Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001079808.6

Sequence Length

1384 nt

GC Content

0.5730

CUGCACCUUCCUCCCAUCUUGCCUUCUCCCUCGAGUUGGGACCCGGGAAGAACCAUGAAGUGGCUGCUGCUGCUGGGUCUGGUGGCGCUCUCUGAGUGCAUCAUGUACAAGGUCCCCCUCAUCAGAAAGAAGUCCUUGAGGCGCACCCUGUCCGAGCGUGGCCUGCUGAAGGACUUCCUGAAGAAGCACAACCUCAACCCAGCCAGAAAGUACUUCCCCCAGUGGGAGGCUCCCACCCUGGUAGAUGAACAGCCCCUGGAGAACUACCUGGAUAUGGAGUACUUCGGCACUAUCGGCAUCGGAACUCCUGCCCAGGAUUUCACCGUCGUCUUUGACACCGGCUCCUCCAACCUGUGGGUGCCCUCAGUCUACUGCUCCAGUCUUGCCUGCACCAACCACAACCGCUUCAACCCUGAGGAUUCUUCCACCUACCAGUCCACCAGCGAGACAGUCUCCAUCACCUACGGCACCGGCAGCAUGACAGGCAUCCUCGGAUACGACACUGUCCAGGUUGGAGGCAUCUCUGACACCAAUCAGAUCUUCGGCCUGAGCGAGACGGAACCUGGCUCCUUCCUGUAUUAUGCUCCCUUCGAUGGCAUCCUGGGGCUGGCCUACCCCAGCAUUUCCUCCUCCGGGGCCACACCCGUCUUUGACAACAUCUGGAACCAGGGCCUGGUUUCUCAGGACCUCUUCUCUGUCUACCUCAGCGCCGAUGACCAGAGUGGCAGCGUGGUGAUCUUUGGUGGCAUUGACUCUUCUUACUACACUGGAAGUCUGAACUGGGUGCCUGUUACCGUCGAGGGUUACUGGCAGAUCACCGUGGACAGCAUCACCAUGAACGGAGAGGCCAUCGCCUGCGCUGAGGGCUGCCAGGCCAUUGUUGACACCGGCACCUCUCUGCUGACCGGCCCAACCAGCCCCAUUGCCAACAUCCAGAGCGACAUCGGAGCCAGCGAGAACUCAGAUGGCGACAUGGUGGUCAGCUGCUCAGCCAUCAGCAGCCUGCCCGACAUCGUCUUCACCAUCAAUGGAGUCCAGUACCCCGUGCCACCCAGUGCCUACAUCCUGCAGAGCGAGGGGAGCUGCAUCAGUGGCUUCCAGGGCAUGAACCUCCCCACCGAAUCUGGAGAGCUUUGGAUCCUGGGUGAUGUCUUCAUCCGCCAGUACUUUACCGUCUUCGACAGGGCAAACAACCAGGUCGGCCUGGCCCCCGUGGCUUAAGCCUAAGUCUCUUCAGCCACCUCCCAGGAAGAUCUGGCCUCUGUCCUGUGCCCACUUUAGAUGUAUCUAAUUCUCCUGACUGUUCUUCCCAGGGGAGUGUGGAGGUCUUGGCCCUGUUCCCUGUCCUACCAAUAACGUAGAAUAAAAACAUAACCCACUGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-480.6 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -504.53

Frequency: 0.0000

Diversity: 385.79

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

......((((((((((.((((..........)))).)))))....)))))......((((((.((.(((..(((((((..(((.(.(((.(((..(((((...))))).(((....)))..((((...((((((((((((((.(((.((.....)).))))))).)..))))))))))))))))))).).)))...))))))))))..))))))))...(((((((..(((((...((.(((((.....(((...))).....))))).))....))))).....((((((...((((.(((.(((........(((((((((((((.((.((.(..((((..(((((((((((.(((((((....(((...((((((.((((((((((...............(((((....)))))..............))).......))))))).(((............)))...)).)))).))).))))))).)(((((......)))))))))))))))....(((((......)))))...))))..).)).)))))))...((((((((....(((....(((((.......(((((...(((((((((......((((............((((......)))).............))))(((...((((((((......((((.........)))).((((((((((((((.((....((....(((((((((((..(((((((...(((((((..(((........)))..)))..))))...)))))))(((.(.(((............))).).))))).)))))))))..))....)).)))))...)))))))))...))))))))...)))....((((((.(.....).)).)))).....))))))))).))))).......))))))))..))))))))..........(((((.((((((..((.((((((((........))))).))).))..))).)))....)))))..)))))))))))...)))))))....)))))).....(((((...)).)))((((((((....))))))))((((((....((((((.(((((((..(((((((..((((....(((((((.....)))))))))))..)))).)))..))))((((((((.....(((((((..(((((.....((((((.(((.........))).))))))...)))))..)))))))....)))))))).......(((((....))))).(((((((...........)))))))))).))))))....)))))).....(((.((((.......)))).))).........)))))))...

Thermodynamic Ensemble Prediction

.,,,,.((((((((({,((({,,...,,,,.}}}}.}))))...})}))),..,..{{{{{|{((.(((,.(((((((.{(((,({((({...}}|||||,,,.},,,.((({...,|{{.((((...(((((((((,((((.(((.((.....)).))))))).,..))))))))))))).)),),...)))}..)))))))}))..}|)}}}}}...{{((((({.{{{|||||((,(({{(,.,,,(((...}}|{,{{,}}}}}.||,..,||||||||..(((,,,...(((({(((....}}.{{{{{((((({{,,,((({,,..|}}}.,.((((((((((,,(,({((((((({{.,({{.,{(((({{.{{(((((((({,............,{,{{,....||}(({....,,,......,}),.....,))||||,..|},,..........||||{.||.}|||{|||.||}}|||{{(,,,.}}}..,|||||||||||||||....(((((......)))))}}})))))))).,.},)))))...((((((((....(((....(((((.....,.(((((...(((((((((.....,{(((,,..........((((......)))).....},......|||},..}||((((((((....{{(({,.....,.}}),,,.((((((((((((((.((....((,...(((((((((((.{(((((({...(((((((..(((......}.)))..))}..)))}{,,,||}|||,...|.))).}),})),,.})))),}))},.,.,))})))))..}),...)),)))))...)))))))))...))))))))..,||||...{{|||{.,....,)})).}})).....))))))))).))))).,.....))))))))..)))))))).|.....,}.(((((.((((((.{((.((((((((........)))))},)).)),.))).)))....)))))..,))))})).)}...,)))))}..},,))))).......})))).)))))}||||||||..,|||||}},.{|||||}...,{{{{|,|||{{{,..|||||||,,,{||,,,}|||||||,,,,.}}}}}}))))),,)))).))),.))))((((((((.....(((((((..(((((.....((((((.(((.........))).))))))...)))))..)))))))....)))))))).......{((((....))))},|||||{|.,,},,,.,,,)))))))))).))))}},...}}}}}}.....,{{.((((.......)))).}},.........})))))),..