Basic Information

Symbol
CELSR1
RNA Class
mRNA
Alias
cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 1 ME2 HFMI2 FMI2 CDHF9 ADGRC1 flamingo homolog 2 (Drosophila) adhesion G protein-coupled receptor C1 cadherin, EGF LAG seven-pass G-type receptor 1, flamingo (Drosophila) homolog cadherin, EGF LAG seven-pass G-type receptor 1 LMPHM9 cadherin family member 9 cadherin, EGF LAG seven-pass G-type receptor 1 (flamingo homolog, Drosophila) flamingo homolog 2 protocadherin flamingo 2 Cadherin EGF LAG seven-pass G-type receptor 1 Cadherin family member 9 Flamingo homolog 2 hFmi2
Location (GRCh38)
22:46360834-46537620 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_001378328.1
BLAST PRIMER
NM_014246.4
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_001378328.1
Sequence length
11559 nt
GC Content
0.6225

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-5035.7 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -5224.33 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2507.67
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_001378328.1 AAGCGCACCGCCCAGGCAGCAGCCGGCCGCCGGGGUCUGCGCGGCGCGG… 11559 nt 0.6225
NM_014246.4 AAGCGCACCGCCCAGGCAGCAGCCGGCCGCCGGGGUCUGCGCGGCGCGG… 11499 nt 0.6241
Summary

The protein encoded by this gene is a member of the flamingo subfamily, part of the cadherin superfamily. The flamingo subfamily consists of nonclassic-type cadherins; a subpopulation that does not interact with catenins. The flamingo cadherins are located at the plasma membrane and have nine cadherin domains, seven epidermal growth factor-like repeats and two laminin A G-type repeats in their ectodomain. They also have seven transmembrane domains, a characteristic unique to this subfamily. It is postulated that these proteins are receptors involved in contact-mediated communication, with cadherin domains acting as homophilic binding regions and the EGF-like domains involved in cell adhesion and receptor-ligand interactions. This particular member is a developmentally regulated, neural-specific gene which plays an unspecified role in early embryogenesis. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image