 | GCCUCGGCUCUAAGGAAACAGAGGAAAGCAAACGGGAAUACUCUGGUUU… | 3186 nt | 0.4426 |
| NM_001143970.2 | ACUGUCUGGCACUCCCUAGUGAGAUGAACCUGGUACCUCAGAUGGAAAU… | 3310 nt | 0.4441 |
Summary
Chromodomain Y is a primate-specific Y-chromosomal gene family expressed exclusively in the testis and implicated in infertility. Although the Y-linked genes are testis-specific, this autosomal gene is ubiquitously expressed. The Y-linked genes arose by retrotransposition of an mRNA from this gene, followed by amplification of the retroposed gene. Proteins encoded by this gene superfamily possess a chromodomain, a motif implicated in chromatin binding and gene suppression, and a catalytic domain believed to be involved in histone acetylation. Multiple proteins are encoded by transcript variants of this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
No forensic context available.
Genomic Tracks
