Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000150.4
Sequence Length
3326 nt
GC Content
0.5809
AUUCCAGGAAGUUUGCAUAGCUCCCUGGACUUCUGCUUUGCACUGCCCUGCAGGAGUGGGUGGGGAAAGGAAGUGGCUUUGAGGCACACAGAGGGGCUUGUUGAGGCCACCGGAGGAAGCUUCUGCCACCAAUAUGGGACCUGUGCCCAGCCUACCAGAAGAGAGCAUCUGAAAACAUGUAUCGACAUGGUAACCCCUCUGCUUGAAGCCUCACAUGGCUCCCUAUUGCCUUGGUGCUGAACACCCUAUGGCUGACCGUGGCCCAGCCUCUGCAACAGCUCUGCCUCCUCUCCAGUGGUGAAGACCCAGCCUGCUGAGACUCCUCCUGCAGUUCCUCAACAUGCCUGCAUUUCUGCUGCCUCAGGGCCUUUGCGAAGGUUGUUCCUUGUAACUGGAAUGCCCUUCCAUCCCUUUUUUAUUCAAAAGGCUGCAAUUUUAAUUGAAGAAAGUUCCCUUCCAAGGUUCAUGAGUUGCCUGACUUGCCCACCGGUUUCCUGCAAGAUCCCUUGGCCUGGCACUUAGUGCUCAGGAAAUAUUUGGUGAUGGGCCAACUGAGUGAGAAGGUGGGAUCUGGUGGGAAGGAAAGCGGAAAGGUAGAAAUUCUGCUCACUUCCUCAUUCCCACCUCCCAAGGAACCCCUGGUGUCCCUGUGGAACCCGCUUUGGGAACCGGUGGUUCAGGUCAGCCUUUUCACUUUGUACUCAAAGCCACAUCGCAUUGAAGCCACAGGUGGGGCAAGGUCAUGCAUGACCUGAGUCUCCAAAUCCCUUCACCCUGUUUGGUUCUGCAACGGGGAUUAGGGGAGCCCCACGAUUUGUUUUCAAAGGAUGUCCGGGCUCCAGGACAGGAUGCCCUGGGUCACCUGAUGACAGGUGUGGUGGUUGGAAAGGGCCUGGUUUCAGCUCCGGGUACACUUCCUCCUUCCUUCUGCUGCGUGGUGUGGCCUCUUCCACGUCCUCAGAAUCCAGCUGUUACUCCGUCCGCGGCCUCUCAGCUCUAGGGCCCUCUGCACACUGGCCCCCCCAGUGUCACGGGCAUCCAGACGGGAUCCAGUGCAUCCUCUUUUAGAAGAAAGGCCUGUCUCCAGAUCCCCGAGUCCCUCUAGCAUCUCCCAGAAGGUGUCAGACGCAGCAGUGUCCAGGGAGCGGCAGCAGAUACUCUGACCCAUGGAUCCCCUGGGCCCGGCCAAGCCACAGUGGUCGUGGCGCUGCUGUCUGACCACGCUGCUGUUUCAGCUGCUGAUGGCUGUGUGUUUCUUCUCCUAUCUGCGUGUGUCUCAAGACGAUCCCACUGUGUACCCUAAUGGGUCCCGCUUCCCAGACAGCACAGGGACCCCCGCCCACUCCAUCCCCCUGAUCCUGCUGUGGACGUGGCCUUUUAACAAACCCAUAGCUCUGCCCCGCUGCUCAGAGAUGGUGCCUGGCACGGCUGACUGCAACAUCACUGCCGACCGCAAGGUGUAUCCACAGGCAGACGCGGUCAUCGUGCACCACCGAGAGGUCAUGUACAACCCCAGUGCCCAGCUCCCACGCUCCCCGAGGCGGCAGGGGCAGCGAUGGAUCUGGUUCAGCAUGGAGUCCCCAAGCCACUGCUGGCAGCUGAAAGCCAUGGACGGAUACUUCAAUCUCACCAUGUCCUACCGCAGCGACUCCGACAUCUUCACGCCCUACGGCUGGCUGGAGCCGUGGUCCGGCCAGCCUGCCCACCCACCGCUCAACCUCUCGGCCAAGACCGAGCUGGUGGCCUGGGCAGUGUCCAACUGGGGGCCAAACUCCGCCAGGGUGCGCUACUACCAGAGCCUGCAGGCCCAUCUCAAGGUGGACGUGUACGGACGCUCCCACAAGCCCCUGCCCCAGGGAACCAUGAUGGAGACGCUGUCCCGGUACAAGUUCUAUCUGGCCUUCGAGAACUCCUUGCACCCCGACUACAUCACCGAGAAGCUGUGGAGGAACGCCCUGGAGGCCUGGGCCGUGCCCGUGGUGCUGGGCCCCAGCAGAAGCAACUACGAGAGGUUCCUGCCACCCGACGCCUUCAUCCACGUGGACGACUUCCAGAGCCCCAAGGACCUGGCCCGGUACCUGCAGGAGCUGGACAAGGACCACGCCCGCUACCUGAGCUACUUUCGCUGGCGGGAGACGCUGCGGCCUCGCUCCUUCAGCUGGGCACUCGCUUUCUGCAAGGCCUGCUGGAAACUGCAGGAGGAAUCCAGGUACCAGACACGCGGCAUAGCGGCUUGGUUCACCUGAGAGGCUGGUGUGGGGCCUGGGCUGCCAGGAACCUCAUUUUCCUGGGGCCUCACCUGAGUGGGGGCCUCAUCUACCUAAGGACUCGUUUGCCUGAAGCUUCACCUGCCUGAGGACUCACCUGCCUGGGACGGUCACCUGUUGCAGCUUCACCUGCCUGGGGAUUCACCUACCUGGGUCCUCACUUUCCUGGGGCCUCACCUGCUGGAGUCUUCGGUGGCCAGGUAUGUCCCUUACCUGGGAUUUCACAUGCUGGCUUCCAGGAGCGUCCCCUGCGGAAGCCUGGCCUGCUGGGGAUGUCUCCUGGGGACUUUGCCUACUGGGGACCUCGGCUGUUGGGGACUUUACCUGCUGGGACCUGCUCCCAGAGACCUUCCACACUGAAUCUCACCUGCUAGGAGCCUCACCUGCUGGGGACCUCACCCUGGAGGGCACUGGGCCCUGGGAACUGGCACCCAUGGGGCCCCACCCAUGAGUGAUGGUUCUGGCUGAUUUGUUUGUGAUGUUGUUAGCCGCCUGUGAGGGGUGCAGAGAGAUAAUCACCGCACCGUUUCCAGAUGUAAUACUGCAAAGAAAACCGAUGAUGAGGCCGGGUGCGGUGGCUCACACCUGUAAUCCCAGCACUUUGGGAGGCCGAGGCAGGCGGAUCACAAGGUCAGGAGAUCGAGACCAUCCUGGCCAAUAUGGUGAAACCCGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAUUUGCCGGGCGUGGUGGUGCAUGCCUGUAAUCCCAGCUACUUGGGAAGCUGAGGCAGGAGAAUCGCUUGAACCAGAGAGUCGGAGGUUGCAGUAAGCCGAGAUCGCGCCACUGCACUCCAGCCUGGCGACAGAGCGAGACUCUGUCUCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUUAGCUGGGUGCGGUGGCCGGUGCCUGUAAUCCCAGCUACCCAGGUGGCUGAGACACAAGAAUCGCUUGAACCCAGGAGGCAGAUGUUGUAGGGAGCCAUGAUCGCACCACUGCACUCCAACCUGGGCGACACAGUGAGACUGUCUCAAGAAAAAAAAAAAAAGGGGGGAGUGUCCCUUUCUGAGUGUGCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1357.7 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1410.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 777.43
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((((.((((.....)))).))))))....(((...(((((((((....((((((((((((((......(.(((((((((.....((((((((...((((.((((((((..((..((....))..))....)))....)).))))))).(((((...((..((((........)))).))....))))).))))))))))))))))).).(((((((((((...(((..((((.....))))....)))((.(.(.(((...))).).)))(((((((((((((((((((((.(((((.(.((((((..(.((((.(((((...((((.(((((((((.(((.(((....))).(((....)))...((.(((((.((((((........)))))).)))))))..((((((......))))))((.((((....)))).))...((((((...((((((((.((((..(.((((((((.((((((((((((.((.(((((((...((((..(((((((((((((...............)))))..))))))))...)))))))))))(((((((((((((((((((.........)))))))...)))))...)))))))(((((.((((((...))).))).)).)))....))...))))))))))))..)))))))).)..))))(((((....)))))........(((((((((((((((((((((.((((((....))))))(((((((((........((((.(.(((((....(((.(((((((((((((((((((((.(((((((.(((..((.((((((((((((......))).)))).))).))))))).))))))))))).))))(((..((((..((........))((((((((...........(((((..((((((...........))))))...)))))...(((((.....(((....))).....)))))((.((((((..((.(((((((.....))))))))).))))..))))..((((((....((((.(......((((((((.(((.(((..(((......(((...)))..((((((......))))))..((.((((((((((.((((.((((((..((((...))))..(((.((....)))))(((((((((........)))))).))))))))).))))...)))))))))).)).....)))..))).).)).)))))))).......).))))(((....)))))))))...))))))))....((((((((((........)))...)))))))..))))..)))...)))))))))..(((((((...((.........))...))))))).....)))).)))))))).).))))...((((.((.(((((((((((.....((((.(((((.((((..(((.(((((((....(((....(((((..(((....)))..))))).)))...((((((((.(((..((((((((.........)))).))))..))).))))....))))((((((.....((((....)))).((((..((.(((((..((((......))))..)))))..))....))))))))))(((((.............(((((((((((.(...).)))))))))))((((((.(((((((((....(((......)))..)))).)))))..)))))))))))...((((((.(((.....(((((.((.((((.....((((.((((.(((((...(((((((((((((.((((((((((((((((((.(.(((((...)))))...).)).))).)).)).))))..))))).))))......))))).))))..(((((.(((..(..((.(......)))..)..))))))))..).)))).))))))))...)))))).))))).))).))))))..(((((........((((((((((.((((((..((((.......(((((.(....(((((..((...((((((......))).)))...))..)))))....).)))))(((((((..((((.....)))).)))))))...(((..(((((((.((((((((((.((((.((.((.....)).))))))))))).......))))).....((((((((((.(.(((......)))).)))))..))))).)))))))..))))))).)))).)).)))))))))).......(((((((((((....)).)))))))))........(((.(......))))...)))))..))))))).)))..)))))))..))..))))....))))))))..)))))))))))))))))).....((((((..........)))))))))))))))).)))...))))))))(((((.((((((((......)))).....)))))))))..((((((((((((((.((((..((...)))))).))))))).)))))))))))))))......))))))...))))))))))))..........(((((.....)))))((((..(((......)))))))..)))).))))).)))).).))))))..).))))))))))).(((((.((((...((((((..(((.((((((......)))))).)))..))))))(((((((..............)))))))..(((.(((.(((((.(.((.....)).).))))).))).))).((((....)))).................)))).)))))((((.....)))).((..((((((....)))))).)).(((((.((.(..((((..((((((((...........))))))))......))))..))))))))......................((((((((......))))))))...((.((((((((((((.(((((.((((((.....(((((........))).))..((((......))))...((((.((((((((((.(((((.(((.(((((((.....))))))))))............................))))))))))))))))))).))))....))))))).)))))))))))).))..((((.....)))).....)))))))))).)))))))))))))))).)).).))))).)))))).....))))((.(((((...))))).)).............(((((((......)))))))...)))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((((.((((.....)))).))))))........,((((({((((.{..(((((((((((,,,......{.(((((((((,,...((((((((...((((.(((,{,,(((({...}}})})}|.,|,...|||{....}.)))))}}.{{{(({..{{..{{{|.|.....,||}}.}}..},))))}.))))))))}}))}}))),).(((((((((((...(({..((((.....))))..,.|||,,.,.|.||{.,,))).}.|||((({{((((((((((((((((.(((((.{.((((((..(.((((.(((((...((((.(((((((((.(((.(((....))).(((....)))...{(.(((((.{(((((........)))))}.))))))}..((((((......)))))){{.((((....}))).}}...((((((...((((((((.((((..(.((((((((.((((((((((((.((.(((((((...((((..(((((((((((((...............)))))..))))))))...)))))))))))(((((((((((((((((((.........)))))))...)))))...)))))))(((((.((((((...))).))).)).)))....))...))))))))))))..)))))))).,..)))}(((((....))))),......{(((((((((({((((((((((.((((((....))))))(((((({{,..,((((,..((((((({(......))))))))...))))}{(((((((.(((((((.((,.,((.((((((((((((......))).)))).))).))))))).))))))))))).)))}((((((({(((((,..,(((.{((((((((({.((({.{(((((((((.(((.((((((((((..((((..(((((((...({.(({{....{((,((((((((.((((.(((((.((,,....(((((,(((({.{{{||||||.(((((((.....,,.((((((,{(.(({..,{(({,...,})),}})}})),,....)))))).{{{,,..||,.{,,{{{....{{||||||{,||.((((((((((.((((.((((((..((((...)))).,(((.((....)))))(((((((((........)))))).))))))))).))))...)))))))))}((((((((((...(((.(((.(({{...{{,,...,{{,(({((((...,}}})..,,||,.|,|,.,,,....|||{{{{{{{,,..,,,.))),,.)||}}}}..|||,{,{((({{..||.|{{{{.(((((((...((.........))...))))))).((((((((((((((.(((.,((.((..(((((((,((({(({.....,.,{|||{((({{..}||{{.....,.})))}..)))))),..(((((..(((....)))..)))))....,,.)))))..)).}),,..)))...)}}})))).))))))).},,))),},))..,,),}}))))}....})))))}.))))))))))))),,.(((((..((((......))))..))))),{{,.,,,,|||}.|||.|}}}}}}}}..}}}}...(((((((((((.(...).)))))))))))((((((.(((((((((....{{{.,,...}},..)))).)))))..))))))))).,..})}}))|}.........))))),}))}|......}}))))).((((((....(((((((((((((.((((((((((((((((((.(.(((((...)))))...).)).))).)).)).))))..))))).))))......))))).))))....))))))................)))}.)))))))))))..,{({{((.((((((((.(((.(|((((({{{,(({|.}}}|||(,{({..,,.,,,|.{||,.}})),.,.,}..)}}),}..))))).)))))...})))).))))),,)).,,.})}..)),..))).))))..))))..))).)))))))))).....((((.....((((.((((.....))))))))....)))).((((((.((((.((.((.....)).))))))))))))....)))))))))}..((((((((((.{.(((......)))}.)))))..))))).))))..))))),,.})}))))})))))))..))},..,})))(((((((((((....))))))))))))........,)))},}||.|||||||}||,..|,|,||||{{||{{{|,,..||.,{|{{,(({{.,|}},,((((......)))).|||||||||,....,,|)))}}}}}}....}}}))))))))}))}).})),,}))))))))((({||(({(((((......))),,...}})))))))),.((((((((((((((.((((..,,...,})))).))))))).)))))))))))))))......))))))...)))))))))))).......,.{(((((.....)))))|||{..{({......))},,}}..)))).))))).)))).}.))))))..}.))))))))))).(((((.(((({,,((((((..(((.((((((......)))))).)))..)))))}(((((((.,.,{..,|,,...}}}}}||,,(((.({(,(((((.(.({.....||,|,|||||.|||,}}}.{(({....})}}...............}.)))}.)))))||||,....)))),||..{((((,....|))))}.,},||||||((|(|.((((..((((((((,........,.))))))))......))))..,))))))}..................|||.((((((((......)))))))),,.{(.((((((((((((.(((((.((((((....,(((((........)}},}},.((((......))))...((((.((((((((((.(((((.(((.(((((((.....)))))))))}.........................,}.))))))))))))))))))).))))}...)}))))).)))))))))))).)}..{{{{.....)))).....)))))))))),)))))))))))))))).,}.}.))))).))))))..,..))))|,.(((((...))))){||,.,,..........,(((((,.....)))))))}},}).))))),
Back