Basic Information

Symbol
CHP1
RNA Class
mRNA
Alias
calcineurin like EF-hand protein 1 Sid470p CHP SLC9A1BP p22 p24 calcineurin homologous protein SPAX9 calcineurin B homologous protein 1 EF-hand calcium-binding domain-containing protein p22 SLC9A1 binding protein calcineurin B homolog calcineurin B-like protein calcium binding protein P22 calcium-binding protein CHP calcium-binding protein p22 Calcineurin B homologous protein 1 Calcineurin B-like protein Calcium-binding protein CHP Calcium-binding protein p22
Location (GRCh38)
15:41230824-41281888 UCSC Genome Browser
Transcripts
NM_007236.5
BLAST PRIMER
External Database
HGNC NCBI Ensembl UniProt OMIM GTEx

Secondary Structure

MANE Select
NM_007236.5
Sequence length
3201 nt
GC Content
0.4599

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-959.5 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free Energy: -1025.62 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 923.88
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((.((....(((((((((.((.((......((.......(((.((((((((((...(((((((((((..........((((..(((((....)))))...)))))))))))))))(((((((((((((.(((....))))))....).)))))))))......))))))((((((((........(((......))).........))))))))..((((..(((.....((.(((..(((((.((((....((((....)))).)))).)))))...))).))......)))))))))))..)))........))......)).)))))))))))...((((..((..(((((((((...((..((((((((((.((((....((.....)).....)))).)))).......(((.(((.......))).)))((((((((((((......)))......(((((((.((.(((.......))).)).)))))))...(((.((..(((((((((.(((.((((.((..(((.(((..........))))))..)))))).))))))))).)))...)).))).......(((.(((((.((((((((((...(((((((.(((...(((((((.((((..((....((((((((.(((((.((...(((((.((......)).)))))......((((((((......(((((......(((........)))...)))))......)).))))))......................))))))).))))))))...((((....))))((((.....))))))..)))).)))))))...........((((((..((......))))))))....)))))))))).))))).....))))).))))).)))..(((((((((((((((((((..((((.........(((((.......)))))........((((((((((((.....((((((((((((....))))........((.......))))))))))..((((.(((....(((..(((((.(....(((....)))...).))))).)))))).))))......................((((((((((((.(((((.....((.(((..(((((...(((((......((((......)))).....................((((......)))).(((((...)))))....(((((((...(((((.((..((((((((((((............................)))))))))))))).)))))...))))))).((((((((((((.((((((((...))))))))(((......))).(((..((((((((((((...((((((..(((((((((...(((((...))))).((((..((..((((..(((..(.(((((..........))))).)..)))..))))..))..))))..((.(((((((((..(((((((((.(((.....((((....)))).....(((((((......)))))))..))))))))))..))..)).)))))))))(((((........))))).((((.(((......(((..((((...))))..))).............(((((((((((..........)))....((((..((((...((..(((((...)))))..))))))...))))(((((.(((((...(((((((((((....((((....)))))))))....))))))...))))).))))).((((........................)))).((((((((...)))))))).((.(((((((.(((((((((.((....))))))))).)).)))))))...))......((((..(.((((.(((.((....((((((((((((....((((((.....)))).))))))))))....))))........)).))).)))))..))))......(((.((((.((((.(((..........))).)))).))))))).))))))))......((((((....((((((((......))))))))..)))))).((((((.((((((.((((......)))).).)))))))))))..(((((.......))))).((((((((...))))))))(((((((.((((((((((((((.........)).)))))))..)))))...))))))))))))))..))).))))))))))))((((......))))......(((((.((((((((....)))((((((((.(((((((..((.(((.(((((..(((((.((..((.((((..(........).)))).)).)))))))..)))))..))).)).....))))))).)))))))).(((.(((((......))))))))..(((((((.....))))))).....))))).))))).))))))).)))...))..)))...(((((....(((((((((.((((......))))...(((((((((((.((((((..((..((((((((((((.....................)))))))))))).))..))))).)...))))..))))))).............((((((((...(((((....((....(((((((((.((..((((.....(((.....(((((.(((..((.((..(.....)..)).))..)))..))))).))).))))..)).)))))))))...))....))))).)))))))).......)))))))))....)))))..)))))))))))).....)))))..)))))..))).))..))))).)))))))))))).)))))))))))).....))))..))))))))))))))..(((((((((.........)))))))))...)))))((((((.((((((((((((....((((((....(((((((((..(((...)))..))))..)))))..)))))).....)))))..)))))))..)))))).............)))))))))....))))))))...)))))))))..))))))...)))))))))....((((...(((((.(((.(((.......)))))))))))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((({{{,,..(((.((((((((((((({{(({(((.((((..{({{.,,,.,,,.{,,.((((((((((({{{,,,,{{.(({,..||{{|,,,,))))}...})))))))))))))).....)))..,,,.{((....)))))).)))).))).,))).).))))))))))))..)))..,,.}}}},,,......|||.{,,{.((((((((((...,{{|||,(((((.((((((...((((.{{...{{.,(((((((((.((((((,....,,({,,||{..,,,...{{,||||{{{{{{((,,,.....,,(((((({{{{,,,})))))))}..|}}},..,,}|||{(|{,,.,,||,}..,,||||,,.,.||}}},,,...{{||{{{..||{..(((((((((((((({,(({.{{{,.|||.||{,,{(,{({((((.......|,...}}}||{{{{{.{{.(((,,...,,|},.||,|}},,}}|||,,{.{{||{,.|||}}}.,.|||||}.|}}|}|}}}|}|}|,|.......,,,.{{,({((((({{{{({(,.((((.{..,((,.{{{{{{(,({,{,,,.(((((((((({..(((,,{{.{{{,..{((((((,{||..}||||{|((((((((.(((((,{(,..(((((.((......)}.})))}......{((((({(.....,(({{{..,,{{(((,{,.....}}|}}}))}}}......)),}))))),,....................,,}}}}),)))))))},}}|{{,....{{|{(({|||.{{{|.........,}))),)),}}}}},,....{{{{||,|||.,....})}))))},....|||||||||.,,,,|,.....,,}).,,,))},)))))}..,}|||||,..,,,,,..,,,.,,,..}}}}}})))))}}.}}))))).............(((((((.....(((((((((((,....||}}........|{..,,...})))))))))......))))))|{{||..,)))),..,,,,,...)))),.)))))))).)))})},}},)))..}))))),..})))))))}..,..}}},,})))))},|,,....,}}}}.....)))))).)))))))))|||,......,))})})}...)))))).)))}}.,{{((|,.|,.,,,|{{(,,({{{{{{{..,..,((((((...(((((.((..{(((((((((((...{,.....................,,)))))))))))})).)))))...))))))|,....((((..((,{(((((((...)))))))))).))))......(({...|||.{(.((((({{{((((((((((((....))))).........)))))))))))))).)|{{{.(,{({(,((,...)).)))),).}))).((((((((..((({{((({..,(({(((((((((..(((((((((.(((.....((((....)))).,..,(((((((......)))))))..)))))))))}..))..))}}})))}},.,,....(((((((..((((((((((........(((..((((...))))..)))...,,,.......,(((((((((...}}}....}))))).((((..........)))){{{{{,,.}}))),{((((((.....))))))}..((((((((((({,.,.((((({....,..(((((((.({,((....)))))))))))..,.....{,{...........................,.((((((((...)))))))){((((((,{((((((((((((.((((((((((((((({,{.{((((((...,({{...{((((..((((.,.((({{.,,,,,,,,((((((((....,,((((.....)))).,,)))))))).......|,,......|.||||{{{{({....,)).}|}.(({(((((.((((.(((......,...))).)))).)))))}).||||}|}},..,}.||((((....((((((((......))))))))..))))||.((((({.{({,{{(((.........,,.)))))})}}))))).}}{{{{.......,,})))),,))))..))))).,))).,,.))))))).})))))))).))))))...))})))))))..)))))...)))))))...(((((({,{{....((((((..(....}..)))))).....{((,((((((((((......||((((((((.(((((((..((.(((.(((((..(((((.((..((.((((..(,,.....,),)))).)).)))))))..)))))..))).)).,...))))))).)))))))).(((.(((((......)))))))),.(((((((.....))))))).,....((((...((((((((({.{.,,.{(((((((((...........,....))))..))))))},)))))))))))))),{((({(.,(((..{(,.((((((((((((,,...................)))))))))))).))..)))))})).}}.}}...))))))),.}).,.}}}..((((((((...(((((....((....(((((((((.((..((((.....(((.....(((((.(((..((.{{..(.....}..}}.))..)))..))))).)}).))))..)).)))))))))...))....))))).))))))))|(((((.......))))}.,....)}.))))))).........((((....)))).)))))).)))))))))))),.))))))))))..)))).))).,,,..,,,,.|,||{{||||.}}}}}}}}}},,,.,}}}))))))......)))..)))))))).||}|||||.,|||||{((((((..(({.{((((,{(((..(((...)))..)))|{({({|.{{({|..|{....,)),,))))),)))}))},.))))).)))..)))))))))))))).}))..}}||{{{{{{.{{{{{|..|||,,{{{{{|,,,,|||....,{{,...{{{||,,,,.}|}}},.,},})))))))))))))...

Transcripts

ID Sequence Length GC Content
NM_007236.5 AGUGGAAACACUGCCCUCUCCCUUCUUGACCCCUAGCCCUUCCUUCCCU… 3201 nt 0.4599
Summary

This gene encodes a phosphoprotein that binds to the Na+/H+ exchanger NHE1. This protein serves as an essential cofactor which supports the physiological activity of NHE family members and may play a role in the mitogenic regulation of NHE1. The protein shares similarity with calcineurin B and calmodulin and it is also known to be an endogenous inhibitor of calcineurin activity. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

No forensic context available.

Genomic Tracks
Track Image