Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000799.4
Sequence Length
1662 nt
GC Content
0.6396
CCUUUCCCAGAUAGCACGCUCCGCCAGUCCCAAGGGUGCGCAACCGGCUGCACUCCCCUCCCGCGACCCAGGGCCCGGGAGCAGCCCCCAUGACCCACACGCACGUCUGCAGCAGCCCCGCUCACGCCCCGGCGAGCCUCAACCCAGGCGUCCUGCCCCUGCUCUGACCCCGGGUGGCCCCUACCCCUGGCGACCCCUCACGCACACAGCCUCUCCCCCACCCCCACCCGCGCACGCACACAUGCAGAUAACAGCCCCGACCCCCGGCCAGAGCCGCAGAGUCCCUGGGCCACCCCGGCCGCUCGCUGCGCUGCGCCGCACCGCGCUGUCCUCCCGGAGCCGGACCGGGGCCACCGCGCCCGCUCUGCUCCGACACCGCGCCCCCUGGACAGCCGCCCUCUCCUCCAGGCCCGUGGGGCUGGCCCUGCACCGCCGAGCUUCCCGGGAUGAGGGCCCCCGGUGUGGUCACCCGGCGCGCCCCAGGUCGCUGAGGGACCCCGGCCAGGCGCGGAGAUGGGGGUGCACGAAUGUCCUGCCUGGCUGUGGCUUCUCCUGUCCCUGCUGUCGCUCCCUCUGGGCCUCCCAGUCCUGGGCGCCCCACCACGCCUCAUCUGUGACAGCCGAGUCCUGGAGAGGUACCUCUUGGAGGCCAAGGAGGCCGAGAAUAUCACGACGGGCUGUGCUGAACACUGCAGCUUGAAUGAGAAUAUCACUGUCCCAGACACCAAAGUUAAUUUCUAUGCCUGGAAGAGGAUGGAGGUCGGGCAGCAGGCCGUAGAAGUCUGGCAGGGCCUGGCCCUGCUGUCGGAAGCUGUCCUGCGGGGCCAGGCCCUGUUGGUCAACUCUUCCCAGCCGUGGGAGCCCCUGCAGCUGCAUGUGGAUAAAGCCGUCAGUGGCCUUCGCAGCCUCACCACUCUGCUUCGGGCUCUGGGAGCCCAGAAGGAAGCCAUCUCCCCUCCAGAUGCGGCCUCAGCUGCUCCACUCCGAACAAUCACUGCUGACACUUUCCGCAAACUCUUCCGAGUCUACUCCAAUUUCCUCCGGGGAAAGCUGAAGCUGUACACAGGGGAGGCCUGCAGGACAGGGGACAGAUGACCAGGUGUGUCCACCUGGGCAUAUCCACCACCUCCCUCACCAACAUUGCUUGUGCCACACCCUCCCCCGCCACUCCUGAACCCCGUCGAGGGGCUCUCAGCUCAGCGCCAGCCUGUCCCAUGGACACUCCAGUGCCAGCAAUGACAUCUCAGGGGCCAGAGGAACUGUCCAGAGAGCAACUCUGAGAUCUAAGGAUGUCACAGGGCCAACUUGAGGGCCCAGAGCAGGAAGCAUUCAGAGAGCAGCUUUAAACUCAGGGACAGAGCCAUGCUGGGAAGACGCCUGAGCUCACUCGGCACCCUGCAAAAUUUGAUGCCAGGACACGCUUUGGAGGCGAUUUACCUGUUUUCGCACCUACCAUCAGGGACAGGAUGACCUGGAUAACUUAGGUGGCAAGCUGUGACUUCUCCAGGUCUCACGGGCAUGGGCACUCCCUUGGUGGCAAGAGCCCCCUUGACACCGGGGUGGUGGGAACCAUGAAGACAGGAUGGGGGCUGGCCUCUGGCUCUCAUGGGGUCCAAGUUUUGUGUAUUCUUCAACCUCAUUGACAAGAACUGAAACCACCAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-679.8 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -707.75
Frequency: 0.0000
Diversity: 479.05
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((.(((.((....(((((((((...(((.....)))((((((..((((..(((........)))...))))))))))((((((.(((............(((((.(((((((((.(......).))))......((((((((((((.(((((...((.....((((.(((.........))).)))).....(((((.(((((.((((((((((((((((((((..(((....))).((..(((((..((.....(((((((.((.((.((((..(((((....)))))..)))))).)).))).))))...)).)))))..)).((((((.(((.((((((....)).)))).)))))))))((((((.((((((((((..............))))))((((.(((((((((........))).)))))).))))....))))...))))))((((.(((((((.(((...)))))))).))))))........)))))).).))))))))......((((((((..(((.(((((((((.........((....))....(((((((.((((((.(((((((((((((....(((((.((((.(((......))).)))))))))......))).)))....(((((.(.(((..(((((((((.((........((((((((((....(((.....))).(((((..(((......))).((((((((.(((.....))))))))))).)))))(((((........(.((((((((((((((((((((.(.(((...))).)..)))))))))))))))))))).).....((((((....))))))..)))))))))))).))).....))))))).))))..))).).)))))........)).)))))..))))))))))))).)))))))))(((((((...(.((((((.((((((..(((...(((.........(((.((.....)).))).((((....))))................)))))).)))))).)))))))..)))))))))).))))))))))))).))(((.(((((((....))))))).))).........................))))))))......((((...((...(((((......((((((((((((((..(((((((...(((((((((.(((.(((....))))))....((((((((..((..((((((...((........))...))))).)..))..))))))))..(((((........))))).(((...(((((............)))))...))).))))))).))..)))))))..)).....)))))).)))))).....(((........))))))))...))...))))((((...........))))......)).))))).))))))).)))))........)).)))..)))))(((((....)))))....)))))))))((((.((((((((.((((......)))).)))))))).))))....((.((....))))...)))))))))...))))).)).))))).....((((((.((..(((((((.....))))..)))))))))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{(((((.(((.{{....(((((((((..{(((.....,}}((((((..((((..(((........)))...)))))))))){{{{{{.{{{........{{,,{(({{.{{(((((({.({,,,,,|.}}||,,....{{||||{{{{((,(({(({((((.....((((.(((.........))).)))).....((.(((((((..,,...(((((((((((((((..(({....}))........(({,,{.....|))|,.{.((((..(.((((((.(((.(((..((..({.|((((.(.((.(((((((((.(((((({,,.((((({{(({.((((((....}}.)))).}))))))))...,,|.|,,,{,,|||}}}}.{{{{{{...,,,,}}({{(.(({(({(((........)))},)))}},))))..))))))...))))))))))),}))))).)}}}..))).))).))))))}.)))),.,)))))).).))))))))...{|..,||.|||..))))))))).,{((((((((((({,(..((({(,(((((({{((((((.(((((((({{{{{....(((((.((((.(((......))).}))))))))......})).}})...{(((((,(.({{..{{((((((((((.......,(({(((((((....{((.....))},(({((,.{((......,|,..{((((((.(((,,...}}}})))}}))}))))}{((((,.{,{{,.(.((((((((((((((((((((.{.(((...))).)..)))))))))))))))))))).}..,,,|(((((....)))))}..}})))))))))),))).....))))))).)))),.))).}.)))))........))}}))))..))))))))))))).)),}))..,(((((((...{.((((((.((((((..{{{.,,{,(,........(((.((.....)).))).{{{{....))))..........,,,,...})))}.)))))).)))))),..)))))))}...|||||}|||||||,,.{({.{((((((....))))))|{|||{..{,...................,}..)))))}....{((({...((...(((((...,,,{((((({((((({{.,(((((((...(((((((((.{((.(((....))))))....((((((((..(({.{(((((...((.,....,.))...))))).}.}))..))))))))..(((((........))))).(((...(((((.|||...}}}..)))))...))).))))))).))..)))))))..)).,,..)))))).))))))..,,,(((........)))))))}...}}...}}))|{{{....,,,,,..)}))......},.))))),)))))}|,|||||,.......||,}||..}}))){||||.,,,))))).,,.)))))})))||{,.{{{{(({(,({{{.,,,.,)}}).)}))))))}))))}}..,{.||..,.},}}.,,)))))))))...})))).)).)))||{...{((((({{,,.....,,,......,,,)}})))))),..)),.....
Back