Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_000505.4

Sequence Length

2036 nt

GC Content

0.6498

ACUCCUGGAUAGGCAGCUGGACCAACGGACGGAUGCCAUGAGGGCUCUGCUGCUCCUGGGGUUCCUGCUGGUGAGCUUGGAGUCAACACUUUCGAUUCCACCUUGGGAAGCCCCCAAGGAGCAUAAGUACAAAGCUGAAGAGCACACAGUCGUUCUCACUGUCACCGGGGAGCCCUGCCACUUCCCCUUCCAGUACCACCGGCAGCUGUACCACAAAUGUACCCACAAGGGCCGGCCAGGCCCUCAGCCCUGGUGUGCUACCACCCCCAACUUUGAUCAGGACCAGCGAUGGGGAUACUGUUUGGAGCCCAAGAAAGUGAAAGACCACUGCAGCAAACACAGCCCCUGCCAGAAAGGAGGGACCUGUGUGAACAUGCCAAGCGGCCCCCACUGUCUCUGUCCACAACACCUCACUGGAAACCACUGCCAGAAAGAGAAGUGCUUUGAGCCUCAGCUUCUCCGGUUUUUCCACAAGAAUGAGAUAUGGUAUAGAACUGAGCAAGCAGCUGUGGCCAGAUGCCAGUGCAAGGGUCCUGAUGCCCACUGCCAGCGGCUGGCCAGCCAGGCCUGCCGCACCAACCCGUGCCUCCAUGGGGGUCGCUGCCUAGAGGUGGAGGGCCACCGCCUGUGCCACUGCCCGGUGGGCUACACCGGAGCCUUCUGCGACGUGGACACCAAGGCAAGCUGCUAUGAUGGCCGCGGGCUCAGCUACCGCGGCCUGGCCAGGACCACGCUCUCGGGUGCGCCCUGUCAGCCGUGGGCCUCGGAGGCCACCUACCGGAACGUGACUGCCGAGCAAGCGCGGAACUGGGGACUGGGCGGCCACGCCUUCUGCCGGAACCCGGACAACGACAUCCGCCCGUGGUGCUUCGUGCUGAACCGCGACCGGCUGAGCUGGGAGUACUGCGACCUGGCACAGUGCCAGACCCCAACCCAGGCGGCGCCUCCGACCCCGGUGUCCCCUAGGCUUCAUGUCCCACUCAUGCCCGCGCAGCCGGCACCGCCGAAGCCUCAGCCCACGACCCGGACCCCGCCUCAGUCCCAGACCCCGGGAGCCUUGCCGGCGAAGCGGGAGCAGCCGCCUUCCCUGACCAGGAACGGCCCACUGAGCUGCGGGCAGCGGCUCCGCAAGAGUCUGUCUUCGAUGACCCGCGUCGUUGGCGGGCUGGUGGCGCUACGCGGGGCGCACCCCUACAUCGCCGCGCUGUACUGGGGCCACAGUUUCUGCGCCGGCAGCCUCAUCGCCCCCUGCUGGGUGCUGACGGCCGCUCACUGCCUGCAGGACCGGCCCGCACCCGAGGAUCUGACGGUGGUGCUCGGCCAGGAACGCCGUAACCACAGCUGUGAGCCGUGCCAGACGUUGGCCGUGCGCUCCUACCGCUUGCACGAGGCCUUCUCGCCCGUCAGCUACCAGCACGACCUGGCUCUGUUGCGCCUUCAGGAGGAUGCGGACGGCAGCUGCGCGCUCCUGUCGCCUUACGUUCAGCCGGUGUGCCUGCCAAGCGGCGCCGCGCGACCCUCCGAGACCACGCUCUGCCAGGUGGCCGGCUGGGGCCACCAGUUCGAGGGGGCGGAGGAAUAUGCCAGCUUCCUGCAGGAGGCGCAGGUACCGUUCCUCUCCCUGGAGCGCUGCUCAGCCCCGGACGUGCACGGAUCCUCCAUCCUCCCCGGCAUGCUCUGCGCAGGGUUCCUCGAGGGCGGCACCGAUGCGUGCCAGGGUGAUUCCGGAGGCCCGCUGGUGUGUGAGGACCAAGCUGCAGAGCGCCGGCUCACCCUGCAAGGCAUCAUCAGCUGGGGAUCGGGCUGUGGUGACCGCAACAAGCCAGGCGUCUACACCGAUGUGGCCUACUACCUGGCCUGGAUCCGGGAGCACACCGUUUCCUGAUUGCUCAGGGACUCAUCUUUCCCUCCUUGGUGAUUCCGCAGUGAGAGAGUGGCUGGGGCAUGGAAGGCAAGAUUGUGUCCCAUUCCCCCAGUGCGGCCAGCUCCGCGCCAGGAUGGCGCAGGAACUCAAUAAAGUGCUUUGAAAAUGCUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-890.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -923.2

Frequency: 0.0000

Diversity: 636.87

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..((((((...((.((((((.((...(((((((.((..((.(((((.((((((..((.(((((((((((((((....(((((((.........)))))))(((((((.....)))))))(((...........)))..(((((........))))).((((.....((((((........))))))....))))..))))))))((((...................((((((.....))))))))))..(((((...))))).(((((.(.(((........))).).))))).........))))))).))..((((......)))))))))).((((((.((((.((.....))))))..))))))......((...))))))).))..)).)))))))....(((((((((((((((((......((((((..(((.((((((((.((((((((((.((((((.(((.............)))...))))))))).))))(((((.(((.(((.(((.((((((((((...((.((.(((.(((((((.(((((..(((((((..((.(((((..((((((....))))))))).)).)).....(((((....)))))))))).))....((((((((.....)))))).)).(((((.(.((.(((.....((((..((((((.....((((((((.........))))))))((((((((.(((((((..((((.....))))..)).))))).)))....)))))....((((..((((..(((((.((..((((((..((((((((.(((((....)))))...(((((....((((...((....((((((((((((((((..(((.(.(((....))).).)))..)))))))))))..((((((...))))))...........)))))))..))))...))))))))))).))....((((.......)))).)))))).)))))))..((.((....)).)).))))..))))..(((((.((..((((.......))))(((.....))))).))))))))))).))))))).)).))))))(((((.(((..(((((.((...(((((........((((((((..(((((.....)))))..)))))))).(((((.(((((((.((((...........)))).))).))...)).))))).(((((((.(((((((.(.((.(((...(((..(((((((....(((((.((.(((....))))).))))).))))))))))...))).)).).))).))))))))))))))))..)).)))))))).)))))))))).))))))).))).))))..))).)))))))..)))..))).)))...)))))....(((((.((.((((..((.((((.((((((.(((.(.((((((.(.((((((.(((((((.............((((((((..((....))..)))))).))...((((((...((.(.(((.((..(((((((......))))))).))..))).)))))))))................))))))))))))).).)))))))))).)))))))))).))..))))..)).)))))..((((((.......((((((((..(((((((((..(((.((((....(((.(((((..(((.(((.(((....)))...))).))))))))))))))))))..)).)))))))(((.((.......))..))).......))))))))...((((((((...))))....))))..(((((......)))))((((........)))).))))))((((((.....)))))))))..)))))))))))..))))))......))))..))))..))))))...)))(((((((.((((.(.(((....))).).))))..)))))))..))))))))))...)))))).(((((..............))))).............

Thermodynamic Ensemble Prediction

..((((((...((.((((((.((...(((((((.((..((.(((({.((((((,.((.((((((({(((((((,{,,(((((((.........)))))))(((((((.....))))))),{{....,......|||,.,{|||...,,,,.}}}}}}||||},,,,((((((........}}))))}...,|||{,||||||},((((,,,.......||,,.....((((((.....))))))}))).}}|||}}}}}.,,..(((((.(.(((........))).).))))).........))))))).})..((((......)))))))))}.((((((.((((.((.....))))))..))))))......||...)}))))).))..)).)))))))....({(((((((((((((((..,...((((((..(((.((((((((.(({(((((({{((((((.(({.............)))...))))))))).))))((((({(((,{{{.{((,((((({((((,,,(,.((.{{{.((({((({(,((((.....|||}.|}}|},,,..((((((....))))))|||.||{||{{.,.(((((....}}}))||||(((((((.{({((({(,,,..}}}})),)),,.,,},,..)))).))),.}))),.}},})}.,,.,((((((((,{,,,{,,,|}|||}||{||||||,|||{{,,{{,,(((((((((((((,(((,((((((({((((((,..}}}.}|||...,,,..,((((.(({{(({(((..(((((((((((((((....,,,...{(((((...)))).)}..,...{(((..(((((.(((.,{.(((...,,(((.({(((((,({.(((|||..|{.{,,((((({...}))))).......{(.(((.((((((.........)))))).))).))...,,,|}}.},..}}},))))),))))))),..))).}.)))}..})))))))...)))}..})))).))))))),}.,,}})|}.|{|}}|||||}(({((((......)))},}||({{....})),..)))))}).(((((((.....))))))){{{...((((((((..(((((.....)))))..)))))))).||}}|}}}..})|}||}}}})))......,|||||||,}}|}||}}}}},)))}|||||}||||||||{,{{,{{||..{{{..||||||{,,..(((((.((.(((....))))).))))),))))))))))....},,}))))),)},)))))))..}|||}}..,,.{|||||||||||}||}}||.}||}|||,|}|,||||..}}}.|}||}}|..||}..})).)}}|,,|}}}}....(((((.((.((((..((.((({{((((((.(((.(.((((((.(.((((((.(((((((,({,....,,,,,(({(((({{{(({,,.,},}))}}|}.|},||({{({(.,.{{.{.|||.|,..|||{|||,,,...))))))).)}..))),)))))}|||.........,.,,,},))))))))))))).).)))))))))).)))))))))).))..))))..)).))))).,(({{((,,,..,.{(((((((,,(((((((((..((,,({{{..,.||,|{{{{|,.|||,|||.|||.,,.,}},,,))},))))))))})))))))))..)).)))))))|||}||,.,,.,})),.))).}},.,}))))))},.,,|||{((((,..))))}.,..|||,|({(((,,,,..}})))||{{.....}}})))}.)||||}((((((.....))))))}))..)))))))))))..))))))......))))..))))..))))))...)))(((((((.((((.(.(((....})).).))))..)))))))..))))))))))...)))))).{{{(({,....{,,,....}},},}}},...,,},..