Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000291.4
Sequence Length
4812 nt
GC Content
0.4281
GUUCCGCAUUCUGCAAGCCUCCGGAGCGCACGUCGGCAGUCGGCUCCCUCGUUGACCGAAUCACCGACCUCUCUCCCCAGCUGUAUUUCCAAAAUGUCGCUUUCUAACAAGCUGACGCUGGACAAGCUGGACGUUAAAGGGAAGCGGGUCGUUAUGAGAGUCGACUUCAAUGUUCCUAUGAAGAACAACCAGAUAACAAACAACCAGAGGAUUAAGGCUGCUGUCCCAAGCAUCAAAUUCUGCUUGGACAAUGGAGCCAAGUCGGUAGUCCUUAUGAGCCACCUAGGCCGGCCUGAUGGUGUGCCCAUGCCUGACAAGUACUCCUUAGAGCCAGUUGCUGUAGAACUCAAAUCUCUGCUGGGCAAGGAUGUUCUGUUCUUGAAGGACUGUGUAGGCCCAGAAGUGGAGAAAGCCUGUGCCAACCCAGCUGCUGGGUCUGUCAUCCUGCUGGAGAACCUCCGCUUUCAUGUGGAGGAAGAAGGGAAGGGAAAAGAUGCUUCUGGGAACAAGGUUAAAGCCGAGCCAGCCAAAAUAGAAGCUUUCCGAGCUUCACUUUCCAAGCUAGGGGAUGUCUAUGUCAAUGAUGCUUUUGGCACUGCUCACAGAGCCCACAGCUCCAUGGUAGGAGUCAAUCUGCCACAGAAGGCUGGUGGGUUUUUGAUGAAGAAGGAGCUGAACUACUUUGCAAAGGCCUUGGAGAGCCCAGAGCGACCCUUCCUGGCCAUCCUGGGCGGAGCUAAAGUUGCAGACAAGAUCCAGCUCAUCAAUAAUAUGCUGGACAAAGUCAAUGAGAUGAUUAUUGGUGGUGGAAUGGCUUUUACCUUCCUUAAGGUGCUCAACAACAUGGAGAUUGGCACUUCUCUGUUUGAUGAAGAGGGAGCCAAGAUUGUCAAAGACCUAAUGUCCAAAGCUGAGAAGAAUGGUGUGAAGAUUACCUUGCCUGUUGACUUUGUCACUGCUGACAAGUUUGAUGAGAAUGCCAAGACUGGCCAAGCCACUGUGGCUUCUGGCAUACCUGCUGGCUGGAUGGGCUUGGACUGUGGUCCUGAAAGCAGCAAGAAGUAUGCUGAGGCUGUCACUCGGGCUAAGCAGAUUGUGUGGAAUGGUCCUGUGGGGGUAUUUGAAUGGGAAGCUUUUGCCCGGGGAACCAAAGCUCUCAUGGAUGAGGUGGUGAAAGCCACUUCUAGGGGCUGCAUCACCAUCAUAGGUGGUGGAGACACUGCCACUUGCUGUGCCAAAUGGAACACGGAGGAUAAAGUCAGCCAUGUGAGCACUGGGGGUGGUGCCAGUUUGGAGCUCCUGGAAGGUAAAGUCCUUCCUGGGGUGGAUGCUCUCAGCAAUAUUUAGUACUUUCCUGCCUUUUAGUUCCUGUGCACAGCCCCUAAGUCAACUUAGCAUUUUCUGCAUCUCCACUUGGCAUUAGCUAAAACCUUCCAUGUCAAGAUUCAGCUAGUGGCCAAGAGAUGCAGUGCCAGGAACCCUUAAACAGUUGCACAGCAUCUCAGCUCAUCUUCACUGCACCCUGGAUUUGCAUACAUUCUUCAAGAUCCCAUUUGAAUUUUUUAGUGACUAAACCAUUGUGCAUUCUAGAGUGCAUAUAUUUAUAUUUUGCCUGUUAAAAAGAAAGUGAGCAGUGUUAGCUUAGUUCUCUUUUGAUGUAGGUUAUUAUGAUUAGCUUUGUCACUGUUUCACUACUCAGCAUGGAAACAAGAUGAAAUUCCAUUUGUAGGUAGUGAGACAAAAUUGAUGAUCCAUUAAGUAAACAAUAAAAGUGUCCAUUGAAACCGUGAUUUUUUUUUUUUUCCUGUCAUACUUUGUUAGGAAGGGUGAGAAUAGAAUCUUGAGGAACGGAUCAGAUGUCUAUAUUGCUGAAUGCAAGAAGUGGGGCAGCAGCAGUGGAGAGAUGGGACAAUUAGAUAAAUGUCCAUUCUUUAUCAAGGGCCUACUUUAUGGCAGACAUUGUGCUAGUGCUUUUAUUCUAACUUUUAUUUUUAUCAGUUACACAUGAUCAUAAUUUAAAAAGUCAAGGCUUAUAACAAAAAAGCCCCAGCCCAUUCCUCCCAUUCAAGAUUCCCACUCCCCAGAGGUGACCACUUUCAACUCUUGAGUUUUUCAGGUAUAUACCUCCAUGUUUCUAAGUAAUAUGCUUAUAUUGUUCACUUCUUUUUUUUUUAUUUUUUAAAGAAAUCUAUUUCAUACCAUGGAGGAAGGCUCUGUUCCACAUAUAUUUCCACUUCUUCAUUCUCUCGGUAUAGUUUUGUCACAAUUAUAGAUUAGAUCAAAAGUCUACAUAACUAAUACAGCUGAGCUAUGUAGUAUGCUAUGAUUAAAUUUACUUAUGUAACUUUUAUUGUCUUUGGCAUUAACAGUGUUUCAAAAAAUUUUCUGUGUAUACCCAUCAGUGAUUCAUUCCCAAAUCUUCUAGAAGCAUAAGUGUCUCAAUAUAUUAAAACAUAUUGAAUAAUCCUUGUUAGAGUUAUCCCUGCAGGAGUCCUUAGUGCUCCUUUAUCCAAUUUGUACUUGAUGCCCUCUAGGCAGGGUGUACAGCUAGCUGUUGCUCUGGUAUUUCCUAUAACCUUCUUGGGGAUUUCUUUUACCUCCUGUGUUAGACUCCUGUUUUCUGGAUUCCCCCUUUUCCCUCUUUCUUGGUCUACUUUUUGUAGAACACAAGACUCUACUAGCUUCCUGAGAAAGGGUGCCUGGGAGGCAAAAUCUCUAAGACUUUGUAAGUCUGAAAAUGUCUUUAUUCGACCCUUAUACUUGAUUCCUAGUUUGGCUAUAUAUAGAAUUUUAGCCUGAGUAUCACUUUUUGAGACUCGAAGCCACUGUUUCAUUGUCACUAUUGAGAAUCUAAAUGGCCAUUCGGAUUCUUUCAUCAUCUUUAUAAUUUUACCUUCCUAUUUCUUUCCUGUCCUUUUAAUGGAGUUUUGGGAGAGAGCAGAGGUAAACAUGAUUUGAAAAAGCCAUGUCUGACCAGAAAUUCUGUGCUGGAAAGAUAUGUAUUUCACCUUUAGGGACAAAGAAAUAAACUUUUGGACAGGACCACAGAGCUAGUAAGUAACAGCAGGGAUUCAAGUCCAGGUUUGUCUGGUUCCAGUGGCUGAUGCUUUUCCAAUGUGCCUCCGUCCCUGACAUGAUGCUUCUAGGCUAUAGAUGCUUCUAGACUCUAUCCCUGACAUGAUGCUUCUAGACUAUUUUGUUUAACCCUGGAUAGAAUAGCAAAAGAAAAUUUUGGUGGUUGCUCUAAACAAAACAGAAAUUUGAAAGCUCAAGUUUUUUCUUCAUUUGUAUUUUAGUUAAUACUGUACCCAUAUUUGUAGUUAAUUUUAAAUUGUACCAUGUUUCUGCAUACCUCUAUGGGUACUCAGGAAUUCUAGUCCAAUUUUUGUGACUUUUUCCUACUGAUUACCUUUCCUCCAACGUUUUAAAAAUUAUUUCAAAUGGAACUGAAAGAAGCAUAAACUCCCAUAAACCCAGCACCUAGACUCUACAAUUGCCAACAUUAUCUAUCCAACAAUCUCUGACUGUACCUUUUAAGUACUUUCUACUGGACUGUUUCCAGGAUCACCCCUCAUUUAUUUGGGUUGUUAACCUAAAGAAUGAAUGGGGGAAUCUCCAGUCAUAAACAACUUGUCAAUUAGGCAAAUAUUUGAGUUCCUUCUAUGUGCUUAAAGACGUGAUAGAGGGAAUAUAAGAGCAUUUAUGUUCUGAAGGAAUUUUUAACCUAACCAAAGAAGAUAGUAGAUAACUUGUGUGCAUAUAAGCUAGAACAGUAUAAGGGGCCGGGCAUGGUGGCUUACGCCUGUAAUCCCAGGACUUUGGGAGGCCAAGGCGGGCAGAUCACCUGUCAGGAGUUUGGGACCAGCCUGGCCAACAUGGUGAAACCCCGUUUCUACCAAAAAUACAAAAAUUAGCCGGGCGUGGUGGCGUGUGCCACUGUAGUCCCAGCUAUUCAGAAGGCUGAGGCAGGAGAAUCACUUGAACCCGGGAGGUGGAGGUUGCAGUGAGCUGAGAUCACGCUACUGCAUUCCUGCUUGGGCGACAGAGUGAGACUCUGCCUCAAAACAAAAACCCCACAAAACAGUAUAAGGAUGUGCUUUCUAAUUUGGAAUUAUGAAUUAUUGGUAAAAUAUUGCAAAGGUGUAUGCUUUAAGUUGUAAAUUCACCUUUAACCCUAGACUAUAUAUGUGUGUUUAUAUGCAGAAAAAAAUAAUUCCCAUGUCGUAAGUGAACAAUUUGGUUCUUUAGCUCAGUGUUUUCCUGUUUUCUUCAUUUCCAAAAUUUCCCUCUAGCACAGGGGUUUACACAUGAUCAAAAAGGAGUAUACAAUGAAGACACCUUCCUCAGUCCCCUACCUACCAGUUUCCCUCCCCAGAAGCAACCUCUGGAAGACCAGUUUCUUUCAAUCUAAGGCUAUUUAAUAUACAUUAAGAGGCCGGGCGCAGUGGCUCACGCCUGUAAUCCCAACAACACUUUGGGAGGCCCAGGCAGGCGGGUCAUGAGGUCAGGAGAUUGAGACCAUCCUGGCUAACACGGUGAAACCCUGUCUCUACUAAAAAUACAAAAAAUUAGCUGGGCGUGAUGGUGGGCGCCUGUAGUCCCAGCUACUCGGGAGGCUGAGGCAGGAGAAUGGCGUGAACCUGGGAAGCGGAGCUCGCAGUGAGCCGAGAUCACGCCACUGCACUCCAGCCUGGGCAACAGUGAGACUCUGCAUAAAGAGCAUACCCAUGUGUGUACCUAUCUAUCUAUCUAUCUAUCUAUCUAUCUAUCUAUCUAUCUGUAUAUAGAUAUAUUAAAAUGUAAAUGGUGGCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1436.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1529.08
Frequency: 0.0000
Diversity: 1383.61
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(((...)))..(((.((((.((((((((.((.(((((((((..(((.....))).(((.((((((((.(((((((((.....((((...((((((((......)))).)))).))))..))))))........))).)).))))))...))))))))))))....(((((.......)))))...................((((((((.((((.((((((.(((((........))))))))))..).)))).......)))))))).((((((((...(.(((((((..(((((((.....((((.....((((((((((((((...((((((((((.........)))))..)))))....)))))(((((...)))))(((((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((...))))))...((.(((....))))).(((((((......))))))).(((((((((((((((..(((....((((((((.(((....)))(((((..((......(((((((...))))))).......(((((((..((((.(((((((((.((.(((.((((((((((((((((((((((((((((..((((((........))))))..))..))).)))))))))...((((((..(((((((....((.(((((((((...(((((((((((.(....((.....))....)))))))...(((((((((((.((....((((..((((((((......((.(((((((((((((.((.........((.(((((((....)))))))..))...((((((.((((........).)))))))))((((.(((.....))).)))).((((...(((..(.(((.....((((....)).)).....))).)...)))...)))).)))))))))))))).).))........))))))))....(((.(((((((...((((((..((((((.(((((((((((((.((....(((((........)))))....)))))).))..))))))))))))).((.(((((((.((((...((((.(.(((((.(((....))).))))).)))))...))))..))))))))).(((..((((.((((((((((((((((..((((.((....)))))).))))))).)))).(((((((....))))))).(((.(((((((....))..))))))))..........))))).))))..))).)))))))))))))))).(((((.((((((......)))))).)))))))))....)).))))).))))))..))))).)))))...(((((((.((((.....(((((....))))).......((((((((...((((((((((((.....(((.......)))....))))))).))))))))))))))))))))))))...........)))).))....))))))).)))))).(((((.(((((..((((((.....(((((........)))))...(((((...)))))....)))))).))))).)))))..............................))))))))))))))...)))..))..)))))))))..))))....)))))))......(((((((((((((((.((((((...........)))))))))..))))))))))))....(((((...)))))(((.(((((((.((((((...(((((((.(((............((((((.((.....)).))))))(((.(((....(((((((((((((.((....(((((((.((((((((..(((..........))).)))))))).(((((..(((((..........)))))..))))).......(((........))))))))))..((....))..........(((((((((...((((........))))...)))...))))))...(((((.........))))).....)).))))......)))))))))...)))))).(((((((((......((((....)))).....)))...)))))))))))))).)).....)))))).))))))).))).....((((((((.....))))))))(((((........)))))))..))))))))))).))))).))))).))))))..))))...)))))))..............((((((........))))))..........(((.((((((((...((...((((.((((...((((((((((..(((.(((.((((...)))).))).)))...........(((((((((((((..((((((((((((((..((((((....(((((((((.......(((((((........)))))))...(((((((((((((.((((..(((((((((.......)))))...........))))...))))..)))))((((((((.(.((.((..(((((((((.((((.((((((.........))))))...(((((((((((((.(((.(((((((((((...((....((((((...((........))(((((.....)))))(((((((..(((((((.((((..(((...((((((.(((((((((...((....((((((...))))))))...)))))...(((((..((((....((((..((.....(((((............)))))..)).)))).....))))..))))).....((((((.(((((.(((..((((((((.(((....))).))))))).................((((((((.....(((((((((((((.......)))....))))))))))..)))))))).......(((((....(((((((..((((..........))))..)))))))..))))).)..))).))))).))))))....((((((...((((((....((((.(((((.((((((((((...(((((((......)))....(((.(((.((.((...........)).)).))).)))....((.((.((((.....)))).)).))..))))..))))))).).)).))))))))).((((((((((((....))))))))))))(((((.....)))))))))))..))))))......((((((((((....)))))))))).........(((((......))))).(((((((((..(((((........................)))))......)))))))))..(((((....(((((((...))).))))..))))).........(((((.((((......................))))...)))))...................))))))))))...))).................................((((((....................(((((.....)))))(((..((((((((((.((((((((...))))))))))))))..))))..)))..))))))........(((((.....)))))........(((((((((((..((........)).)))))))))))...((((((....))))))..(((.........))).......)))).)))))))...)))))))((......))...........))))))))((((((((((((.((((((.....((((((....))))))..(((((...(((((.....))))).....))))).(((((((((((.....(((((((((...))))).))))...............))))))).)))))))))).)))))))).))))(((((........))))))))))))))......)).))).))))))))))))).((((((.(((((....)).)))))))))....)))).)))))))))))))).))))))))..........................)))))))))))).)))))))))))....)))))))))))((((....))))(((((((..(((........)))....)))))))...................)))..)))))))))))))...............)))))))))).)))))))).)).)))))))))))......))))))))))))))............((.....)))))))))))))........))))))))).....((((....))))...................(((((........)))))......(((((((......))))))).....)))).........)))))))..))))))).)...)))))))).(((((...((((((.......))))))....)))))(((((((((((..((((((((...........))))))))......))))...)))))))....................((((((((..((..(((....)))..))..))))))))((((.(..(((.((((.((((..((((((((..((.((..(((.....)))......)).)).)))))))).....)))).)))).)))..)..)))).((((......))))....)).)))))))).))........................(((((((.(((......))).)))))))...............)).))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....(({...|}}..(((.((((.((((((((,((.{((((((({.,((({{(({{,..{{,,(((((({{.(({((((((.....((((...((((((((......)))).)))).))))..))))))........)))},}.))))))..,))}))))))))}....(((((.......)))))...................{(((((({.((((.(((({(((((((........))))))))))..).)))).......)))))))}.{(((((((...(.(((((((,,{{{{{{|,,,.,(((({{{,,((,,,{,,(((({({,{(,(((({{{{.......{{|||||{{|||},,.,,|||||,,,,,...))))),||,|{{|||||{,{|||||||,,{{..||||..,{||||}.,))))})})).|,|{{,,{{||||{.(((((((......))))))).,{,,{(({{((((....{(({{{{((((({,,,(((....||,{(({{,,({......(((((((...)))))))...,,.,,{{{{{{||||{{,{{{{{((((,((,(((,(((((((((((((({(((((((((((({..((((((,......,))))))..),.})))}})))))))}...((((((..(((((((....((.(((((((((...(((({((((((.{.,.,{,.....)),..,})))))),,.(((((((((((.((....((((,.((((((((......((.(((((((((((((,,{,,..{,.{{(({{{((((,.{{,|||||||{,},..,|||||{{(,.{....,,||}.{{{{{.||(((({.{{,...}})})))},))))},.,,|||..,|{||.....}}||..,}}},,,,....|||{,...,..}))),,,,}})))))))))))).).))........))))))))....(((((((((((...((((((.,((((((.((((((({((((,{((....(((((........)))))....))))))}.}..))))))))))))),{{.(((((((.((((...((,(.(.(((((.(((....))).))))).}}))},..))))..)))))))}}.(((..((((.(((((,((((((((((,.((((.((....)})))).}}))))),)),}.(((((((....))))))).{{{.(((({((....))..)))))}}|......}),.))))).))))..))).)))))))))))))))).{((((.((((((......)))))).)))))))))..}.)).))))).)))))).,})))).))))}...(((((((.((((.....(((((....))))).......((((((({..,((((((((((((.,,..{({.......}}).}}.))))))),})))))))))))))))))))))))..........,)))).))....))))))).)))))).(((((.(((((..((((((.....((((({......,)))))...,{{{(,..}}}}}....)))))).))))).)))))..........,,{{........,,,,,...)))))))))))|||,,,|}},,,,..,}))}})))}}}},,.,,,|}}},,,.}}}|.(((((((((((({{(.((((((.,.....,...))))))}))..))))))))))))...,{({{{...})))}|,,.,,,,,||}||||||,,}||||,,,,{{({{{{{,{{,{,{((((((.((.....)).))))))|||.|||},.,|||||{(((((((.((,,,,{{{{,((,(((((,.({{((.{(((({((((({{.,,||,((({(((((..(((((.{{.....}.)))))..))))}....,,,(((........||},,,}}}},,||}.,,}}|,,.....,.(((((((,,,{.((((........))))...})..,.))))))...(((((.........)))))..||||}.|||||||..,..}}}},,,..,|||,,,{(((,(((......}}|.}}}}.}))}.....{|||....}}}}|||||,,,,,{{{{,..,))))),,,,}},}.}}},....{(((((((.....)))))))}.............})))))),,)))))}}})))})......,)))})))))))})))...}))))|||,,.{{{........{(((((.,,,....}}}}}}||,|}||,,,||.{{{(((({{,||||..,{{{{,{({{.||{(((({{{{|},|{{.||{.{|||..,)))),}}}.}}},,,........{{{{(({{{{{{{..|{{{{{{(((({{{,.{{{{{{..,,(((((((((..,{{{,(((((((........)))))))...,{{{{{{,{(({({{{{({{((({(((((....,|,||}}}}..........{||||,.,,{|{{,,,,.|}}}|||,}|}||{{{.{((({{({{{,(({,..{{{{,...,,.,,,|||{||,,.,,,,{,{((((((,{{,,{{{((({{{{,,,.|||...,{{{,,...,,....{(((({(((((.....))))}|}.})))}.,,,,{{{{{{{{,,{||.,||||{||.{||||||{{,,.|||,,.||{(({...,}}}}},|,,.,||},,|.,,,|}},|||,.{{{.{.,,.,,|||,.(((((.,........,.))))),{{{|.{{{.....))),))))}|||,...((((((.(((((.(({..((((((((.(((....))).)))))))}..,,,,..........((((((((.....((((((((({(((.......)))....})))))))))..)))))))).}}}}..{({{{....(((((((..((((..........))))..)))))))..))))}.,..})).))))).))))))..,,,{{|||.,,||||||}}}}||||,{|||{.{{||||||||...,{{(((({....|)))|...(((.(((.((.((...........)).)).))),)))....({.((.((((.....)))).)).))..)))),,)}}}}}),),)},))))))))),((((((((((((....)))))))))))){{{{{....,)))))))))))},}},,,,......{(((((((((....)))))))))}.........(((((......))))).(((((((((..(((((..,,,...............,},.))))).,....)))))))))..(((((....(((((({...})).))))..)))))..,,....,|||||,|{{{..,,{{,,,......,}}.,,,))))...)}})),}}},,....}}}}.....}}},|||,,|,,.,,}......|||,.......,,,.............,((,,((((.......))))..}}..(((((.....))))){{{..{(((((((((,((((((((...)))))))}}))))),,))))}.}))},))))},......,,|||||.....)))),.....,,.(((((((((((.{((........)).)))))))))))...((((({....))))))..{((.........}}}......,||||||||||||||.,,}}}}|||,,,,|}}|}}},,,}}},,}}})||{{{((({{(((((({{.(((((....((((({....})))))..,,.))))){{{||.,,,,))))).,}||}}|||{{(||(((((((.....(((((((((...))))).))))............,|.))))))).||||(((,,,.))))))},.)}))}||||,.,,,},,)}}|||||||||||..{{{{{{...|{||||}}}}|||{|.((((((,{((((....)).))))))))),}))},))}))).,.||)})))).,)))))))))}.........,,||,.......,}}}}}}}}}))))}}})}}}|||}},...}})}}}}}}}}({({....|||}(((((((..(((........)))....))))))).....,,.{{.......}}}}},,))))))))}}}},............,,.}}}}}}}}}},,}},}}))}},.)}))}))))||,||||,}||||,}||||}}}..,,....,,{,.......)))))))),,,,},,,.....,})))},}}.,...{{{{,...)))),||||||,||},,|,....{{{{(....,,,,))))).....,(((((((......))))))}.....}|||,.,,,,,,.,}})))),,})))))),)...)))))))}.(((((...((((((.......))))))....)))))((({(((((((,.((((((((,........,.))))))))..,...))))..,)))))))....................((((((((..((..(((....)))..))..))))))))|||{}},,|||.{(((.((((..((((((((.,{(,({..((({...|}}}..,...)).}).)))))))).,...)))).)))),)))..}.|}}}}.{{||......))))|,|||,.,})))))).))....,,,,,,.,|,,,,.,.,,,.{(({(({.(({......))).))))))).,,......}},...)).))).
Back